seq1 = pF1KE1429.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KE1429/gi568815586f_54449873.tfa (gi568815586f:54449873_54677325), 227453 bp

>pF1KE1429 1608
>gi568815586f:54449873_54677325 (Chr12)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-227  (117102-117215)   100% ->
228-410  (119312-119494)   100% ->
411-477  (119674-119740)   100% ->
478-594  (120369-120485)   100% ->
595-735  (122729-122869)   100% ->
736-836  (123276-123376)   100% ->
837-962  (123483-123608)   100% ->
963-1064  (123736-123837)   100% ->
1065-1185  (125226-125346)   100% ->
1186-1267  (125679-125760)   100% ->
1268-1376  (126120-126228)   100% ->
1377-1507  (126699-126829)   100% ->
1508-1608  (127353-127453)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGTCCCCCCGCAGTCCTCCGGAGATGCTGGAGGAGTCGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGTCCCCCCGCAGTCCTCCGGAGATGCTGGAGGAGTCGGATTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGTCACCCCTGGAGCTGAAGTCAGCCCCCAGCAAGAAGATGTGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGTCACCCCTGGAGCTGAAGTCAGCCCCCAGCAAGAAGATGTGGATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTTCGGTCTCT         GCTGCGCTACATGGTGAAGCAGTTGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTTCGGTCTCTGTA...CAGGCTGCGCTACATGGTGAAGCAGTTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGGGAGATAAACATTGAGGAGCTGAAGAAAAATCTGGAGTACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117130 AATGGGGAGATAAACATTGAGGAGCTGAAGAAAAATCTGGAGTACACAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCTCTGCTGGAAGCCGTCTACATAGATGAGACACG         GCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117180 TTCTCTGCTGGAAGCCGTCTACATAGATGAGACACGGTG...CAGGCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTGGACACGGAGGACGAGCTGCAGGAGCTGCGGTCAGATGCCGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119317 TCTTGGACACGGAGGACGAGCTGCAGGAGCTGCGGTCAGATGCCGTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGGAGGTGCGGGACTGGCTGGCCTCCACCTTCACCCAGCAGGCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119367 TCGGAGGTGCGGGACTGGCTGGCCTCCACCTTCACCCAGCAGGCCCGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAGGCCGCCGAGCAGAGGAGAAGCCCAAGTTCCGAAGCATTGTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119417 CAAAGGCCGCCGAGCAGAGGAGAAGCCCAAGTTCCGAAGCATTGTGCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGTGCAGGCTGGGATCTTCGTGGAACG         GATGTTCCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119467 CTGTGCAGGCTGGGATCTTCGTGGAACGGTG...CAGGATGTTCCGGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACATACACCTCTGTGGGCCCCACTTACTCTACTGCGGTTCTCAACTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119687 ACATACACCTCTGTGGGCCCCACTTACTCTACTGCGGTTCTCAACTGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAG         AACCTGGATCTCTGGTGCTTTGATGTCTTTTCCTTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119737 CAAGGTA...TAGAACCTGGATCTCTGGTGCTTTGATGTCTTTTCCTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCAGGCAGCAGATGACCATGCCCTGAGGACCATTGTTTTTGAGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120406 ACCAGGCAGCAGATGACCATGCCCTGAGGACCATTGTTTTTGAGTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCGGCATAACCTCATCAGCCGCTTCAAG         ATTCCCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120456 ACTCGGCATAACCTCATCAGCCGCTTCAAGGTT...CAGATTCCCACTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTTTTGATGAGTTTCCTGGATGCCTTGGAGACAGGCTATGGGAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122740 GTTTTTGATGAGTTTCCTGGATGCCTTGGAGACAGGCTATGGGAAGTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAATCCTTACCACAACCAGATCCACGCAGCCGATGTTACCCAGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122790 AGAATCCTTACCACAACCAGATCCACGCAGCCGATGTTACCCAGACAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CATTGCTTCTTGCTCCGCACAGGGATGGTG         CACTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122840 