seq1 = pF1KE1392.tfa, 279 bp
seq2 = pF1KE1392/gi568815593f_147778804.tfa (gi568815593f:147778804_147981649), 202846 bp

>pF1KE1392 279
>gi568815593f:147778804_147981649 (Chr5)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-258  (102643-102845)   100% ->
259-279  (103224-103244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGGTAACTATCTTCCTGCTGGTGACCATCAGCCTTTGTAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGGTAACTATCTTCCTGCTGGTGACCATCAGCCTTTGTAGTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTG         CTACTGCCTTCCTCATCAACAAAGTGCCCCTTCCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTGGTA...CAGCTACTGCCTTCCTCATCAACAAAGTGCCCCTTCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGACAAGTTGGCACCTTTACCTCTGGACAACATTCTTCCCTTTATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102679 TTGACAAGTTGGCACCTTTACCTCTGGACAACATTCTTCCCTTTATGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCATTAAAGCTTCTTCTGAAAACTCTGGGCATTTCTGTTGAGCACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102729 CCATTAAAGCTTCTTCTGAAAACTCTGGGCATTTCTGTTGAGCACCTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGGGCTAAGGAAGTGTGTAAATGAGCTGGGACCAGAGGCTTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102779 GGAGGGGCTAAGGAAGTGTGTAAATGAGCTGGGACCAGAGGCTTCTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    242 CTGTGAAGAAACTGCTG         GAGGCGCTATCACACTTGGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102829 CTGTGAAGAAACTGCTGGTA...CAGGAGGCGCTATCACACTTGGTG