seq1 = pF1KE1391.tfa, 2802 bp
seq2 = pF1KE1391/gi568815593r_41042828.tfa (gi568815593r:41042828_41303230), 260403 bp

>pF1KE1391 2802
>gi568815593r:41042828_41303230 (Chr5)

(complement)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-300  (101517-101673)   100% ->
301-445  (103319-103463)   99% ->
446-587  (107298-107439)   100% ->
588-726  (117023-117161)   100% ->
727-927  (121672-121872)   100% ->
928-1168  (126516-126756)   100% ->
1169-1291  (130884-131006)   100% ->
1292-1458  (141372-141538)   100% ->
1459-1684  (142864-143089)   100% ->
1685-1856  (143978-144149)   100% ->
1857-1968  (144446-144557)   99% ->
1969-2101  (148127-148259)   100% ->
2102-2290  (149233-149421)   100% ->
2291-2381  (153206-153296)   100% ->
2382-2623  (153749-153990)   100% ->
2624-2802  (160225-160403)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGACGCTCTGTCTTGTACTTCATCCTGCTGAATGCTCTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGACGCTCTGTCTTGTACTTCATCCTGCTGAATGCTCTGATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGGCCAAGCCTGCTTCTGTGATCACTATGCATGGACTCAGTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGGCCAAGCCTGCTTCTGTGATCACTATGCATGGACTCAGTGGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGCTCAAAAACTTGCAATTCTGGAACCCAGAGCAGACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 GCTGCTCAAAAACTTGCAATTCTGGAACCCAGAGCAGACACAGGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   ACAAATAGTAGTAGATAAGTACTACCAGGAAAACTTTTGTGAACAGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 AGACAAATAGTAGTAGATAAGTACTACCAGGAAAACTTTTGTGAACAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGCAGCAAGCAGGAGACTAGAGAATGTAACTGGCAAAGATGCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101565 TTGCAGCAAGCAGGAGACTAGAGAATGTAACTGGCAAAGATGCCCCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTGCCTCCTGGGAGATTTTGGACCATGGTCAGACTGTGACCCTTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101615 ACTGCCTCCTGGGAGATTTTGGACCATGGTCAGACTGTGACCCTTGTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAAAACAG         TCTAAAGTTAGATCTGTCTTGCGTCCCAGTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 GAAAAACAGGTA...CAGTCTAAAGTTAGATCTGTCTTGCGTCCCAGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTTGGGGGACAGCCATGCACTGAGCCTCTGGTAGCCTTTCAACCATGCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 103351 GTTTGGGGGACAGCCATGCACTGCGCCTCTGGTAGCCTTTCAACCATGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCCATCTAAGCTCTGCAAAATTGAAGAGGCTGACTGCAAGAATAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103401 TTCCATCTAAGCTCTGCAAAATTGAAGAGGCTGACTGCAAGAATAAATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCTGTGACAGTG         GCCGCTGCATTGCCAGAAAGTTAGAATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103451 CGCTGTGACAGTGGTA...TAGGCCGCTGCATTGCCAGAAAGTTAGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATGGAGAAAATGACTGTGGAGACAATTCAGATGAAAGGGACTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107326 CAATGGAGAAAATGACTGTGGAGACAATTCAGATGAAAGGGACTGTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGACAAAGGCAGTATGCACACGGAAGTATAATCCCATCCCTAGTGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107376 GGACAAAGGCAGTATGCACACGGAAGTATAATCCCATCCCTAGTGTACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGATGGGCAATGG         GTTTCATTTTCTGGCAGGAGAGCCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107426 TTGATGGGCAATGGGTA...TAGGTTTCATTTTCTGGCAGGAGAGCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGAGAAGTCCTTGATAACTCTTTCACTGGAGGAATATGTAAAACTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117050 AGGAGAAGTCCTTGATAACTCTTTCACTGGAGGAATATGTAAAACTGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAGCAGTAGGACAAGTAATCCATACCGTGTTCCGGCCAATCTGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117100 AAAGCAGTAGGACAAGTAATCCATACCGTGTTCCGGCCAATCTGGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCGGCTTTGAG         GTACAAACTGCAGAAGATGACTTGAAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 117150 GTCGGCTTTGAGGTA...CAGGTACAAACTGCAGAAGATGACTTGAAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGATTTCTACAAGGATTTAACTTCTCTTGGACACAATGAAAATCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121701 AGATTTCTACAAGGATTTAACTTCTCTTGGACACAATGAAAATCAACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTCATTCTCAAGTCAGGGGGGGAGCTCTTTCAGTGTACCAATTTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121751 