seq1 = pF1KE1406.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KE1406/gi568815594r_5721763.tfa (gi568815594r:5721763_5988266), 266504 bp

>pF1KE1406 1716
>gi568815594r:5721763_5988266 (Chr4)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-128  (121511-121599)   100% ->
129-313  (127057-127241)   100% ->
314-478  (131960-132124)   100% ->
479-540  (136798-136859)   100% ->
541-621  (138795-138875)   100% ->
622-690  (145106-145174)   100% ->
691-811  (146839-146959)   100% ->
812-968  (148589-148745)   100% ->
969-1110  (151361-151502)   100% ->
1111-1281  (152182-152352)   100% ->
1282-1461  (159599-159778)   100% ->
1462-1627  (162608-162773)   100% ->
1628-1716  (166416-166504)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTACCAGGGCAAGAAGAGCATCCCGCACATCACG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGTCGTACCAGGGCAAGAAGAGCATCCCGCACATCACGGTA...CAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGACCGACTCCTCATCAAAGGTGGACGGATCATCAACGATGACCAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121513 TGACCGACTCCTCATCAAAGGTGGACGGATCATCAACGATGACCAATCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTATGCTGACGTCTACCTGGAGGATGGACTTATCAA         ACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121563 TTTATGCTGACGTCTACCTGGAGGATGGACTTATCAAGTG...CAGACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATAGGAGAGAACTTAATCGTTCCTGGTGGAGTGAAGACCATTGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127061 ATAGGAGAGAACTTAATCGTTCCTGGTGGAGTGAAGACCATTGAAGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGGCGGATGGTTATTCCCGGAGGTATTGATGTCAACACGTACCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127111 CGGGCGGATGGTTATTCCCGGAGGTATTGATGTCAACACGTACCTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCCCTCCCAGGGGATGACTGCGGCTGATGACTTCTTCCAAGGGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127161 AGCCCTCCCAGGGGATGACTGCGGCTGATGACTTCTTCCAAGGGACCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGCACTGGTGGGCGGGACCACGATGATCA         TTGACCATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127211 GCGGCACTGGTGGGCGGGACCACGATGATCAGTG...CAGTTGACCATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTCCTGAACCTGGGTCCAGCCTACTGACCTCTTTCGAGAAGTGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131970 TGTTCCTGAACCTGGGTCCAGCCTACTGACCTCTTTCGAGAAGTGGCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCAGCTGACACCAAATCCTGCTGTGATTACTCCCTCCACGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132020 AAGCAGCTGACACCAAATCCTGCTGTGATTACTCCCTCCACGTGGACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACAAGCTGGTACGATGGCGTTCGGGAGGAGCTGGAGGTGCTGGTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132070 ACAAGCTGGTACGATGGCGTTCGGGAGGAGCTGGAGGTGCTGGTGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAAG         GCGTCAATTCCTTCCAAGTCTACATGGCCTATAAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132120 CAAAGGTC...CAGGCGTCAATTCCTTCCAAGTCTACATGGCCTATAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTCTACCAAATGTCCGACAGCCAG         CTCTATGAAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 136834 ATGTCTACCAAATGTCCGACAGCCAGGTA...TAGCTCTATGAAGCCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCTTCCTTAAGGGCCTGGGAGCTGTGATCTTGGTCCATGCAGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138810 ACCTTCCTTAAGGGCCTGGGAGCTGTGATCTTGGTCCATGCAGAAAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATTTGATAGCTCAG         GAACAAAAGCGGATCCTGGAGATGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 138860 AGATTTGATAGCTCAGGTG...TAGGAACAAAAGCGGATCCTGGAGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATCACGGGTCCCGAGGGCCATGCCCTGAGCAGACCTGAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 145131 GCATCACGGGTCCCGAGGGCCATGCCCTGAGCAGACCTGAAGAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691    CTGGAGGCCGAGGCGGTGTTCCGGGCCATCACCATTGCGGGCCGGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146836 CAGCTGGAGGCCGAGGCGGTGTTCCGGGCCATCACCATTGCGGGCCGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAACTGCCCTGTGTACATCACCAAGGTCATGAGCAAGAGTGCAGCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146886 