seq1 = pF1KE1436.tfa, 759 bp
seq2 = pF1KE1436/gi568815597f_22559457.tfa (gi568815597f:22559457_22761383), 201927 bp

>pF1KE1436 759
>gi568815597f:22559457_22761383 (Chr1)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-759  (101356-101927)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGATGAAGATCCCATGGGGCAGCATCCCAGTACTGATGTTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGATGAAGATCCCATGGGGCAGCATCCCAGTACTGATGTTGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGGGCCTAATCGATATCTCCCAGGCCCAGCTCAGCTGCACCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGGGCCTAATCGATATCTCCCAGGCCCAGCTCAGCTGCACCGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCAGCCATCCCTGGCATCCCGGGTATCCCTGGGACACCTGGCCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCAGCCATCCCTGGCATCCCGGGTATCCCTGGGACACCTGGCCCCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCAACCTGGGACCCCAGGGATAAAAGGAGAGAAAG         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 GGCCAACCTGGGACCCCAGGGATAAAAGGAGAGAAAGGTA...CAGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCAGGGCTGGCTGGAGACCATGGTGAGTTCGGAGAGAAGGGAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101360 TCCAGGGCTGGCTGGAGACCATGGTGAGTTCGGAGAGAAGGGAGACCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGATTCCTGGGAATCCAGGAAAAGTCGGCCCCAAGGGCCCCATGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101410 GGATTCCTGGGAATCCAGGAAAAGTCGGCCCCAAGGGCCCCATGGGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGGTGGCCCAGGGGCCCCTGGAGCCCCAGGCCCCAAAGGTGAATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101460 AAAGGTGGCCCAGGGGCCCCTGGAGCCCCAGGCCCCAAAGGTGAATCGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGACTACAAGGCCACCCAGAAAATCGCCTTCTCTGCCACAAGAACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101510 AGACTACAAGGCCACCCAGAAAATCGCCTTCTCTGCCACAAGAACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGTCCCCCTGCGCCGGGACCAGACCATCCGCTTCGACCACGTGATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101560 ACGTCCCCCTGCGCCGGGACCAGACCATCCGCTTCGACCACGTGATCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACATGAACAACAATTATGAGCCCCGCAGTGGCAAGTTCACCTGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 AACATGAACAACAATTATGAGCCCCGCAGTGGCAAGTTCACCTGCAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCCGGTCTCTACTACTTCACCTACCACGCCAGCTCTCGAGGGAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101660 GCCCGGTCTCTACTACTTCACCTACCACGCCAGCTCTCGAGGGAACCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCGTGAACCTCATGCGTGGCCGGGAGCGTGCACAGAAGGTGGTCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101710 GCGTGAACCTCATGCGTGGCCGGGAGCGTGCACAGAAGGTGGTCACCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGTGACTATGCCTACAACACCTTCCAGGTCACCACCGGTGGCATGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101760 TGTGACTATGCCTACAACACCTTCCAGGTCACCACCGGTGGCATGGTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAAGCTGGAGCAGGGGGAGAACGTCTTCCTGCAGGCCACCGACAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101810 CAAGCTGGAGCAGGGGGAGAACGTCTTCCTGCAGGCCACCGACAAGAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CACTACTGGGCATGGAGGGTGCCAACAGCATCTTTTCCGGGTTCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101860 CACTACTGGGCATGGAGGGTGCCAACAGCATCTTTTCCGGGTTCCTGCTC

    750     .    :    .
    742 TTTCCAGATATGGAGGCC
        ||||||||||||||||||
 101910 TTTCCAGATATGGAGGCC