seq1 = pF1KE1435.tfa, 831 bp
seq2 = pF1KE1435/gi568815594r_184529275.tfa (gi568815594r:184529275_184738453), 209179 bp

>pF1KE1435 831
>gi568815594r:184529275_184738453 (Chr4)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-178  (103036-103160)   100% ->
179-307  (106058-106186)   100% ->
308-483  (106514-106689)   100% ->
484-604  (107297-107417)   100% ->
605-831  (108953-109179)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAACACTGAAAACTCAGTGGATTCAAAATCCATTAAAAATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAACACTGAAAACTCAGTGGATTCAAAATCCATTAAAAATTTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACC         AAAGATCATACATGGAAGCGAATCAATGGACTCTGGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCGTG...CAGAAAGATCATACATGGAAGCGAATCAATGGACTCTGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATCCCTGGACAACAGTTATAAAATGGATTATCCTGAGATGGGTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103074 TATCCCTGGACAACAGTTATAAAATGGATTATCCTGAGATGGGTTTATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAATAATTAATAATAAGAATTTTCATAAAAGCACTG         GAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103124 ATAATAATTAATAATAAGAATTTTCATAAAAGCACTGGTA...AAGGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GACATCTCGGTCTGGTACAGATGTCGATGCAGCAAACCTCAGGGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106062 GACATCTCGGTCTGGTACAGATGTCGATGCAGCAAACCTCAGGGAAACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAGAAACTTGAAATATGAAGTCAGGAATAAAAATGATCTTACACGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106112 TCAGAAACTTGAAATATGAAGTCAGGAATAAAAATGATCTTACACGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAATTGTGGAATTGATGCGTGATG         TTTCTAAAGAAGATCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106162 GAAATTGTGGAATTGATGCGTGATGGTA...CAGTTTCTAAAGAAGATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCAAAAGGAGCAGTTTTGTTTGTGTGCTTCTGAGCCATGGTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106530 CAGCAAAAGGAGCAGTTTTGTTTGTGTGCTTCTGAGCCATGGTGAAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAATAATTTTTGGAACAAATGGACCTGTTGACCTGAAAAAAATAACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106580 GAATAATTTTTGGAACAAATGGACCTGTTGACCTGAAAAAAATAACAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTTTCAGAGGGGATCGTTGTAGAAGTCTAACTGGAAAACCCAAACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106630 TTTTTCAGAGGGGATCGTTGTAGAAGTCTAACTGGAAAACCCAAACTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTATTCAG         GCCTGCCGTGGTACAGAACTGGACTGTGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106680 CATTATTCAGGTA...CAGGCCTGCCGTGGTACAGAACTGGACTGTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAGACAGACAGTGGTGTTGATGATGACATGGCGTGTCATAAAATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107328 TTGAGACAGACAGTGGTGTTGATGATGACATGGCGTGTCATAAAATACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGAGGCCGACTTCTTGTATGCATACTCCACAGCACCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107378 GTGGAGGCCGACTTCTTGTATGCATACTCCACAGCACCTGGTG...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTATTATTCTTGGCGAAATTCAAAGGATGGCTCCTGGTTCATCCAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108954 TTATTATTCTTGGCGAAATTCAAAGGATGGCTCCTGGTTCATCCAGTCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTGTGCCATGCTGAAACAGTATGCCGACAAGCTTGAATTTATGCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109004 TTTGTGCCATGCTGAAACAGTATGCCGACAAGCTTGAATTTATGCACATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTACCCGGGTTAACCGAAAGGTGGCAACAGAATTTGAGTCCTTTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109054 CTTACCCGGGTTAACCGAAAGGTGGCAACAGAATTTGAGTCCTTTTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACGCTACTTTTCATGCAAAGAAACAGATTCCATGTATTGTTTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109104 TGACGCTACTTTTCATGCAAAGAAACAGATTCCATGTATTGTTTCCATGC

    850     .    :    .    :    .
    806 TCACAAAAGAACTCTATTTTTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 109154 TCACAAAAGAACTCTATTTTTATCAC