seq1 = pF1KE1379.tfa, 759 bp
seq2 = pF1KE1379/gi568815587f_736070.tfa (gi568815587f:736070_938189), 202120 bp

>pF1KE1379 759
>gi568815587f:736070_938189 (Chr11)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-276  (100182-100373)   100% ->
277-351  (100700-100774)   100% ->
352-456  (101181-101285)   100% ->
457-615  (101391-101549)   99% ->
616-702  (101873-101959)   100% ->
703-759  (102064-102120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGAGTTCAACGAGAAGAAGACAACATGTGGCACCGTTTGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGAGTTCAACGAGAAGAAGACAACATGTGGCACCGTTTGCCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACCTGCTGTTTACCTACAATTGCTGCTTCTGG         CTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GTACCTGCTGTTTACCTACAATTGCTGCTTCTGGGTG...TAGCTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCTGGCTGTCATGGCAGTGGGCATCTGGACGCTGGCCCTCAAGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100189 GCCTGGCTGTCATGGCAGTGGGCATCTGGACGCTGGCCCTCAAGAGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACATCAGCCTGCTGGCCTCAGGCACCTACCTGGCCACAGCCTACATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100239 TACATCAGCCTGCTGGCCTCAGGCACCTACCTGGCCACAGCCTACATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGTGGCGGGCACTGTCGTCATGGTGACTGGGGTCTTGGGCTGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100289 GGTGGTGGCGGGCACTGTCGTCATGGTGACTGGGGTCTTGGGCTGCTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACCTTCAAGGAGCGTCGGAACCTGCTGCGCCTG         TACTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100339 CCACCTTCAAGGAGCGTCGGAACCTGCTGCGCCTGGTC...CAGTACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCTGCTCCTCATCATCTTTCTGCTGGAGATCATCGCTGGTATCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 ATCCTGCTCCTCATCATCTTTCTGCTGGAGATCATCGCTGGTATCCTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTACGCCTACTACCAGCAG         CTGAACACGGAGCTCAAGGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100756 CTACGCCTACTACCAGCAGGTG...CAGCTGAACACGGAGCTCAAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGAAGGACACCATGACCAAGCGCTACCACCAGCCGGGCCATGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101203 ACCTGAAGGACACCATGACCAAGCGCTACCACCAGCCGGGCCATGAGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGACCAGCGCTGTGGACCAGCTGCAGCAGGAG         TTCCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101253 GTGACCAGCGCTGTGGACCAGCTGCAGCAGGAGGTG...CAGTTCCACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGTGGCAGCAACAACTCACAGGACTGGCGAGACAGTGAGTGGATCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 CTGTGGCAGCAACAACTCACAGGACTGGCGAGACAGTGAGTGGATCCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACAGGAGGCCGGTGGCCGTGTGGTCCCAGACAGCTGCTGCAAGACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 CACAGGAGGCCGGTGGCCGTGTGGTCCCAGACAGCTGCTGCAAGACGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGCTCTTTGTGGACAGCGAGACCATGCCTCCAACATCTACAAGGTGGA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 GTGGCTCTTTGTGGGCAGCGAGACCATGCCTCCAACATCTACAAGGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GGCGGCTGCATCACCAAGTTGGAGACCTTCATCCAGGAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 GGTG...CAGGGCGGCTGCATCACCAAGTTGGAGACCTTCATCCAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTGAGGGTCATTGGGGCTGTGGGGATCGGCATTGCCTGTGTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101913 ACCTGAGGGTCATTGGGGCTGTGGGGATCGGCATTGCCTGTGTGCAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GTCTTTGGCATGATCTTCACGTGCTGCCTGTACAGGAGTCTCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101963 ...CAGGTCTTTGGCATGATCTTCACGTGCTGCCTGTACAGGAGTCTCAA

    800     .    :
    747 GCTGGAGCACTAC
        |||||||||||||
 102108 GCTGGAGCACTAC