seq1 = pF1KE1380.tfa, 1974 bp
seq2 = pF1KE1380/gi568815589r_127715685.tfa (gi568815589r:127715685_127954355), 238671 bp

>pF1KE1380 1974
>gi568815589r:127715685_127954355 (Chr9)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-219  (111111-111262)   99% ->
220-360  (124529-124669)   100% ->
361-523  (127684-127846)   100% ->
524-689  (128496-128661)   100% ->
690-816  (128999-129125)   100% ->
817-991  (129382-129556)   100% ->
992-1134  (129910-130052)   100% ->
1135-1272  (134319-134456)   100% ->
1273-1311  (134696-134734)   100% ->
1312-1428  (135524-135640)   100% ->
1429-1686  (135979-136236)   100% ->
1687-1741  (137153-137207)   100% ->
1742-1852  (138303-138413)   100% ->
1853-1974  (138550-138671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGCGGCACGCTCCCTCTGGCTGTTGCCCTGCTGCTGGCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCGCGGCACGCTCCCTCTGGCTGTTGCCCTGCTGCTGGCCAGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCTCAGCCCCACAA         GTCTTGCAGAAACAGTCCATTGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCTCAGCCCCACAAGTA...CAGGTCTTGCAGAAACAGTCCATTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTTCAGCCTGTGGGCCCCGAGAGGGACGAGGTGACATATACCACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 111135 ACCTTCAGCCTGTGGGCCCCGAGAGGGGCGAGGTGACATATACCACTAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGTCTCGAAGGGCTGCGTGGCTCAGGCCCCCAATGCCATCCTTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111185 CAGGTCTCGAAGGGCTGCGTGGCTCAGGCCCCCAATGCCATCCTTGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATGTCCTCTTCCTGGAGTTCCCAACG         GGCCCGTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111235 CCATGTCCTCTTCCTGGAGTTCCCAACGGTG...CAGGGCCCGTCACAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAGCTGACTCTCCAGGCATCCAAGCAAAATGGCACCTGGCCCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124542 TGGAGCTGACTCTCCAGGCATCCAAGCAAAATGGCACCTGGCCCCGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGCTTCTGGTCCTCAGTGTAAACAGCAGTGTCTTCCTGCATCTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124592 GTGCTTCTGGTCCTCAGTGTAAACAGCAGTGTCTTCCTGCATCTCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGGAATCCCACTGCACTTGGCCTAC         AATTCCAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 124642 CCTGGGAATCCCACTGCACTTGGCCTACGTG...CAGAATTCCAGCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACCTTCCAAGAGCCCCCGGGGGTCAACACCACAGAGCTGCCATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127697 TCACCTTCCAAGAGCCCCCGGGGGTCAACACCACAGAGCTGCCATCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAAGACCCAGATCCTTGAGTGGGCAGCTGAGAGGGGCCCCATCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127747 CCCAAGACCCAGATCCTTGAGTGGGCAGCTGAGAGGGGCCCCATCACCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTGCTGAGCTGAATGACCCCCAGAGCATCCTCCTCCGACTGGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127797 TGCTGCTGAGCTGAATGACCCCCAGAGCATCCTCCTCCGACTGGGCCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          CCCAGGGGTCACTGTCCTTCTGCATGCTGGAAGCCAGCCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127847 GTC...CAGCCCAGGGGTCACTGTCCTTCTGCATGCTGGAAGCCAGCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACATGGGCCGCACGCTCGAGTGGCGGCCGCGTACTCCAGCCTTGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128537 GACATGGGCCGCACGCTCGAGTGGCGGCCGCGTACTCCAGCCTTGGTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCTGCCACTTGGAAGGCGTGGCCGGCCACAAGGAGGCGCACATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128587 GGGCTGCCACTTGGAAGGCGTGGCCGGCCACAAGGAGGCGCACATCCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGTCCTGCCGGGCCACTCGGCCGG         GCCCCGGACGGTGACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128637 GGGTCCTGCCGGGCCACTCGGCCGGGTA...CAGGCCCCGGACGGTGACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGAAGGTGGAACTGAGCTGCGCACCCGGGGATCTCGATGCCGTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129015 GTGAAGGTGGAACTGAGCTGCGCACCCGGGGATCTCGATGCCGTCCTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGCAGGGTCCCCCCTACGTGTCCTGGCTCATCGACGCCAACCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129065 CCTGCAGGGTCCCCCCTACGTGTCCTGGCTCATCGACGCCAACCACAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCAGATCTGG         ACCACTGGAGAATACTCCTTCAAGATCTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 129115 TGCAGATCTGGGTG...TAGACCACTGGAGAATACTCCTTCAAGATCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAGAGAAAAACATTCGTGGCTTCAAGCTCCCAGACACACCTCAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129412 CCAGAGAAAAACATTCGTGGCTTCAAGCTCCCAGACACACCTCAAGGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGGGGAGGCCCGGATGCTCAATGCCAGCATTGTGGCATCCTTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129462 