seq1 = pF1KE1418.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KE1418/gi568815592r_49506846.tfa (gi568815592r:49506846_49736812), 229967 bp

>pF1KE1418 1227
>gi568815592r:49506846_49736812 (Chr6)

(complement)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-341  (117451-117634)   99% ->
342-492  (118595-118745)   100% ->
493-640  (121042-121189)   99% ->
641-807  (121960-122126)   100% ->
808-945  (124279-124416)   100% ->
946-1067  (125668-125789)   100% ->
1068-1138  (129593-129663)   100% ->
1139-1214  (129892-129967)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGTTCACATTCCCTCTCATGGCTATAGTCCTGGAAATTGCCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGTTCACATTCCCTCTCATGGCTATAGTCCTGGAAATTGCCATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTTTATTTGGATTATTTGTTGAGTATGAAACGGACCAGACTGTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTTTTATTTGGATTATTTGTTGAGTATGAAACGGACCAGACTGTTCTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGCTCAACATCACCAAGCCAACAGACATGGGCATATTCTTTGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGCTCAACATCACCAAGCCAACAGACATGGGCATATTCTTTGAGTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATCCTC         TGTTCCAAGATGTACATGTTATGATATTTGTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATCCTCGTG...CAGTGTTCCAAGATGTACATGTTATGATATTTGTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGGCTTCCTCATGACCTTCCTGAAGAAATATGGCTTCAGCAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117485 GTTTGGCTTCCTCATGACCTTCCTGAAGAAATATGGCTTCAGCAGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTATCAACCTACTCGTTGCTGCTTTGGGCCTCCAGTGGGGCACTATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117535 GTATCAACCTACTCGTTGCTGCTTTGGGCCTCCAGTGGGGCACTATTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGGAACCCTGCAAAGCCAGGGACAGAAATTTAACATTGGAATCAAAAA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117585 CAGGGAATCCTGCAAAGCCAGGGACAGAAATTTAACATTGGAATCAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          CATGATAAATGCAGACTTCAGTGCAGCCACAGTTCTGATAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117635 GTG...CAGCATGATAAATGCAGACTTCAGTGCAGCCACAGTTCTGATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTTTGGAGCTGTCCTGGGAAAAACGAGCCCCACCCAAATGCTGATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118636 CTTTTGGAGCTGTCCTGGGAAAAACGAGCCCCACCCAAATGCTGATCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAATTTTAGAAATTGTTTTCTTTGCCCACAATGAATACCTGGTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118686 ACAATTTTAGAAATTGTTTTCTTTGCCCACAATGAATACCTGGTTAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATATTTAAG         GCCTCTGACATTGGAGCATCAATGACGATCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118736 AATATTTAAGGTA...CAGGCCTCTGACATTGGAGCATCAATGACGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGCCTTTGGGGCCTACTTTGGCTTGGCTGTAGCAGGCATCTTGTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121073 ATGCCTTTGGGGCCTACTTTGGCTTGGCTGTAGCAGGCATCTTGTATCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGGACTGAGAAAGGGGCGTGAAAATGAAGAGTCCGCATACTACTCAGA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 121123 TCTGGACTGAGAAAGGGGCATGAAAATGAAGAGTCCGCATACTACTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTGTTTGCAATGATTG         GGACTCTCTTTCTGTGGATGTTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121173 CTTGTTTGCAATGATTGGTG...CAGGGACTCTCTTTCTGTGGATGTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCCCAGCTTTAACTCGGCCATTGCTGAACCTGGAGACAAACAGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121984 GGCCCAGCTTTAACTCGGCCATTGCTGAACCTGGAGACAAACAGTGCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCATTGTAAACACGTACTTCTCTCTCGCTGCCTGTGTGCTCACAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122034 GCCATTGTAAACACGTACTTCTCTCTCGCTGCCTGTGTGCTCACAGCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCCTTCTCCAGCCTAGTGGAGCACCGAGGCAAGCTCAACATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122084 TGCCTTCTCCAGCCTAGTGGAGCACCGAGGCAAGCTCAACATGGTA...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808   GTTCACATTCAGAATGCCACCCTTGCTGGAGGAGTTGCTGTGGGCACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124277 AGGTTCACATTCAGAATGCCACCCTTGCTGGAGGAGTTGCTGTGGGCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGTGCGGATATGGCAATTCACCCATTTGGTTCTATGATTATTGGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124327 TGTGCGGATATGGCAATTCACCCATTTGGTTCTATGATTATTGGGAGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGCAGGAATGGTCTCTGTGCTTGGATACAAGTTCCTGACT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124377 TGCAGGAATGGTCTCTGTGCTTGGATACAAGTTCCTGACTGTA...TAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACTTTTTACTACTAAACTGAGGATCCATGATACATGTGGGGTCCATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125669 CACTTTTTACTACTAAACTGAGGATCCATGATACATGTGGGGTCCATAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCCACGGCTTACCTGGTGTAGTGGGAGGCCTTGCAGGCATTGTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125719 CTCCACGGCTTACCTGGTGTAGTGGGAGGCCTTGCAGGCATTGTGGCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGCAATGGGCGCCTCCAACAC         GTCTATGGCCATGCAGGCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125769 AGCAATGGGCGCCTCCAACACGTG...TAGGTCTATGGCCATGCAGGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGCACTGGGTTCCTCTATCGGAACAGCAGTTGTTGGAGGTCTGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129613 CTGCACTGGGTTCCTCTATCGGAACAGCAGTTGTTGGAGGTCTGATGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         GTTTAATTCTAAAGTTGCCTCTCTGGGGACAGCCATCTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129663 GGTC...CAGGTTTAATTCTAAAGTTGCCTCTCTGGGGACAGCCATCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1179 CCAGAACTGCTATGATGATTCTGTTTATTGGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129932 CCAGAACTGCTATGATGATTCTGTTTATTGGAAGGT