seq1 = pF1KE1386.tfa, 615 bp
seq2 = pF1KE1386/gi568815592f_31472743.tfa (gi568815592f:31472743_31673690), 200948 bp

>pF1KE1386 615
>gi568815592f:31472743_31673690 (Chr6)

1-99  (100001-100099)   98% ->
100-205  (100186-100291)   100% ->
206-615  (100539-100948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACCACCTGAACGTCTCTTCCTCCCAAGGGTGCGTGGCACCACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGACACCACCTGAACGTCTCTTCCTCCCAAGGGTGTGTGGCACCACCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACCTCCTCCTTCTGGGGCTGCTGCTGGTTCTGCTGCCTGGGGCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 ACACCTCCTCCTTCTGGGGCTGCTGCTGGTTCTGCTGCCTGGGGCCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GGGCTCCCTGGTGTTGGCCTCACACCTTCAGCTGCCCAGACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...TAGGGGCTCCCTGGTGTTGGCCTCACACCTTCAGCTGCCCAGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCGTCAGCACCCCAAGATGCATCTTGCCCACAGCACCCTCAAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100228 GCCCGTCAGCACCCCAAGATGCATCTTGCCCACAGCACCCTCAAACCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTCACCTCATTG         GAGACCCCAGCAAGCAGAACTCACTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100278 TGCTCACCTCATTGGTA...TAGGAGACCCCAGCAAGCAGAACTCACTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTGGAGAGCAAACACGGACCGTGCCTTCCTCCAGGATGGTTTCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 TCTGGAGAGCAAACACGGACCGTGCCTTCCTCCAGGATGGTTTCTCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAACAATTCTCTCCTGGTCCCCACCAGTGGCATCTACTTCGTCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 AGCAACAATTCTCTCCTGGTCCCCACCAGTGGCATCTACTTCGTCTACTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGGTGGTCTTCTCTGGGAAAGCCTACTCTCCCAAGGCCACCTCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 CCAGGTGGTCTTCTCTGGGAAAGCCTACTCTCCCAAGGCCACCTCCTCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACTCTACCTGGCCCATGAGGTCCAGCTCTTCTCCTCCCAGTACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 CACTCTACCTGGCCCATGAGGTCCAGCTCTTCTCCTCCCAGTACCCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATGTGCCTCTCCTCAGCTCCCAGAAGATGGTGTATCCAGGGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 CATGTGCCTCTCCTCAGCTCCCAGAAGATGGTGTATCCAGGGCTGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACCCTGGCTGCACTCGATGTACCACGGGGCTGCGTTCCAGCTCACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 ACCCTGGCTGCACTCGATGTACCACGGGGCTGCGTTCCAGCTCACCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGACCAGCTATCCACCCACACAGATGGCATCCCCCACCTAGTCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100866 GAGACCAGCTATCCACCCACACAGATGGCATCCCCCACCTAGTCCTCAGC

    600     .    :    .    :    .    :
    583 CCTAGTACTGTCTTCTTTGGAGCCTTCGCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100916 CCTAGTACTGTCTTCTTTGGAGCCTTCGCTCTG