seq1 = pF1KE1385.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KE1385/gi568815587f_214171.tfa (gi568815587f:214171_415110), 200940 bp

>pF1KE1385 375
>gi568815587f:214171_415110 (Chr11)

1-186  (100001-100186)   99% ->
187-375  (100752-100940)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAAGGAGGAACATGAGGTGGCTGTGCTGGGGGCACCCCCCAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGCACAAGGAGGAACATGAGGTGGCTGTGCTGGGGCCACCCCCCAGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCCTTCCAAGGTCCACCGTGATCAACATCCACAGCGAGACCTCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCCTTCCAAGGTCCACCGTGATCAACATCCACAGCGAGACCTCCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGACCATGTCGTCTGGTCCCTGTTCAACACCCTCTTCTTGAACTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGACCATGTCGTCTGGTCCCTGTTCAACACCCTCTTCTTGAACTGGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTCTGGGCTTCATAGCATTCGCCTACTCCGTGAAG         TCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 TGTCTGGGCTTCATAGCATTCGCCTACTCCGTGAAGGTG...CAGTCTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACAGGAAGATGGTTGGCGACGTGACCGGGGCCCAGGCCTATGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100757 GGACAGGAAGATGGTTGGCGACGTGACCGGGGCCCAGGCCTATGCCTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCCAAGTGCCTGAACATCTGGGCCCTGATTCTGGGCATCCTCATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100807 CCGCCAAGTGCCTGAACATCTGGGCCCTGATTCTGGGCATCCTCATGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGGATTCATCCTGTTACTGGTATTCGGCTCTGTGACAGTCTACCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100857 ATTGGATTCATCCTGTTACTGGTATTCGGCTCTGTGACAGTCTACCATAT

    350     .    :    .    :    .    :
    342 TATGTTACAGATAATACAGGAAAAACGGGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100907 TATGTTACAGATAATACAGGAAAAACGGGGTTAC