seq1 = pF1KE1423.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KE1423/gi568815596r_219150355.tfa (gi568815596r:219150355_219352231), 201877 bp

>pF1KE1423 1344
>gi568815596r:219150355_219352231 (Chr2)

(complement)

1-226  (100000-100224)   99% ->
227-375  (100519-100667)   100% ->
376-1344  (100909-101877)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTGAATGCATCTCAGTCCACGTGGGGCAGGCAGGTGTCCAGATGGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCGTGAATGCATCTCAGTCCACGTGGGGCAGGCAGGTGTCCAGATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTATTGCTTGGAACATGGGATTCAGCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTATTGCTTGGAACATGGGATTCAGCCTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCAGATGCCCAGTGACAAGACCATTGGTGGAGGGGACGACTCCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GGCAGATGCCCAGTGACAAGACCATTGGTGGAGGGGACGACTCCTTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTCTTCTGTGAAACTGGTGCTGGAAAACACGTACCCCGGGCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ACCTTCTTCTGTGAAACTGGTGCTGGAAAACACGTACCCCGGGCAGTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGGATCTGGAGCCTACGGTCATTG         ATGAGATCCGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100199 TGTGGATCTGGAGCCTACGGTCATTGGTG...CAGATGAGATCCGAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCCATACCGACAGCTCTTCCACCCAGAGCAGCTCATCACTGGGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100534 GCCCATACCGACAGCTCTTCCACCCAGAGCAGCTCATCACTGGGAAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGCTGCCAACAACTATGCCCGTGGTCACTATACCATTGGCAAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100584 GATGCTGCCAACAACTATGCCCGTGGTCACTATACCATTGGCAAGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTGACCCAGTGCTGGATCGGATCCGCAAGCTG         TCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100634 CATTGACCCAGTGCTGGATCGGATCCGCAAGCTGGTG...CAGTCTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTGCACAGGACTTCAGGGCTTCCTGGTGTTCCACAGCTTTGGTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 AGTGCACAGGACTTCAGGGCTTCCTGGTGTTCCACAGCTTTGGTGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGGCTCTGGCTTCACCTCACTCCTGATGGAGCGGCTCTCTGTTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100966 ACTGGCTCTGGCTTCACCTCACTCCTGATGGAGCGGCTCTCTGTTGACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCAAGAAATCCAAGCTGGAATTCTCCATCTACCCAGCCCCCCAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101016 TGGCAAGAAATCCAAGCTGGAATTCTCCATCTACCCAGCCCCCCAGGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTACAGCCGTGGTCGAGCCCTACAACTCTATCCTGACCACCCACACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101066 CTACAGCCGTGGTCGAGCCCTACAACTCTATCCTGACCACCCACACCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAGCACTCAGACTGTGCCTTCATGGTGGACAACGAAGCAATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101116 CTGGAGCACTCAGACTGTGCCTTCATGGTGGACAACGAAGCAATCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCTGCCGCCGCAACCTAGACATCGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101166 CATCTGCCGCCGCAACCTAGACATCGAGCGCCCAACCTACACCAACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATCGCCTCATTAGCCAAATTGTCTCCTCCATCACAGCTTCTCTGCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101216 ATCGCCTCATTAGCCAAATTGTCTCCTCCATCACAGCTTCTCTGCGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACGGGGCCCTCAATGTGGACCTGACAGAGTTCCAGACCAACCTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101266 GACGGGGCCCTCAATGTGGACCTGACAGAGTTCCAGACCAACCTGGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTACCCTCGCATCCACTTCCCCCTGGCCACCTATGCACCAGTCATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101316 CTACCCTCGCATCCACTTCCCCCTGGCCACCTATGCACCAGTCATCTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CAGAAAAGGCATACCACGAGCAGCTGTCGGTGGCAGAGATCACCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101366 CAGAAAAGGCATACCACGAGCAGCTGTCGGTGGCAGAGATCACCAATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGCTTTGAGCCTGCCAACCAGATGGTAAAGTGTGATCCCCGGCACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101416 TGCTTTGAGCCTGCCAACCAGATGGTAAAGTGTGATCCCCGGCACGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTACATGGCCTGCTGCCTGCTGTACCGTGGAGATGTGGTGCCCAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101466 GTACATGGCCTGCTGCCTGCTGTACCGTGGAGATGTGGTGCCCAAGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAACGCTGCCATTGCCGCCATCAAGACCAAGCGCAGCATTCAGTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101516 TCAACGCTGCCATTGCCGCCATCAAGACCAAGCGCAGCATTCAGTTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACTGGTGCCCCACAGGCTTCAAGGTTGGTATCAACTACCAGCCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 GACTGGTGCCCCACAGGCTTCAAGGTTGGTATCAACTACCAGCCTCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGTGGTGCCTGGGGGTGACCTGGCCAAGGTGCAGCGTGCCGTGTGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101616 TGTGGTGCCTGGGGGTGACCTGGCCAAGGTGCAGCGTGCCGTGTGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGAGCAACACGACCGCCATCGCCGAGGCCTGGGCCCGCCTGGACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101666 TGAGCAACACGACCGCCATCGCCGAGGCCTGGGCCCGCCTGGACCACAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TTCGACCTGATGTATGCCAAGAGGGCGTTTGTGCACTGGTATGTGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101716 TTCGACCTGATGTATGCCAAGAGGGCGTTTGTGCACTGGTATGTGGGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GGGCATGGAGGAGGGTGAGTTCTCCGAGGCCCGTGAGGATATGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101766 GGGCATGGAGGAGGGTGAGTTCTCCGAGGCCCGTGAGGATATGGCTGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGGAGAAGGATTATGAGGAGGTGGGCATCGACTCCTATGAGGACGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101816 TGGAGAAGGATTATGAGGAGGTGGGCATCGACTCCTATGAGGACGAGGAT

   1350     .    :
   1333 GAGGGAGAAGAA
        ||||||||||||
 101866 GAGGGAGAAGAA