seq1 = pF1KE1422.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KE1422/gi568815596r_191735926.tfa (gi568815596r:191735926_191946925), 211000 bp

>pF1KE1422 1275
>gi568815596r:191735926_191946925 (Chr2)

(complement)

1-483  (100001-100483)   100% ->
484-1275  (110209-111000)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGAGGACGCTGCACAGGCCGAAAAGTTCCAGCACCCTGGGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGAGGACGCTGCACAGGCCGAAAAGTTCCAGCACCCTGGGTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCGGCAGGAAAAGCCCTCGAGCCCCAGCCCGATGCCTTCCTCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCGGCAGGAAAAGCCCTCGAGCCCCAGCCCGATGCCTTCCTCCACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGCCCCAGCCTGAACCTAGGGAACACAGAGGAGGCCATCCGGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAGCCCCAGCCTGAACCTAGGGAACACAGAGGAGGCCATCCGGGACAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCACAGGTGAACGCAGTCACGGTGCTCACGCTCCTGGACAAGCTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCACAGGTGAACGCAGTCACGGTGCTCACGCTCCTGGACAAGCTGGTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGCTAGACGCTGTGCAGGAGAACCAGCACAAGATGGAGCAGCGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGCTAGACGCTGTGCAGGAGAACCAGCACAAGATGGAGCAGCGACAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGTTTGGAGGGCTCCGTGAAGGGCATCCAGAATGACCTCACCAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAGTTTGGAGGGCTCCGTGAAGGGCATCCAGAATGACCTCACCAAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCAAGTACCAGGCCTCCACCAGCAACACGGTGAGCAAGCTGCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCAAGTACCAGGCCTCCACCAGCAACACGGTGAGCAAGCTGCTGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCCCGCAAGGTCAGCGCCCACACGCGCGCGGTCAAAGAGCGCATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCCCGCAAGGTCAGCGCCCACACGCGCGCGGTCAAAGAGCGCATGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCAGTGCGCACAGGTGAAGCGGCTGGAGAACAACCACGCCCAGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCAGTGCGCACAGGTGAAGCGGCTGGAGAACAACCACGCCCAGCTCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGACGCAACCATTTCAAAGTGCTCATCTTCCAG         GAGGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100451 CGACGCAACCATTTCAAAGTGCTCATCTTCCAGGTC...CAGGAGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGATCCCTGCCAGCGTGTTTGTGAAACAGCCCGTTTCCGGTGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110217 TGAGATCCCTGCCAGCGTGTTTGTGAAACAGCCCGTTTCCGGTGCCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGGGAAGGAGGAGCTTCCGGATGAAAACAAATCCCTGGAGGAAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110267 AAGGGAAGGAGGAGCTTCCGGATGAAAACAAATCCCTGGAGGAAACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CACACCGTGGACCTCTCCTCAGATGATGATTTGCCCCACGATGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110317 CACACCGTGGACCTCTCCTCAGATGATGATTTGCCCCACGATGAGGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGGAAGACAGTGCCGAGGAAAAGGTGGAAGAAAGTAGGGCAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110367 CCTGGAAGACAGTGCCGAGGAAAAGGTGGAAGAAAGTAGGGCAGAGAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TAAAAAGATCCAGCCTGAAGAAAGTGGATAGCCTCAAGAAAGCATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110417 TAAAAAGATCCAGCCTGAAGAAAGTGGATAGCCTCAAGAAAGCATTTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCCAGAACATCGAGAAAAAGATGAACAAGCTGGGGACAAAGATCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110467 CGCCAGAACATCGAGAAAAAGATGAACAAGCTGGGGACAAAGATCGTATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGTAGAGAGGAGAGAGAAGATTAAGAAATCTCTCACGTCAAATCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110517 TGTAGAGAGGAGAGAGAAGATTAAGAAATCTCTCACGTCAAATCACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAATATCCTCAGGAAAAAGCTCCCCCTTCAAGGTTTCTCCCCTCACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110567 AAATATCCTCAGGAAAAAGCTCCCCCTTCAAGGTTTCTCCCCTCACTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGCGGAAGAAAGTCCGAGAGGGAGAAAGCCATGCAGAAAATGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110617 GGGCGGAAGAAAGTCCGAGAGGGAGAAAGCCATGCAGAAAATGAGACCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GTCAGAAGACCTGCCTAGCAGTGAGCAGATGCCAAATGACCAGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110667 GTCAGAAGACCTGCCTAGCAGTGAGCAGATGCCAAATGACCAGGAAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGTCCTTTGCAGAGGGTCATTCCGAAGCGTCCCTCGCCAGCGCTCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110717 AGTCCTTTGCAGAGGGTCATTCCGAAGCGTCCCTCGCCAGCGCTCTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAAGGGGAAATTGCAGAGGAGGCTGCTGAGAAGGCGACCTCCAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110767 GAAGGGGAAATTGCAGAGGAGGCTGCTGAGAAGGCGACCTCCAGGGGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TAACTCGGGGATGGACAGCAACATCGACTTGACTATTGTGGAAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110817 TAACTCGGGGATGGACAGCAACATCGACTTGACTATTGTGGAAGATGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGGAGGAGTCAGTGGCCCTGGAACAGGCACAGAAGGTACGCTATGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110867 AGGAGGAGTCAGTGGCCCTGGAACAGGCACAGAAGGTACGCTATGAGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AGCTACGCGCTAACATCCGAGGAGGCGGAGCGCTCCGATGGGGACCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110917 AGCTACGCGCTAACATCCGAGGAGGCGGAGCGCTCCGATGGGGACCCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :
   1242 GCAGCCCGCCGTGCTCCAGGTGCACCAGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110967 GCAGCCCGCCGTGCTCCAGGTGCACCAGACCTCC