seq1 = pF1KE1417.tfa, 1758 bp
seq2 = pF1KE1417/gi568815592r_158666917.tfa (gi568815592r:158666917_158889371), 222455 bp

>pF1KE1417 1758
>gi568815592r:158666917_158889371 (Chr6)

(complement)

13-96  (100001-100084)   100% ->
97-192  (102169-102264)   100% ->
193-467  (103789-104063)   100% ->
468-551  (104645-104728)   100% ->
552-698  (105706-105852)   100% ->
699-795  (112868-112964)   100% ->
796-959  (117965-118128)   100% ->
960-1090  (118478-118608)   100% ->
1091-1251  (119428-119588)   100% ->
1252-1344  (119954-120046)   100% ->
1345-1596  (121860-122111)   100% ->
1597-1758  (122294-122455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 ATCAATGTCCGAGTTACCACCATGGATGCAGAGCTGGAGTTTGCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATCAATGTCCGAGTTACCACCATGGATGCAGAGCTGGAGTTTGCAATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 GCCAAATACAACTGGAAAACAGCTTTTTGATCAG         GTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GCCAAATACAACTGGAAAACAGCTTTTTGATCAGGTT...CAGGTGGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    104 AGACTATCGGCCTCCGGGAAGTGTGGTACTTTGGCCTCCACTATGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102176 AGACTATCGGCCTCCGGGAAGTGTGGTACTTTGGCCTCCACTATGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 AATAAAGGATTTCCTACCTGGCTGAAGCTGGATAAGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102226 AATAAAGGATTTCCTACCTGGCTGAAGCTGGATAAGAAGGCA...CAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GTCTGCCCAGGAGGTCAGGAAGGAGAATCCCCTCCAGTTCAAGTTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103791 GTCTGCCCAGGAGGTCAGGAAGGAGAATCCCCTCCAGTTCAAGTTCCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 CCAAGTTCTACCCTGAAGATGTGGCTGAGGAGCTCATCCAGGACATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103841 CCAAGTTCTACCCTGAAGATGTGGCTGAGGAGCTCATCCAGGACATCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 CAGAAACTTTTCTTCCTCCAAGTGAAGGAAGGAATCCTTAGCGATGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103891 CAGAAACTTTTCTTCCTCCAAGTGAAGGAAGGAATCCTTAGCGATGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 CTACTGCCCCCCTGAGACTGCCGTGCTCTTGGGGTCCTACGCTGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103941 CTACTGCCCCCCTGAGACTGCCGTGCTCTTGGGGTCCTACGCTGTGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 CCAAGTTTGGGGACTACAACAAAGAAGTGCACAAGTCTGGGTACCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103991 CCAAGTTTGGGGACTACAACAAAGAAGTGCACAAGTCTGGGTACCTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 TCTGAGCGGCTGATCCCTCAAAG         AGTGATGGACCAGCACAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104041 TCTGAGCGGCTGATCCCTCAAAGGTG...CAGAGTGATGGACCAGCACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 ACTTACCAGGGACCAGTGGGAGGACCGGATCCAGGTGTGGCATGCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104663 ACTTACCAGGGACCAGTGGGAGGACCGGATCCAGGTGTGGCATGCGGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 ACCGTGGGATGCTCAA         AGATAATGCTATGTTGGAATACCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104713 ACCGTGGGATGCTCAAGTG...TAGAGATAATGCTATGTTGGAATACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 AAGATTGCTCAGGACCTGGAAATGTATGGAATCAACTATTTCGAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105731 AAGATTGCTCAGGACCTGGAAATGTATGGAATCAACTATTTCGAGATAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    627 AAACAAGAAAGGAACAGACCTTTGGCTTGGAGTTGATGCCCTTGGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105781 AAACAAGAAAGGAACAGACCTTTGGCTTGGAGTTGATGCCCTTGGACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677 ATATTTATGAGAAAGATGATAA         GTTAACCCCAAAGATTGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105831 ATATTTATGAGAAAGATGATAAGTG...CAGGTTAACCCCAAAGATTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718 TTTCCTTGGAGTGAAATCAGGAACATCTCTTTCAATGACAAAAAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112887 TTTCCTTGGAGTGAAATCAGGAACATCTCTTTCAATGACAAAAAGTTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    768 CATTAAACCCATCGACAAGAAGGCACCT         GACTTTGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112937 CATTAAACCCATCGACAAGAAGGCACCTGTA...TAGGACTTTGTGTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 