seq1 = pF1KE1416.tfa, 321 bp
seq2 = pF1KE1416/gi568815594f_73769471.tfa (gi568815594f:73769471_73969989), 200519 bp

>pF1KE1416 321
>gi568815594f:73769471_73969989 (Chr4)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-224  (100199-100322)   100% ->
225-316  (100436-100528)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGCGCTGCTCTCTCCGCCGCCCCCAGCAATCCCCGGCTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGCGCTGCTCTCTCCGCCGCCCCCAGCAATCCCCGGCTCCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGGCACTGCTGCTCCTGCTCCTGGTAGCCGCTGGCCGGCGCGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTGGCACTGCTGCTCCTGCTCCTGGTAGCCGCTGGCCGGCGCGCAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GAGCGTCCGTGGCCACTGAACTGCGCTGCCAGTGCTTGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...TAGGAGCGTCCGTGGCCACTGAACTGCGCTGCCAGTGCTTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCCTGCAGGGAATTCACCCCAAGAACATCCAAAGTGTGAACGTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100240 ACCCTGCAGGGAATTCACCCCAAGAACATCCAAAGTGTGAACGTGAAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCGGACCCCACTGCGCCCAAACCGAAGTCAT         AGCCACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100290 CCCCGGACCCCACTGCGCCCAAACCGAAGTCATGTA...CAGAGCCACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAGAATGGGCGGAAAGCTTGCCTCAATCCTGCATCCCCCATAGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100444 TCAAGAATGGGCGGAAAGCTTGCCTCAATCCTGCATCCCCCATAGTTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .
    283 AAAATCATCGAAAAGATGCTGAACAG TGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||-|||   ||
 100494 AAAATCATCGAAAAGATGCTGAACAGGTGAGTTAT