seq1 = pF1KE1419.tfa, 831 bp
seq2 = pF1KE1419/gi568815578f_46018344.tfa (gi568815578f:46018344_46229037), 210694 bp

>pF1KE1419 831
>gi568815578f:46018344_46229037 (Chr20)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-130  (103477-103555)   100% ->
131-256  (103890-104015)   100% ->
257-403  (104267-104413)   100% ->
404-497  (104783-104876)   100% ->
498-559  (108297-108358)   100% ->
560-646  (109795-109881)   100% ->
647-675  (109987-110015)   100% ->
676-831  (110539-110694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTCGTCTGCCTCTGCAGTGCGTCCTCTGGGGCTGCTTGCTGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTCGTCTGCCTCTGCAGTGCGTCCTCTGGGGCTGCTTGCTGACCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 T         GTCCATCCAGAACCACCCACTGCATGCAGAGAAAAACAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTG...TAGGTCCATCCAGAACCACCCACTGCATGCAGAGAAAAACAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTAATAAACAGTCAGTGCTGTTCTTTGTGCCAGCCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103517 ACCTAATAAACAGTCAGTGCTGTTCTTTGTGCCAGCCAGGTG...CAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGAAACTGGTGAGTGACTGCACAGAGTTCACTGAAACGGAATGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103892 CAGAAACTGGTGAGTGACTGCACAGAGTTCACTGAAACGGAATGCCTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGCGGTGAAAGCGAATTCCTAGACACCTGGAACAGAGAGACACACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103942 TTGCGGTGAAAGCGAATTCCTAGACACCTGGAACAGAGAGACACACTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGCACAAATACTGCGACCCCA         ACCTAGGGCTTCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103992 ACCAGCACAAATACTGCGACCCCAGTG...CAGACCTAGGGCTTCGGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGCAGAAGGGCACCTCAGAAACAGACACCATCTGCACCTGTGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104284 CAGCAGAAGGGCACCTCAGAAACAGACACCATCTGCACCTGTGAAGAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTGGCACTGTACGAGTGAGGCCTGTGAGAGCTGTGTCCTGCACCGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104334 CTGGCACTGTACGAGTGAGGCCTGTGAGAGCTGTGTCCTGCACCGCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTCGCCCGGCTTTGGGGTCAAGCAGATTG         CTACAGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104384 GCTCGCCCGGCTTTGGGGTCAAGCAGATTGGTA...CAGCTACAGGGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTGATACCATCTGCGAGCCCTGCCCAGTCGGCTTCTTCTCCAATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104794 TCTGATACCATCTGCGAGCCCTGCCCAGTCGGCTTCTTCTCCAATGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATCTGCTTTCGAAAAATGTCACCCTTGGACAAG         CTGTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104844 ATCTGCTTTCGAAAAATGTCACCCTTGGACAAGGTA...TAGCTGTGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAAAGACCTGGTTGTGCAACAGGCAGGCACAAACAAGACTGATGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108305 CCAAAGACCTGGTTGTGCAACAGGCAGGCACAAACAAGACTGATGTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTG         GTCCCCAGGATCGGCTGAGAGCCCTGGTGGTGATCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108355 TGTGGTG...CAGGTCCCCAGGATCGGCTGAGAGCCCTGGTGGTGATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATCATCTTCGGGATCCTGTTTGCCATCCTCTTGGTGCTGGTCTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109832 CATCATCTTCGGGATCCTGTTTGCCATCCTCTTGGTGCTGGTCTTTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647          AAAAGGTGGCCAAGAAGCCAACCAATAAG         GCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109882 GTG...TAGAAAAGGTGGCCAAGAAGCCAACCAATAAGGTA...CAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCCCACCCCAAGCAGGAACCCCAGGAGATCAATTTTCCCGACGATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110542 CCCCACCCCAAGCAGGAACCCCAGGAGATCAATTTTCCCGACGATCTTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGGCTCCAACACTGCTGCTCCAGTGCAGGAGACTTTACATGGATGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110592 TGGCTCCAACACTGCTGCTCCAGTGCAGGAGACTTTACATGGATGCCAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CGGTCACCCAGGAGGATGGCAAAGAGAGTCGCATCTCAGTGCAGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110642 CGGTCACCCAGGAGGATGGCAAAGAGAGTCGCATCTCAGTGCAGGAGAGA

    900 
    829 CAG
        |||
 110692 CAG