seq1 = pF1KE1407.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE1407/gi568815577f_33166466.tfa (gi568815577f:33166466_33396354), 229889 bp

>pF1KE1407 975
>gi568815577f:33166466_33396354 (Chr21)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-173  (101929-102052)   100% ->
174-331  (110131-110288)   100% ->
332-498  (113287-113453)   100% ->
499-646  (116629-116776)   100% ->
647-804  (121639-121796)   100% ->
805-975  (129719-129889)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGGAGCCTTGGGAGCTGGCTGGGTGGCTGCCTGCTGGTGTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCGTGGAGCCTTGGGAGCTGGCTGGGTGGCTGCCTGCTGGTGTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CATTGGGAATGGTACCACCTCCCGAAAATGTCAGAATGAATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...TAGCATTGGGAATGGTACCACCTCCCGAAAATGTCAGAATGAATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTTAATTTCAAGAACATTCTACAGTGGGAGTCACCTGCTTTTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101971 CTGTTAATTTCAAGAACATTCTACAGTGGGAGTCACCTGCTTTTGCCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGAACCTGACTTTCACAGCTCAGTACCTAAG         TTATAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102021 GGGAACCTGACTTTCACAGCTCAGTACCTAAGGTG...TAGTTATAGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTCCAAGATAAATGCATGAATACTACCTTGACGGAATGTGATTTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110140 ATTCCAAGATAAATGCATGAATACTACCTTGACGGAATGTGATTTCTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCTTTCCAAGTATGGTGACCACACCTTGAGAGTCAGGGCTGAATTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110190 GTCTTTCCAAGTATGGTGACCACACCTTGAGAGTCAGGGCTGAATTTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAGCATTCAGACTGGGTAAACATCACCTTCTGTCCTGTGGATGACA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110240 GATGAGCATTCAGACTGGGTAAACATCACCTTCTGTCCTGTGGATGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         CCATTATTGGACCCCCTGGAATGCAAGTAGAAGTACTTGCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110290 TA...TAGCCATTATTGGACCCCCTGGAATGCAAGTAGAAGTACTTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTCTTTACATATGCGTTTCTTAGCCCCTAAAATTGAGAATGAATACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113329 ATTCTTTACATATGCGTTTCTTAGCCCCTAAAATTGAGAATGAATACGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTTGGACTATGAAGAATGTGTATAACTCATGGACTTATAATGTGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113379 ACTTGGACTATGAAGAATGTGTATAACTCATGGACTTATAATGTGCAATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGGAAAAACGGTACTGATGAAAAG         TTTCAAATTACTCCCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113429 CTGGAAAAACGGTACTGATGAAAAGGTA...TAGTTTCAAATTACTCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTATGACTTTGAGGTCCTCAGAAACCTGGAGCCATGGACAACTTATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116645 AGTATGACTTTGAGGTCCTCAGAAACCTGGAGCCATGGACAACTTATTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTCAAGTTCGAGGGTTTCTTCCTGATCGGAACAAAGCTGGGGAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116695 GTTCAAGTTCGAGGGTTTCTTCCTGATCGGAACAAAGCTGGGGAATGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAGCCTGTCTGTGAGCAAACAACCCATGACG         AAACGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116745 TGAGCCTGTCTGTGAGCAAACAACCCATGACGGTA...CAGAAACGGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTCCTGGATGGTGGCCGTCATCCTCATGGCCTCGGTCTTCATGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121648 CCTCCTGGATGGTGGCCGTCATCCTCATGGCCTCGGTCTTCATGGTCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGCACTCCTCGGCTGCTTCGCCTTGCTGTGGTGCGTTTACAAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121698 CTGGCACTCCTCGGCTGCTTCGCCTTGCTGTGGTGCGTTTACAAGAAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAGTACGCCTTCTCCCCTAGGAATTCTCTTCCACAGCACCTGAAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 121748 AAAGTACGCCTTCTCCCCTAGGAATTCTCTTCCACAGCACCTGAAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805         TTTTTGGGCCATCCTCATCATAACACACTTCTGTTTTTCTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121798 TA...CAGTTTTTGGGCCATCCTCATCATAACACACTTCTGTTTTTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTCCATTGTCGGATGAGAATGATGTTTTTGACAAGCTAAGTGTCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129761 TTTCCATTGTCGGATGAGAATGATGTTTTTGACAAGCTAAGTGTCATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAGACTCTGAGAGCGGCAAGCAGAATCCTGGTGACAGCTGCAGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129811 AGAAGACTCTGAGAGCGGCAAGCAGAATCCTGGTGACAGCTGCAGCCTCG

   1000     .    :    .    :    .
    947 GGACCCCGCCTGGGCAGGGGCCCCAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 129861 GGACCCCGCCTGGGCAGGGGCCCCAAAGC