seq1 = pF1KE1410.tfa, 339 bp
seq2 = pF1KE1410/gi568815595f_141638342.tfa (gi568815595f:141638342_141845274), 206933 bp

>pF1KE1410 339
>gi568815595f:141638342_141845274 (Chr3)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-223  (105168-105215)   100% ->
224-339  (106818-106933)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACGTGGAAGACGGAGAGGAAACCTGCGCCCTGGCCTCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGACGTGGAAGACGGAGAGGAAACCTGCGCCCTGGCCTCTCACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGAGCTCAGGCTCCAAGTCGGGAGGCGACAAGATGTTCTCCCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGAGCTCAGGCTCCAAGTCGGGAGGCGACAAGATGTTCTCCCTCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTGGAACGCGGTGGCCATGTGGAGCTGGGACGTGGAGTGCGATACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTGGAACGCGGTGGCCATGTGGAGCTGGGACGTGGAGTGCGATACGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATCTGCAGGGTCCAGGTGATGG         ATGCCTGTCTTAGATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 GCCATCTGCAGGGTCCAGGTGATGGGTA...TAGATGCCTGTCTTAGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAAGCTGAAAACAAACAAGAGGACTGTGTTG         TGGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105184 TCAAGCTGAAAACAAACAAGAGGACTGTGTTGGTA...CAGTGGTCTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGAATGTAATCATTCCTTCCACAACTGCTGCATGTCCCTGTGGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106827 GAGAATGTAATCATTCCTTCCACAACTGCTGCATGTCCCTGTGGGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAACAATCGCTGCCCTCTCTGCCAGCAGGACTGGGTGGTCCAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106877 CAGAACAATCGCTGCCCTCTCTGCCAGCAGGACTGGGTGGTCCAAAGAAT

    350     .
    333 CGGCAAA
        |||||||
 106927 CGGCAAA