CAACTGCCCTGTGTACATCACCAAGGTCATGAGCAAGAGTGCAGCCGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCATCGCTCTGGCCAGGAAGAAAG         GGCCCCTAGTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 146936 TCATCGCTCTGGCCAGGAAGAAAGGTA...AAGGGCCCCTAGTTTTTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCCCATTGCCGCCAGCCTGGGGACCGATGGCACCCATTACTGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148606 GAGCCCATTGCCGCCAGCCTGGGGACCGATGGCACCCATTACTGGAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAACTGGGCCAAGGCTGCGGCGTTCGTGACTTCCCCTCCCCTGAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148656 GAACTGGGCCAAGGCTGCGGCGTTCGTGACTTCCCCTCCCCTGAGCCCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCCTACCACGCCCGACTACTTGACCTCCCTACTGGCCTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 148706 ACCCTACCACGCCCGACTACTTGACCTCCCTACTGGCCTGGTG...CAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGGACTTGCAGGTCACAGGCAGCGGCCACTGTCCCTACAGCACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151362 GGGGACTTGCAGGTCACAGGCAGCGGCCACTGTCCCTACAGCACTGCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAGGCGGTGGGCAAGGACAACTTTACCCTGATCCCCGAGGGTGTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151412 GAAGGCGGTGGGCAAGGACAACTTTACCCTGATCCCCGAGGGTGTCAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGATAGAGGAGCGGATGACGGTCGTCTGGGACAAGGCGGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 151462 GGATAGAGGAGCGGATGACGGTCGTCTGGGACAAGGCGGTGGTA...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCTACTGGCAAAATGGATGAGAACCAGTTTGTCGCTGTCACCAGCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152182 GCTACTGGCAAAATGGATGAGAACCAGTTTGTCGCTGTCACCAGCACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCAGCCAAGATCTTTAACCTGTACCCAAGGAAAGGGCGGATTGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152232 TGCAGCCAAGATCTTTAACCTGTACCCAAGGAAAGGGCGGATTGCCGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCTCGGATGCCGACGTGGTCATCTGGGACCCCGACAAGTTGAAGACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152282 GCTCGGATGCCGACGTGGTCATCTGGGACCCCGACAAGTTGAAGACCATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACAGCCAAAAGTCACAAGTCG         GCGGTGGAGTACAACATCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 152332 ACAGCCAAAAGTCACAAGTCGGTA...CAGGCGGTGGAGTACAACATCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGAGGGTATGGAGTGCCACGGCTCCCCACTAGTGGTCATCAGCCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159619 CGAGGGTATGGAGTGCCACGGCTCCCCACTAGTGGTCATCAGCCAGGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGATCGTCTTTGAAGACGGAAACATCAACGTCAACAAGGGCATGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159669 AGATCGTCTTTGAAGACGGAAACATCAACGTCAACAAGGGCATGGGCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCATTCCGCGGAAGGCGTTCCCGGAGCACCTGTACCAGCGCGTCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159719 TTCATTCCGCGGAAGGCGTTCCCGGAGCACCTGTACCAGCGCGTCAAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGGAATAAG         GTTTTTGGATTGCAAGGGGTTTCCAGGGGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 159769 CAGGAATAAGGTG...TAGGTTTTTGGATTGCAAGGGGTTTCCAGGGGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGTATGACGGTCCTGTGTACGAGGTACCAGCTACACCCAAATATGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162639 TGTATGACGGTCCTGTGTACGAGGTACCAGCTACACCCAAATATGCAACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCCGCTCCTTCAGCCAAATCTTCGCCTTCTAAACACCAGCCCCCACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162689 CCCGCTCCTTCAGCCAAATCTTCGCCTTCTAAACACCAGCCCCCACCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAGAAACCTCCACCAGTCCAACTTCAGCTTATCAG         GTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 162739 CAGAAACCTCCACCAGTCCAACTTCAGCTTATCAGGTA...CAGGTGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGATAGATGACAACAATCCCAGGCGCACCGGCCACCGCATCGTGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166422 AGATAGATGACAACAATCCCAGGCGCACCGGCCACCGCATCGTGGCGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :
   1684 CCTGGTGGCCGCTCCAACATCACCAGCCTCGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 166472 CCTGGTGGCCGCTCCAACATCACCAGCCTCGGT