seq1 = pF1KE1408.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KE1408/gi568815595r_59652229.tfa (gi568815595r:59652229_60636962), 984734 bp

>pF1KE1408 441
>gi568815595r:59652229_60636962 (Chr3)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% <-
89-249  (622801-622956)   96% ->
250-284  (625563-625594)   91% ==
347-441  (884640-884734)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTTCAGATTTGGCCAACATCTCATCAAGCCCTCTGTAGTGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTTCAGATTTGGCCAACATCTCATCAAGCCCTCTGTAGTGTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAACAGAACTGTCCTTCGCTCTTGTGAATAGGAAAC         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<<<...<<<||-
 100051 CAAAACAGAACTGTCCTTCGCTCTTGTGAATAGGAAACCTG...GACCT 

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTACCAGGACATGTCCTTGTGTGCCCGCTGCGGCCAGTGGAGCGCTTC
        || ||-||-|--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 622803 TGCTA CA G  ATGTCCTTGTGTGCCCGCTGCGGCCAGTGGAGCGCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGACCTGCGTCCTGATGAAGTGGCCGATTTGTTTCAGACGACCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 622849 CATGACCTGCGTCCTGATGAAGTGGCCGATTTGTTTCAGACGACCCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTCGGGACAGTGGTGGAAAAACATTTCCATGGGACCTCTCTCACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 622899 AGTCGGGACAGTGGTGGAAAAACATTTCCATGGGACCTCTCTCACCTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATGCAG         GATGGCCCCGAAGCCGGACAGACTGTGAAGCAC
        ||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||---
 622949 CCATGCAGGTG...TAGGATGGCCCCGAAGCCGGACAGACTGTGAAG   

    300 
    283 GT
        ||
 625593 GT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 AGCTCCAGAAACATGACAAGGAGGACTTTCCTGCCTCTTGGAGATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 884640 AGCTCCAGAAACATGACAAGGAGGACTTTCCTGCCTCTTGGAGATCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    397 GAGGAAATGGCAGCAGAAGCCGCAGCTCTGCGGGTCTACTTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 884690 GAGGAAATGGCAGCAGAAGCCGCAGCTCTGCGGGTCTACTTTCAG