seq1 = pF1KE1403.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KE1403/gi568815592f_167036239.tfa (gi568815592f:167036239_167237352), 201114 bp

>pF1KE1403 1122
>gi568815592f:167036239_167237352 (Chr6)

9-1122  (100001-101114)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 GGAATCAATGAATTTCAGCGATGTTTTCGACTCCAGTGAAGATTATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGAATCAATGAATTTCAGCGATGTTTTCGACTCCAGTGAAGATTATTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 TGTCAGTCAATACTTCATATTACTCAGTTGATTCTGAGATGTTACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCAGTCAATACTTCATATTACTCAGTTGATTCTGAGATGTTACTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 TCCTTGCAGGAGGTCAGGCAGTTCTCCAGGCTATTTGTACCGATTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTGCAGGAGGTCAGGCAGTTCTCCAGGCTATTTGTACCGATTGCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    159 CTCCTTGATCTGTGTCTTTGGCCTCCTGGGGAATATTCTGGTGGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTTGATCTGTGTCTTTGGCCTCCTGGGGAATATTCTGGTGGTGATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    209 CCTTTGCTTTTTATAAGAAGGCCAGGTCTATGACAGACGTCTATCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTTTGCTTTTTATAAGAAGGCCAGGTCTATGACAGACGTCTATCTCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 AACATGGCCATTGCAGACATCCTCTTTGTTCTTACTCTCCCATTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AACATGGCCATTGCAGACATCCTCTTTGTTCTTACTCTCCCATTCTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    309 AGTGAGTCATGCCACCGGTGCGTGGGTTTTCAGCAATGCCACGTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGTGAGTCATGCCACCGGTGCGTGGGTTTTCAGCAATGCCACGTGCAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359 TGCTAAAAGGCATCTATGCCATCAACTTTAACTGCGGGATGCTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTAAAAGGCATCTATGCCATCAACTTTAACTGCGGGATGCTGCTCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409 ACTTGCATTAGCATGGACCGGTACATCGCCATTGTACAGGCGACTAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTTGCATTAGCATGGACCGGTACATCGCCATTGTACAGGCGACTAAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459 ATTCCGGCTCCGATCCAGAACACTACCGCGCAGCAAAATCATCTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTCCGGCTCCGATCCAGAACACTACCGCGCAGCAAAATCATCTGCCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509 TTGTGTGGGGGCTGTCAGTCATCATCTCCAGCTCAACTTTTGTCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTGTGTGGGGGCTGTCAGTCATCATCTCCAGCTCAACTTTTGTCTTCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559 CAAAAATACAACACCCAAGGCAGCGATGTCTGTGAACCCAAGTACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAAAAATACAACACCCAAGGCAGCGATGTCTGTGAACCCAAGTACCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609 TGTCTCGGAGCCCATCAGGTGGAAGCTGCTGATGTTGGGGCTTGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTCTCGGAGCCCATCAGGTGGAAGCTGCTGATGTTGGGGCTTGAGCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659 TCTTTGGTTTCTTTATCCCTTTGATGTTCATGATATTTTGTTACACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCTTTGGTTTCTTTATCCCTTTGATGTTCATGATATTTTGTTACACGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709 ATTGTCAAAACCTTGGTGCAAGCTCAGAATTCTAAAAGGCACAAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATTGTCAAAACCTTGGTGCAAGCTCAGAATTCTAAAAGGCACAAAGCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    759 CCGTGTAATCATAGCTGTGGTGCTTGTGTTTCTGGCTTGTCAGATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCGTGTAATCATAGCTGTGGTGCTTGTGTTTCTGGCTTGTCAGATTCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 ATAACATGGTCCTGCTTGTGACGGCTGCAAATTTGGGTAAAATGAACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATAACATGGTCCTGCTTGTGACGGCTGCAAATTTGGGTAAAATGAACCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 TCCTGCCAGAGCGAAAAGCTAATTGGCTATACGAAAACTGTCACAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCTGCCAGAGCGAAAAGCTAATTGGCTATACGAAAACTGTCACAGAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 CCTGGCTTTCCTGCACTGCTGCCTGAACCCTGTGCTCTACGCTTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCTGGCTTTCCTGCACTGCTGCCTGAACCCTGTGCTCTACGCTTTTATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959 GGCAGAAGTTCAGAAACTACTTTCTGAAGATCTTGAAGGACCTGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCAGAAGTTCAGAAACTACTTTCTGAAGATCTTGAAGGACCTGTGGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009 GTGAGAAGGAAGTACAAGTCCTCAGGCTTCTCCTGTGCCGGGAGGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTGAGAAGGAAGTACAAGTCCTCAGGCTTCTCCTGTGCCGGGAGGTACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059 AGAAAACATTTCTCGGCAGACCAGTGAGACCGCAGATAACGACAATGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGAAAACATTTCTCGGCAGACCAGTGAGACCGCAGATAACGACAATGCGT

   1100     .    :
   1109 CGTCCTTCACTATG
        ||||||||||||||
 101101 CGTCCTTCACTATG