seq1 = pF1KE1402.tfa, 1797 bp
seq2 = pF1KE1402/gi568815589f_122271186.tfa (gi568815589f:122271186_122492541), 221356 bp

>pF1KE1402 1797
>gi568815589f:122271186_122492541 (Chr9)

1-94  (99995-100087)   94% ->
95-211  (106714-106830)   100% ->
212-352  (107248-107388)   100% ->
353-496  (107590-107733)   100% ->
497-678  (110186-110367)   100% ->
679-762  (110479-110562)   100% ->
763-1009  (112324-112570)   100% ->
1010-1296  (115261-115547)   100% ->
1297-1444  (119013-119160)   100% ->
1445-1797  (121004-121356)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATG AGCCGGAGTCTCTTGCTCCGGTTCTTGCTGTTCCTGCTCCTGCTCC
         ||-||--|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  99995 CTGCAG  GGAGTCTCTTGCTCTGGTTCTTGCTGTTCCTGCTCCTGCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 CGCCGCTCCCCGTCCTGCTCGCGGACCCAGGGGCGCCCACGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100043 CGCCGCTCCCCGTCCTGCTCGCGGACCCAGGGGCGCCCACGCCAGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95     TGAATCCCTGTTGTTACTATCCATGCCAGCACCAGGGCATCTGTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100093 .CAGTGAATCCCTGTTGTTACTATCCATGCCAGCACCAGGGCATCTGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 CCGCTTCGGCCTTGACCGCTACCAGTGTGACTGCACCCGCACGGGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106760 CCGCTTCGGCCTTGACCGCTACCAGTGTGACTGCACCCGCACGGGCTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 CCGGCCCCAACTGCACCATCC         CTGGCCTGTGGACCTGGCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106810 CCGGCCCCAACTGCACCATCCGTG...CAGCTGGCCTGTGGACCTGGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 CGGAATTCACTGCGGCCCAGCCCCTCTTTCACCCACTTCCTGCTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107268 CGGAATTCACTGCGGCCCAGCCCCTCTTTCACCCACTTCCTGCTCACTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CGGGCGCTGGTTCTGGGAGTTTGTCAATGCCACCTTCATCCGAGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107318 CGGGCGCTGGTTCTGGGAGTTTGTCAATGCCACCTTCATCCGAGAGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 TCATGCGCCTGGTACTCACAG         TGCGCTCCAACCTTATCCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107368 TCATGCGCCTGGTACTCACAGGTG...CAGTGCGCTCCAACCTTATCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 AGTCCCCCCACCTACAACTCAGCACATGACTACATCAGCTGGGAGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107610 AGTCCCCCCACCTACAACTCAGCACATGACTACATCAGCTGGGAGTCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 CTCCAACGTGAGCTATTACACTCGTATTCTGCCCTCTGTGCCTAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107660 CTCCAACGTGAGCTATTACACTCGTATTCTGCCCTCTGTGCCTAAAGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 GCCCCACACCCATGGGAACCAAAG         GGAAGAAGCAGTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107710 GCCCCACACCCATGGGAACCAAAGGTA...CAGGGAAGAAGCAGTTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 GATGCCCAGCTCCTGGCCCGCCGCTTCCTGCTCAGGAGGAAGTTCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110203 GATGCCCAGCTCCTGGCCCGCCGCTTCCTGCTCAGGAGGAAGTTCATACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 TGACCCCCAAGGCACCAACCTCATGTTTGCCTTCTTTGCACAACACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110253 TGACCCCCAAGGCACCAACCTCATGTTTGCCTTCTTTGCACAACACTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 CCCACCAGTTCTTCAAAACTTCTGGCAAGATGGGTCCTGGCTTCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110303 CCCACCAGTTCTTCAAAACTTCTGGCAAGATGGGTCCTGGCTTCACCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GCCTTGGGCCATGGG         GTAGACCTCGGCCACATTTATGGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110353 GCCTTGGGCCATGGGGTG...CAGGTAGACCTCGGCCACATTTATGGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 CAATCTGGAGCGTCAGTATCAACTGCGGCTCTTTAAGGATGGGAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110505 CAATCTGGAGCGTCAGTATCAACTGCGGCTCTTTAAGGATGGGAAACTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 AGTACCAG         GTGCTGGATGGAGAAATGTACCCGCCCTCGGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110555 AGTACCAGGTA...CAGGTGCTGGATGGAGAAATGTACCCGCCCTCGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 GAAGAGGCGCCTGTGTTGATGCACTACCCCCGAGGCATCCCGCCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112357 