seq1 = pF1KE1414.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KE1414/gi568815595r_12053518.tfa (gi568815595r:12053518_12258840), 205323 bp

>pF1KE1414 672
>gi568815595r:12053518_12258840 (Chr3)

(complement)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-237  (101359-101456)   100% ->
238-352  (101907-102021)   100% ->
353-477  (104390-104514)   100% ->
478-672  (105129-105323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGGAGCCCTCGGCCCGCGCCAAGCTGGGTGCTGTTGCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGGAGCCCTCGGCCCGCGCCAAGCTGGGTGCTGTTGCTGCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCGTTGCTGCGGCCCCCGGGGCTGGGTGAGGCATGCAGCTGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCGTTGCTGCGGCCCCCGGGGCTGGGTGAGGCATGCAGCTGCGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGCACCCTCAGCAGCACATCTGCCACTCGGCACTTG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 CGGCGCACCCTCAGCAGCACATCTGCCACTCGGCACTTGGTG...CAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCGGGCCAAAATCTCCAGTGAGAAGGTAGTTCCGGCCAGTGCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101361 ATTCGGGCCAAAATCTCCAGTGAGAAGGTAGTTCCGGCCAGTGCAGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTGACACTGAAAAAATGCTCCGGTATGAAATCAAACAGATAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101411 TGCTGACACTGAAAAAATGCTCCGGTATGAAATCAAACAGATAAAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      ATGTTCAAAGGGTTTGAGAAAGTCAAGGATGTTCAGTATATCTAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101461 ..CAGATGTTCAAAGGGTTTGAGAAAGTCAAGGATGTTCAGTATATCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGCCTTTTGACTCTTCCCTCTGTGGTGTGAAACTAGAAGCCAACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 ACGCCTTTTGACTCTTCCCTCTGTGGTGTGAAACTAGAAGCCAACAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCAGTATCTCTTGACTG         GTCAGGTCCTCAGTGATGGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102002 GAAGCAGTATCTCTTGACTGGTA...AAGGTCAGGTCCTCAGTGATGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGTCTTCATCCATCTGTGCAACTACATCGAGCCCTGGGAGGACCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104411 AAGTCTTCATCCATCTGTGCAACTACATCGAGCCCTGGGAGGACCTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGGTGCAGAGGGAAAGTCTGAATCATCACTACCATCTGAACTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104461 TTGGTGCAGAGGGAAAGTCTGAATCATCACTACCATCTGAACTGTGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAA         ATCACCACCTGCTACACAGTACCCTGTACCATCTCGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104511 CCAAGTA...TAGATCACCACCTGCTACACAGTACCCTGTACCATCTCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCCTAACGAGTGCCTCTGGACAGACTGGCTGTTGGAACGAAAGCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105166 CCCCTAACGAGTGCCTCTGGACAGACTGGCTGTTGGAACGAAAGCTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTTACCAGGCTCAGCATTATGTCTGTATGAAGCATGTTGACGGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105216 GGTTACCAGGCTCAGCATTATGTCTGTATGAAGCATGTTGACGGCACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCTGGTACCGGGGCCACCTGCCTCTCAGGAAGGAGTTTGTTGACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105266 CAGCTGGTACCGGGGCCACCTGCCTCTCAGGAAGGAGTTTGTTGACATCG

    700     .
    665 TTCAGCCC
        ||||||||
 105316 TTCAGCCC