seq1 = pF1KE1389.tfa, 1149 bp
seq2 = pF1KE1389/gi568815596f_27794557.tfa (gi568815596f:27794557_28438510), 643954 bp

>pF1KE1389 1149
>gi568815596f:27794557_28438510 (Chr2)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-205  (135276-135352)   100% ->
206-300  (193437-193531)   100% ->
301-495  (230670-230864)   100% ->
496-570  (251169-251243)   100% ->
571-680  (334715-334824)   100% ->
681-780  (442646-442745)   100% ->
781-851  (446767-446837)   100% ->
852-934  (450224-450306)   100% ->
935-1088  (503782-503935)   100% ->
1089-1149  (543894-543954)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCCAGAAGTGGCCTTGAACCGAATATCTCCAATGCTCTCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCCAGAAGTGGCCTTGAACCGAATATCTCCAATGCTCTCCCCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATATCTAGCGTGGTCCGGAATGGAAAAGTGGGACTGGATGCTACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATATCTAGCGTGGTCCGGAATGGAAAAGTGGGACTGGATGCTACAAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTGAGGATAACTGACTTAAAATCTGG         CTGCACATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 GTTTGAGGATAACTGACTTAAAATCTGGGTA...AAGCTGCACATCATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTCCTGGGCCCAACTGTGACCGATTTAAACTGCACATACCATATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135289 ACTCCTGGGCCCAACTGTGACCGATTTAAACTGCACATACCATATGCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGACATTAAAGT         GGGATATCATTTTCAATGCCCAATACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 135339 AGAGACATTAAAGTGTA...CAGGGGATATCATTTTCAATGCCCAATACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAACTGCCTCCCGATTTTATCTTTGGAGAAGATGCTGAATTCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193464 CAGAACTGCCTCCCGATTTTATCTTTGGAGAAGATGCTGAATTCCTGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCCCTCAGCTTTGCAG         AATCTTGCCTCCTGGAATCCTTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 193514 GACCCCTCAGCTTTGCAGGTG...CAGAATCTTGCCTCCTGGAATCCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATCCTGAATGTCTCTTACTTGTGGTGAAGGAACTTGTGCAACAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230693 AAATCCTGAATGTCTCTTACTTGTGGTGAAGGAACTTGTGCAACAATATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCAATTCCAATGTAGCCGCCTCCGGGAGAGCTCCCGCCTCATGTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230743 ACCAATTCCAATGTAGCCGCCTCCGGGAGAGCTCCCGCCTCATGTTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCAGACATTACTGGAGGAGCCACAGTATGGAGAGAACATGGAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230793 TACCAGACATTACTGGAGGAGCCACAGTATGGAGAGAACATGGAAATTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTGGGAAAAAAAACAACTGG         ACTGGTGAATTTTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 230843 TGCTGGGAAAAAAAACAACTGGGTA...CAGACTGGTGAATTTTCAGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTTTCCTTTTGAAGCTGCCCGTAGATTTCAGCAATATCCCCACATACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251188 GTTTCCTTTTGAAGCTGCCCGTAGATTTCAGCAATATCCCCACATACCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCAAG         GATGTAAATGAAGACCCTGGAGAAGATGTGGCCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251238 CTCAAGGTA...AAGGATGTAAATGAAGACCCTGGAGAAGATGTGGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCTCTGTTAGTTTTGAGGACACTGAAGCCACCCAGGTGTACCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334750 CCTCTCTGTTAGTTTTGAGGACACTGAAGCCACCCAGGTGTACCCCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTACTTGTCACCTCGAATTGAGCA         TGCACTTGGAGGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 334800 TGTACTTGTCACCTCGAATTGAGCAGTA...CAGTGCACTTGGAGGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCAGCTCTTCATATCCCAGCTTTTCCAGGAGGAGGATGTCTCATTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 442662 TCAGCTCTTCATATCCCAGCTTTTCCAGGAGGAGGATGTCTCATTGATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGTTCCTCAAGTATGCCACCTGCTCACCAACAAG         GTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 442712 CGTTCCTCAAGTATGCCACCTGCTCACCAACAAGGTA...CAGGTGCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACGTGATTCAAGGGTATCACAAAAGAAGAGAGTATATTGCTGCTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 446774 ACGTGATTCAAGGGTATCACAAAAGAAGAGAGTATATTGCTGCTTTTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGTCACTTTGGCAC         AGGTGTCGTGGAATATGATGCAGAAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 446824 AGTCACTTTGGCACGTA...TAGAGGTGTCGTGGAATATGATGCAGAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTTACAAAACTCACTCTGCTGCTGATGTGGAAAGATTTTTGTTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450251 CTTTACAAAACTCACTCTGCTGCTGATGTGGAAAGATTTTTGTTTTCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TACACA         TTGACCTGCCTCTGTTTTTCCCTCGAGACCAGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 450301 TACACAGTG...CAGTTGACCTGCCTCTGTTTTTCCCTCGAGACCAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTCTCACATTTCAGTCCGTTTATCACTTTACCAACAGTGGACAGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503817 ACTCTCACATTTCAGTCCGTTTATCACTTTACCAACAGTGGACAGCTTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCCCAGGCCCAAAAAAATTATCCGTACAGCCCCAGATGGGATGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503867 CTCCCAGGCCCAAAAAAATTATCCGTACAGCCCCAGATGGGATGGAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAATGGCCAAAAGAGCAAA         GGCTTATTTCAAAACCTTTGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 503917 AAATGGCCAAAAGAGCAAAGTA...CAGGGCTTATTTCAAAACCTTTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1111 CCTCAGTTCCAGGAGGCAGCATTTGCCAATGGAAAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543916 CCTCAGTTCCAGGAGGCAGCATTTGCCAATGGAAAGCTC