ATGCCCCACGTCTGAGAATCAACAAGCGGATCCTGCAGCTCTGCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117978 ATGCCCCACGTCTGAGAATCAACAAGCGGATCCTGCAGCTCTGCATGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 AACCATGAGTTGTATATGCGCCGCAGGAAGCCTGACACCATCGAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118028 AACCATGAGTTGTATATGCGCCGCAGGAAGCCTGACACCATCGAGGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 GCAGATGAAGGCCCAGGCCCGGGAGGAGAAGCATCAGAAGCAGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118078 GCAGATGAAGGCCCAGGCCCGGGAGGAGAAGCATCAGAAGCAGCTGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959 G         GCAACAGCTGGAAACAGAGAAGAAAAGGAGAGAAACCGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118128 GGTG...CAGGCAACAGCTGGAAACAGAGAAGAAAAGGAGAGAAACCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 GAGAGAGAGAAAGAGCAGATGATGCGCGAGAAGGAGGAGTTGATGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118518 GAGAGAGAGAAAGAGCAGATGATGCGCGAGAAGGAGGAGTTGATGCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 GCTGCAGGACTATGAGGAGAAGACAAAGAAGGCAGAGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118568 GCTGCAGGACTATGAGGAGAAGACAAAGAAGGCAGAGAGAGGTC...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 AGCTCTCGGAGCAGATTCAGAGGGCCCTGCAGCTGGAGGAGGAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119428 AGCTCTCGGAGCAGATTCAGAGGGCCCTGCAGCTGGAGGAGGAGAGGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 CGGGCACAGGAGGAGGCCGAGCGCCTAGAGGCTGACCGTATGGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119478 CGGGCACAGGAGGAGGCCGAGCGCCTAGAGGCTGACCGTATGGCTGCACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 GCGGGCTAAGGAGGAGCTGGAGAGACAGGCGGTGGATCAGATAAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119528 GCGGGCTAAGGAGGAGCTGGAGAGACAGGCGGTGGATCAGATAAAGAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 AGGAGCAGCTG         GCTGCGGAGCTTGCAGAATACACTGCCAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119578 AGGAGCAGCTGGTA...CAGGCTGCGGAGCTTGCAGAATACACTGCCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 ATTGCCCTCCTGGAAGAGGCGCGGAGGCGCAAGGAGGATGAAGTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119984 ATTGCCCTCCTGGAAGAGGCGCGGAGGCGCAAGGAGGATGAAGTTGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1332 GTGGCAGCACAGG         GCCAAAGAAGCCCAGGATGACCTGGTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120034 GTGGCAGCACAGGGTG...AAGGCCAAAGAAGCCCAGGATGACCTGGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373 AGACCAAGGAGGAGCTGCACCTGGTGATGACAGCACCCCCGCCCCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121888 AGACCAAGGAGGAGCTGCACCTGGTGATGACAGCACCCCCGCCCCCACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1423 CCCCCCGTGTACGAGCCGGTGAGCTACCATGTCCAGGAGAGCTTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121938 CCCCCCGTGTACGAGCCGGTGAGCTACCATGTCCAGGAGAGCTTGCAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1473 TGAGGGCGCAGAGCCCACGGGCTACAGCGCGGAGCTGTCTAGTGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121988 TGAGGGCGCAGAGCCCACGGGCTACAGCGCGGAGCTGTCTAGTGAGGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523 TCCGGGATGACCGCAATGAGGAGAAGCGCATCACTGAGGCAGAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122038 TCCGGGATGACCGCAATGAGGAGAAGCGCATCACTGAGGCAGAGAAGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573 GAGCGTGTGCAGCGGCAGCTGCTG         ACGCTGAGCAGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122088 GAGCGTGTGCAGCGGCAGCTGCTGGTG...CAGACGCTGAGCAGCGAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1614 GTCCCAGGCCCGAGATGAGAATAAGAGGACCCACAATGACATCATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122311 GTCCCAGGCCCGAGATGAGAATAAGAGGACCCACAATGACATCATCCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1664 ACGAGAACATGAGGCAAGGCCGGGACAAGTACAAGACGCTGCGGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122361 ACGAGAACATGAGGCAAGGCCGGGACAAGTACAAGACGCTGCGGCAGATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1714 CGGCAGGGCAACACCAAGCAGCGCATCGACGAGTTCGAGGCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122411 CGGCAGGGCAACACCAAGCAGCGCATCGACGAGTTCGAGGCCCTG