CATTGCTTCTTGCTCCGCACAGGGATGGTGGTA...TAGCACTGCCTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGATTGAGCTCCTGGCCATCATCTTTGCTGCAGCTATCCATGATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123287 GGAGATTGAGCTCCTGGCCATCATCTTTGCTGCAGCTATCCATGATTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCACACGGGCACTACCAACAGCTTCCACATCCAGACCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123337 AGCACACGGGCACTACCAACAGCTTCCACATCCAGACCAAGTG...TAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCAGAATGTGCCATCGTGTACAATGATCGTTCAGTGCTGGAGAATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123484 TCAGAATGTGCCATCGTGTACAATGATCGTTCAGTGCTGGAGAATCACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCAGCTCTGTTTTCCGATTGATGCAGGATGATGAGATGAACATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123534 CATCAGCTCTGTTTTCCGATTGATGCAGGATGATGAGATGAACATTTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAACCTCACCAAGGATGAGTTTGT         AGAACTCCGAGCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123584 TCAACCTCACCAAGGATGAGTTTGTGTG...CAGAGAACTCCGAGCCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTCATTGAGATGGTGTTGGCCACAGACATGTCCTGCCATTTCCAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123752 GTCATTGAGATGGTGTTGGCCACAGACATGTCCTGCCATTTCCAGCAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAGACCATGAAGACAGCCTTGCAACAGCTGGAGAG         GATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123802 GAAGACCATGAAGACAGCCTTGCAACAGCTGGAGAGGTG...CAGGATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAAGCCCAAGGCCCTGTCTCTACTGCTCCATGCTGCTGACATCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125231 ACAAGCCCAAGGCCCTGTCTCTACTGCTCCATGCTGCTGACATCAGCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCAACCAAGCAGTGGTTGGTCCACAGCCGTTGGACCAAGGCCCTCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125281 CCAACCAAGCAGTGGTTGGTCCACAGCCGTTGGACCAAGGCCCTCATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAATTCTTCCGTCAG         GGTGACAAGGAGGCAGAGTTGGGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 125331 GGAATTCTTCCGTCAGGTA...TAGGGTGACAAGGAGGCAGAGTTGGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCCCTTTTCTCCACTCTGTGACCGCACTTCCACTCTAGTGGCACAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125704 TGCCCTTTTCTCCACTCTGTGACCGCACTTCCACTCTAGTGGCACAGTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGATAG         GGTTCATCGACTTCATTGTGGAGCCCACATTCTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125754 CAGATAGGTG...CAGGGTTCATCGACTTCATTGTGGAGCCCACATTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGTGCTGACTGACGTGGCAGAGAAGAGTGTTCAGCCCCTGGCGGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126154 TGTGCTGACTGACGTGGCAGAGAAGAGTGTTCAGCCCCTGGCGGATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACTCCAAGTCTAAAAACCAGCCCAG         CTTTCAGTGGCGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 126204 ACTCCAAGTCTAAAAACCAGCCCAGGTG...TAGCTTTCAGTGGCGCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCCTCTCTGGATGTGGAAGTGGGAGACCCCAACCCTGATGTGGTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126715 CCCTCTCTGGATGTGGAAGTGGGAGACCCCAACCCTGATGTGGTCAGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCGTTCCACCTGGGTCAAGCGCATTCAGGAGAATAAGCAGAAATGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126765 TCGTTCCACCTGGGTCAAGCGCATTCAGGAGAATAAGCAGAAATGGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AACGGGCAGCAAGTG         GCATCACCAACCAGATGTCCATTGAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126815 AACGGGCAGCAAGTGGTG...CAGGCATCACCAACCAGATGTCCATTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAGCTGTCCCCCTGTGAAGAAGAGGCCCCCCCATCCCCTGCCGAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127379 GAGCTGTCCCCCTGTGAAGAAGAGGCCCCCCCATCCCCTGCCGAAGATGA

   1700     .    :    .    :    .
   1584 ACACAACCAGAATGGGAATCTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||
 127429 ACACAACCAGAATGGGAATCTGGAT