GAAGAGGCGCCTGTGTTGATGCACTACCCCCGAGGCATCCCGCCCCAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 CCAGATGGCTGTGGGCCAGGAGGTGTTTGGGCTGCTTCCTGGGCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112407 CCAGATGGCTGTGGGCCAGGAGGTGTTTGGGCTGCTTCCTGGGCTCATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 TGTATGCCACGCTCTGGCTACGTGAGCACAACCGTGTGTGTGACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112457 TGTATGCCACGCTCTGGCTACGTGAGCACAACCGTGTGTGTGACCTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 AAGGCTGAGCACCCCACCTGGGGCGATGAGCAGCTTTTCCAGACGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112507 AAGGCTGAGCACCCCACCTGGGGCGATGAGCAGCTTTTCCAGACGACCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 CCTCATCCTCATAG         GGGAGACCATCAAGATTGTCATCGAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112557 CCTCATCCTCATAGGTG...CAGGGGAGACCATCAAGATTGTCATCGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 AGTACGTGCAGCAGCTGAGTGGCTATTTCCTGCAGCTGAAATTTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115288 AGTACGTGCAGCAGCTGAGTGGCTATTTCCTGCAGCTGAAATTTGACCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 GAGCTGCTGTTCGGTGTCCAGTTCCAATACCGCAACCGCATTGCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115338 GAGCTGCTGTTCGGTGTCCAGTTCCAATACCGCAACCGCATTGCCATGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 GTTCAACCATCTCTACCACTGGCACCCCCTCATGCCTGACTCCTTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115388 GTTCAACCATCTCTACCACTGGCACCCCCTCATGCCTGACTCCTTCAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 TGGGCTCCCAGGAGTACAGCTACGAGCAGTTCTTGTTCAACACCTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115438 TGGGCTCCCAGGAGTACAGCTACGAGCAGTTCTTGTTCAACACCTCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237 TTGGTGGACTATGGGGTTGAGGCCCTGGTGGATGCCTTCTCTCGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115488 TTGGTGGACTATGGGGTTGAGGCCCTGGTGGATGCCTTCTCTCGCCAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1287 TGCTGGCCGG         ATCGGTGGGGGCAGGAACATGGACCACCACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115538 TGCTGGCCGGGTA...CAGATCGGTGGGGGCAGGAACATGGACCACCACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 TCCTGCATGTGGCTGTGGATGTCATCAGGGAGTCTCGGGAGATGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119044 TCCTGCATGTGGCTGTGGATGTCATCAGGGAGTCTCGGGAGATGCGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378 CAGCCCTTCAATGAGTACCGCAAGAGGTTTGGCATGAAACCCTACACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119094 CAGCCCTTCAATGAGTACCGCAAGAGGTTTGGCATGAAACCCTACACCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1428 CTTCCAGGAGCTCGTAG         GAGAGAAGGAGATGGCAGCAGAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119144 CTTCCAGGAGCTCGTAGGTG...TAGGAGAGAAGGAGATGGCAGCAGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1469 TGGAGGAATTGTATGGAGACATTGATGCGTTGGAGTTCTACCCTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121028 TGGAGGAATTGTATGGAGACATTGATGCGTTGGAGTTCTACCCTGGACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1519 CTTCTTGAAAAGTGCCATCCAAACTCTATCTTTGGGGAGAGTATGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121078 CTTCTTGAAAAGTGCCATCCAAACTCTATCTTTGGGGAGAGTATGATAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1569 GATTGGGGCTCCCTTTTCCCTCAAGGGTCTCCTAGGGAATCCCATCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121128 GATTGGGGCTCCCTTTTCCCTCAAGGGTCTCCTAGGGAATCCCATCTGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1619 CTCCGGAGTACTGGAAGCCGAGCACATTTGGCGGCGAGGTGGGCTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121178 CTCCGGAGTACTGGAAGCCGAGCACATTTGGCGGCGAGGTGGGCTTTAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669 ATTGTCAAGACGGCCACACTGAAGAAGCTGGTCTGCCTCAACACCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121228 ATTGTCAAGACGGCCACACTGAAGAAGCTGGTCTGCCTCAACACCAAGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1719 CTGTCCCTACGTTTCCTTCCGTGTGCCGGATGCCAGTCAGGATGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121278 CTGTCCCTACGTTTCCTTCCGTGTGCCGGATGCCAGTCAGGATGATGGGC

   1850     .    :    .    :    .
   1769 CTGCTGTGGAGCGACCATCCACAGAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 121328 CTGCTGTGGAGCGACCATCCACAGAGCTC