GCTCATTCTCAAGTCAGGGGGGGAGCTCTTTCAGTGTACCAATTTTTTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCCTCAAAGAGAAGTGAAAATATCAACCATAATTCTGCCTTCAAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121801 TCCTCAAAGAGAAGTGAAAATATCAACCATAATTCTGCCTTCAAACAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CATTCAAGCCTCTCACAAAAAG         GATTCTAGTTTTATTAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121851 CATTCAAGCCTCTCACAAAAAGGTA...TAGGATTCTAGTTTTATTAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCATAAAGTGATGAAAGTCTTAAACTTCACAACGAAAGCTAAAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126535 TCCATAAAGTGATGAAAGTCTTAAACTTCACAACGAAAGCTAAAGATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CACCTTTCTGATGTCTTTTTGAAAGCACTTAACCATCTGCCTCTAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126585 CACCTTTCTGATGTCTTTTTGAAAGCACTTAACCATCTGCCTCTAGAATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAACTCTGCTTTGTACAGCCGAATATTCGATGACTTTGGGACTCATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126635 CAACTCTGCTTTGTACAGCCGAATATTCGATGACTTTGGGACTCATTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCACCTCTGGCTCCCTGGGAGGCGTGTATGACCTTCTCTATCAGTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126685 TCACCTCTGGCTCCCTGGGAGGCGTGTATGACCTTCTCTATCAGTTTAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AGTGAGGAACTAAAGAACTCAG         GTTTAACCGAGGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126735 AGTGAGGAACTAAAGAACTCAGGTA...TAGGTTTAACCGAGGAAGAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAACACTGTGTCAGGATTGAAACAAAGAAACGCGTTTTATTTGCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130903 CAAACACTGTGTCAGGATTGAAACAAAGAAACGCGTTTTATTTGCTAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAACAAAAGTGGAACATAGGTGCACCACCAACAAGCTGTCAGAGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130953 AAACAAAAGTGGAACATAGGTGCACCACCAACAAGCTGTCAGAGAAACAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAG         GTTCATTTATACAGGGAGCAGAGAAATCCATATCCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131003 GAAGGTA...CAGGTTCATTTATACAGGGAGCAGAGAAATCCATATCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GATTCGAGGTGGAAGGAGTGAATATGGAGCAGCTTTGGCATGGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141409 GATTCGAGGTGGAAGGAGTGAATATGGAGCAGCTTTGGCATGGGAGAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAGCTCTGGTCTGGAGGAGAAGACATTTTCTGAGTGGTTAGAATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141459 GGAGCTCTGGTCTGGAGGAGAAGACATTTTCTGAGTGGTTAGAATCAGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGGAAAATCCTGCTGTGATTGACTTTGAG         CTTGCCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 141509 AAGGAAAATCCTGCTGTGATTGACTTTGAGGTA...TAGCTTGCCCCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CGTGGACTTGGTAAGAAACATCCCCTGTGCAGTGACAAAACGGAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142875 CGTGGACTTGGTAAGAAACATCCCCTGTGCAGTGACAAAACGGAACAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCAGGAAAGCTTTGCAAGAGTATGCAGCCAAGTTCGATCCTTGCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142925 TCAGGAAAGCTTTGCAAGAGTATGCAGCCAAGTTCGATCCTTGCCAGTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCTCCATGCCCTAATAATGGCCGACCCACCCTCTCAGGGACTGAATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142975 GCTCCATGCCCTAATAATGGCCGACCCACCCTCTCAGGGACTGAATGTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GTGTGTGTGTCAGAGTGGCACCTATGGTGAGAACTGTGAGAAACAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143025 GTGTGTGTGTCAGAGTGGCACCTATGGTGAGAACTGTGAGAAACAGTCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGATTATAAATCCA         ATGCAGTAGACGGACAGTGGGGTTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 143075 CAGATTATAAATCCAGTA...CAGATGCAGTAGACGGACAGTGGGGTTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TGGTCTTCCTGGAGTACCTGTGATGCTACTTATAAGAGATCGAGAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144004 TGGTCTTCCTGGAGTACCTGTGATGCTACTTATAAGAGATCGAGAACCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AGAATGCAATAATCCTGCCCCCCAACGAGGAGGGAAACGCTGTGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144054 AGAATGCAATAATCCTGCCCCCCAACGAGGAGGGAAACGCTGTGAGGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGAAGCGACAAGAGGAAGACTGCACATTTTCAATCATGGAAAACAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 144104 AGAAGCGACAAGAGGAAGACTGCACATTTTCAATCATGGAAAACAAGTA.