CCTGGGGGAGGCCCGGATGCTCAATGCCAGCATTGTGGCATCCTTCGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCTACCGCTGGCCAGCATTGTCTCACTTCATGCCTCCAGCTGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129512 AGCTACCGCTGGCCAGCATTGTCTCACTTCATGCCTCCAGCTGCGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992     GTGGTAGGCTGCAGACCTCACCCGCACCGATCCAGACCACTCCTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129562 .CAGGTGGTAGGCTGCAGACCTCACCCGCACCGATCCAGACCACTCCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGGACACTTGTAGCCCGGAGCTGCTCATGTCCTTGATCCAGACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129956 CAAGGACACTTGTAGCCCGGAGCTGCTCATGTCCTTGATCCAGACAAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTGCCGACGACGCCATGACCCTGGTACTAAAGAAAGAGCTTGTTGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 130006 GTGCCGACGACGCCATGACCCTGGTACTAAAGAAAGAGCTTGTTGCGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135       CATTTGAAGTGCACCATCACGGGCCTGACCTTCTGGGACCCCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130056 ...CAGCATTTGAAGTGCACCATCACGGGCCTGACCTTCTGGGACCCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTGTGAGGCAGAGGACAGGGGTGACAAGTTTGTCTTGCGCAGTGCTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134363 CTGTGAGGCAGAGGACAGGGGTGACAAGTTTGTCTTGCGCAGTGCTTACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCAGCTGTGGCATGCAGGTGTCAGCAAGTATGATCAGCAATGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134413 CCAGCTGTGGCATGCAGGTGTCAGCAAGTATGATCAGCAATGAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1273    GCGGTGGTCAATATCCTGTCGAGCTCATCACCACAGCGG        
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 134693 CAGGCGGTGGTCAATATCCTGTCGAGCTCATCACCACAGCGGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312  AAAAAGGTGCACTGCCTCAACATGGACAGCCTCTCTTTCCAGCTGGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135523 GAAAAAGGTGCACTGCCTCAACATGGACAGCCTCTCTTTCCAGCTGGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTACCTCAGCCCACACTTCCTCCAGGCCTCCAACACCATCGAGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135573 TCTACCTCAGCCCACACTTCCTCCAGGCCTCCAACACCATCGAGCCGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCAGAGCTTTGTGCAG         GTCAGAGTGTCCCCATCCGTCTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 135623 CAGCAGAGCTTTGTGCAGGTA...CAGGTCAGAGTGTCCCCATCCGTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGAGTTCCTGCTCCAGTTAGACAGCTGCCACCTGGACTTGGGGCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136002 CGAGTTCCTGCTCCAGTTAGACAGCTGCCACCTGGACTTGGGGCCTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GAGGCACCGTGGAACTCATCCAGGGCCGGGCGGCCAAGGGCAACTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136052 GAGGCACCGTGGAACTCATCCAGGGCCGGGCGGCCAAGGGCAACTGTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGCCTGCTGTCCCCAAGCCCCGAGGGTGACCCGCGCTTCAGCTTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136102 AGCCTGCTGTCCCCAAGCCCCGAGGGTGACCCGCGCTTCAGCTTCCTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCACTTCTACACAGTACCCATACCCAAAACCGGCACCCTCAGCTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136152 CCACTTCTACACAGTACCCATACCCAAAACCGGCACCCTCAGCTGCACGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TAGCCCTGCGTCCCAAGACCGGGTCTCAAGACCAG         GAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 136202 TAGCCCTGCGTCCCAAGACCGGGTCTCAAGACCAGGTG...CAGGAAGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CATAGGACTGTCTTCATGCGCTTGAACATCATCAGCCCTGACCTGTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137159 CATAGGACTGTCTTCATGCGCTTGAACATCATCAGCCCTGACCTGTCTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742         GTTGCACAAGCAAAGGCCTCGTCCTGCCCGCCGTGCTGGGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137209 TG...TAGGTTGCACAAGCAAAGGCCTCGTCCTGCCCGCCGTGCTGGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TCACCTTTGGTGCCTTCCTCATCGGGGCCCTGCTCACTGCTGCACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138345 TCACCTTTGGTGCCTTCCTCATCGGGGCCCTGCTCACTGCTGCACTCTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TACATCTACTCGCACACGC         GTTCCCCCAGCAAGCGGGAGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 138395 TACATCTACTCGCACACGCGTG...CAGGTTCCCCCAGCAAGCGGGAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CGTGGTGGCGGTGGCTGCCCCGGCCTCCTCGGAGAGCAGCAGCACCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138572 CGTGGTGGCGGTGGCTGCCCCGGCCTCCTCGGAGAGCAGCAGCACCAACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACAGCATCGGGAGCACCCAGAGCACCCCCTGCTCCACCAGCAGCATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138622 ACAGCATCGGGAGCACCCAGAGCACCCCCTGCTCCACCAGCAGCATGGCA