seq1 = pF1KE1388.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KE1388/gi568815594r_56295355.tfa (gi568815594r:56295355_56535477), 240123 bp

>pF1KE1388 1551
>gi568815594r:56295355_56535477 (Chr4)

(complement)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-195  (127762-127828)   98% ->
196-402  (128777-128983)   100% ->
403-515  (132077-132189)   100% ->
516-661  (132293-132438)   100% ->
662-734  (133297-133369)   100% ->
735-886  (133997-134148)   100% ->
887-1014  (134567-134694)   100% ->
1015-1236  (136078-136299)   100% ->
1237-1357  (138739-138859)   100% ->
1358-1551  (139930-140123)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGGAGGAGTTGGGGATCCGAGAGGAATGTGGCGTGTTCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGGAGGAGTTGGGGATCCGAGAGGAATGTGGCGTGTTCGGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCGCCTCAGGAGAGTGGCCCACGCAGCTGGATGTACCGCATGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCGCCTCAGGAGAGTGGCCCACGCAGCTGGATGTACCGCATGTGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTGGGACTCGTGGGGCTGCAGCACCG         GGGTCAGGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 CTCTGGGACTCGTGGGGCTGCAGCACCGGTG...CAGGGGTCAGGAGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGGTATTGTGACTAGTGATGGGAGTTCCGTGCCAACATTCAAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 127775 GCTGGTATTGTGACTAGTGATGGGAGTTCGGTGCCAACATTCAAATCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAG         GGAATGGGTCTTGTAAATCACGTCTTTACTGAAGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127825 CAAGGTA...AAGGGAATGGGTCTTGTAAATCACGTCTTTACTGAAGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTTGAAAAAATTATATGTTTCAAATCTTGGAATTGGACACACCAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128814 ATTTGAAAAAATTATATGTTTCAAATCTTGGAATTGGACACACCAGGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCACCACAGGAAAATGTGAACTAGAAAATTGTCAGCCCTTCGTTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128864 GCCACCACAGGAAAATGTGAACTAGAAAATTGTCAGCCCTTCGTTGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACACTTCATGGGAAGATAGCTGTGGCACATAATGGCGAATTGGTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128914 AACACTTCATGGGAAGATAGCTGTGGCACATAATGGCGAATTGGTAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCTCGATTAAGGAAAAAG         CTTCTGCGTCATGGTATTGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128964 CTGCTCGATTAAGGAAAAAGGTA...TAGCTTCTGCGTCATGGTATTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTCTACAAGTTCTGATAGTGAAATGATTACCCAGTTACTGGCGTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132098 CTGTCTACAAGTTCTGATAGTGAAATGATTACCCAGTTACTGGCGTATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTCCTCAGGAACAAGATGACACCCCAGACTGGGTAGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132148 CCCTCCTCAGGAACAAGATGACACCCCAGACTGGGTAGCCAGGTA...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    516  GATTAAAAACTTGATGAAGGAAGCACCCACAGCATACTCCCTGCTTATA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132292 GGATTAAAAACTTGATGAAGGAAGCACCCACAGCATACTCCCTGCTTATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGCACAGAGATGTTATTTATGCAGTACGAGATCCTTATGGAAATCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132342 ATGCACAGAGATGTTATTTATGCAGTACGAGATCCTTATGGAAATCGTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTATGCATTGGTCGTCTTATTCCAGTGTCTGATATAAATGACAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 132392 CTTATGCATTGGTCGTCTTATTCCAGTGTCTGATATAAATGACAAAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       AGAAAAAAACATCAGAAACAGAAGGATGGGTGGTGTCTTCAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132442 ...CAGAGAAAAAAACATCAGAAACAGAAGGATGGGTGGTGTCTTCAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTTGTAGCTTCTTATCTATTGGTGCAAG         ATATTACCGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 133341 TCTTGTAGCTTCTTATCTATTGGTGCAAGGTA...AAGATATTACCGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTCTTGCCTGGAGAAATTGTGGAAATATCCAGACACAATGTCCAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134009 AGTCTTGCCTGGAGAAATTGTGGAAATATCCAGACACAATGTCCAAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGATATTATATCAAGGTCTGAAGGAAACCCAGTGGCTTTTTGTATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134059 TTGATATTATATCAAGGTCTGAAGGAAACCCAGTGGCTTTTTGTATCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAATATGTTTATTTTGCAAGACCAGACAGTATGTTCGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134109 GAATATGTTTATTTTGCAAGACCAGACAGTATGTTCGAAGGTA...CAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAAATGGTTTATACAGTAAGATACCGTTGTGGCCAGCAGCTAGCGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134568 CCAAATGGTTTATACAGTAAGATACCGTTGTGGCCAGCAGCTAGCGATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGCACCTGTGGATGCAGATTTGGTTAGCACTGTTCCAGAATCTGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134618 AAGCACCTGTGGATGCAGATTTGGTTAGCACTGTTCCAGAATCTGCTACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTGCTGCTCTTGCTTACGCAGGAAAG         TGTGGACTTCCATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 134668 CCTGCTGCTCTTGCTTACGCAGGAAAGGTA...CAGTGTGGACTTCCATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGGAGGTGCTGTGTAAAAACCGGTATGTAGGGAGAACCTTCATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136092 TGTGGAGGTGCTGTGTAAAAACCGGTATGTAGGGAGAACCTTCATTCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAAACATGAGGTTAAGACAACTTGGTGTTGCAAAAAAATTTGGAGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136142 CAAACATGAGGTTAAGACAACTTGGTGTTGCAAAAAAATTTGGAGTATTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCAGACAACTTTAAAGGCAAAAGAATTGTTCTTGTAGATGATTCAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136192 TCAGACAACTTTAAAGGCAAAAGAATTGTTCTTGTAGATGATTCAATTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAGAGGCAATACCATCTCACCTATAATAAAACTGCTCAAAGAATCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136242 CAGAGGCAATACCATCTCACCTATAATAAAACTGCTCAAAGAATCTGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAAAAGAG         GTACACATTCGAGTAGCTTCACCACCAATTAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 136292 CAAAAGAGGTA...AAGGTACACATTCGAGTAGCTTCACCACCAATTAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TATCCATGCTTCATGGGAATAAACATTCCTACAAAAGAAGAGCTCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138772 TATCCATGCTTCATGGGAATAAACATTCCTACAAAAGAAGAGCTCATTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAATAAACCAGAATTTGATCACCTTGCAGAATATCTAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138822 CAATAAACCAGAATTTGATCACCTTGCAGAATATCTAGGTA...TAGGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAAACAGTGTTGTGTATCTGTCAGTAGAAGGACTGGTTTCATCTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139933 CAAACAGTGTTGTGTATCTGTCAGTAGAAGGACTGGTTTCATCTGTACAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAAGGGATAAAGTTTAAAAAACAGAAAGAGAAAAAGCACGATATTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139983 GAAGGGATAAAGTTTAAAAAACAGAAAGAGAAAAAGCACGATATTATGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCAAGAAAATGGAAATGGTCTGGAATGTTTTGAAAAGAGTGGTCATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140033 CCAAGAAAATGGAAATGGTCTGGAATGTTTTGAAAAGAGTGGTCATTGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGCTTGTCTCACTGGAAAATATCCTGTAGAATTAGAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140083 CAGCTTGTCTCACTGGAAAATATCCTGTAGAATTAGAATGG