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857      TGGACAACCATGTATCAATGATGATGAAGAAATGAAAGAGGTCGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 144154 ..TAGTGGACAACCATGTATCAATGATGACGAAGAAATGAAAGAGGTCGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TCTTCCTGAGATAGAAGCAGATTCCGGGTGTCCTCAGCCAGTTCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144491 TCTTCCTGAGATAGAAGCAGATTCCGGGTGTCCTCAGCCAGTTCCTCCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AAAATGGATTTATCCGG         AATGAAAAGCAACTATACTTGGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 144541 AAAATGGATTTATCCGGGTC...AAGAATGAAAAGCAACTATACTTGGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GGAGAAGATGTTGAAATTTCATGCCTTACTGGCTTTGAAACTGTTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148151 GGAGAAGATGTTGAAATTTCATGCCTTACTGGCTTTGAAACTGTTGGATA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CCAGTACTTCAGATGCTTACCAGACGGGACCTGGAGACAAGGGGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148201 CCAGTACTTCAGATGCTTACCAGACGGGACCTGGAGACAAGGGGATGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AATGCCAAC         GGACGGAGTGCATCAAGCCAGTTGTGCAGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 148251 AATGCCAACGTG...CAGGGACGGAGTGCATCAAGCCAGTTGTGCAGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GTCCTGACAATTACACCATTTCAGAGATTGTATAGAATTGGTGAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149265 GTCCTGACAATTACACCATTTCAGAGATTGTATAGAATTGGTGAATCCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGAGCTAACTTGCCCCAAAGGCTTTGTTGTTGCTGGGCCATCAAGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149315 TGAGCTAACTTGCCCCAAAGGCTTTGTTGTTGCTGGGCCATCAAGGTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 CATGCCAGGGGAATTCCTGGACACCACCCATTTCAAACTCTCTCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149365 CATGCCAGGGGAATTCCTGGACACCACCCATTTCAAACTCTCTCACCTGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GAAAAAG         ATACTCTAACAAAATTAAAAGGCCATTGTCAGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149415 GAAAAAGGTG...CAGATACTCTAACAAAATTAAAAGGCCATTGTCAGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GGGACAGAAACAATCAGGATCTGAATGCATTTGTATGTCTCCAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153240 GGGACAGAAACAATCAGGATCTGAATGCATTTGTATGTCTCCAGAAGAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 ACTGTAG         CCATCATTCAGAAGATCTCTGTGTGTTTGACACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153290 ACTGTAGGTA...CAGCCATCATTCAGAAGATCTCTGTGTGTTTGACACA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GACTCCAACGATTACTTTACTTCACCCGCTTGTAAGTTTTTGGCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153783 GACTCCAACGATTACTTTACTTCACCCGCTTGTAAGTTTTTGGCTGAGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 ATGTTTAAATAATCAGCAACTCCATTTTCTACATATTGGTTCCTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153833 ATGTTTAAATAATCAGCAACTCCATTTTCTACATATTGGTTCCTGCCAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 ACGGCCGCCAGTTAGAATGGGGTCTTGAAAGGACAAGACTTTCATCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153883 ACGGCCGCCAGTTAGAATGGGGTCTTGAAAGGACAAGACTTTCATCCAAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 AGCACAAAGAAAGAATCCTGTGGCTATGACACCTGCTATGACTGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153933 AGCACAAAGAAAGAATCCTGTGGCTATGACACCTGCTATGACTGGGAAAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 ATGTTCAG         CCTCCACTTCCAAATGTGTCTGCCTATTGCCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 153983 ATGTTCAGGTA...CAGCCTCCACTTCCAAATGTGTCTGCCTATTGCCCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CACAGTGCTTCAAGGGTGGAAACCAACTCTACTGTGTCAAAATGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160258 CACAGTGCTTCAAGGGTGGAAACCAACTCTACTGTGTCAAAATGGGATCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 TCAACAAGTGAGAAAACATTGAACATCTGTGAAGTGGGAACTATAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160308 TCAACAAGTGAGAAAACATTGAACATCTGTGAAGTGGGAACTATAAGATG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2757 TGCAAACAGGAAGATGGAAATACTGCATCCTGGAAAGTGTTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160358 TGCAAACAGGAAGATGGAAATACTGCATCCTGGAAAGTGTTTGGCC