seq1 = pF1KE1377.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KE1377/gi568815597r_183456121.tfa (gi568815597r:183456121_183690329), 234209 bp

>pF1KE1377 1578
>gi568815597r:183456121_183690329 (Chr1)

(complement)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-257  (103353-103435)   100% ->
258-366  (112623-112731)   100% ->
367-501  (115709-115843)   100% ->
502-609  (117038-117145)   98% ->
610-669  (119491-119550)   100% ->
670-713  (121145-121188)   100% ->
714-855  (122985-123126)   100% ->
856-924  (123342-123410)   100% ->
925-1000  (124551-124626)   100% ->
1001-1026  (126300-126325)   100% ->
1027-1178  (126745-126896)   99% ->
1179-1290  (127024-127135)   100% ->
1291-1468  (130057-130234)   100% ->
1469-1578  (134100-134209)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGGTGGAGGCCATCAGCCTCTGGAATGAAGGGGTGCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTGGTGGAGGCCATCAGCCTCTGGAATGAAGGGGTGCTGGCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAAGAAGGACTGGAAGGGAGCCCTGGATGCCTTCAGTGCCGTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACAAGAAGGACTGGAAGGGAGCCCTGGATGCCTTCAGTGCCGTCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCCCACTCCCGGATTTGCTTCAACATTGGCTGCATGTACACTATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCCCACTCCCGGATTTGCTTCAACATTGGCTGCATGTACACTATCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAACATGACTGAAGCAGAGAAG         GCCTTTACCAGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 AAGAACATGACTGAAGCAGAGAAGGTG...CAGGCCTTTACCAGAAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAACCGAGACAAGCACTTGGCAGTGGCTTACTTCCAACGAGGGATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103370 TAACCGAGACAAGCACTTGGCAGTGGCTTACTTCCAACGAGGGATGCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTACCAGACAGAGAA         ATATGATTTGGCTATCAAAGACCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103420 ACTACCAGACAGAGAAGTA...CAGATATGATTTGGCTATCAAAGACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGAAGCCTTGATTCAGCTTCGAGGGAACCAGCTGATAGACTATAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112648 AAAGAAGCCTTGATTCAGCTTCGAGGGAACCAGCTGATAGACTATAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGGGCTCCAGTTCAAGCTGTTTGCCTGTGAG         GTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112698 CCTGGGGCTCCAGTTCAAGCTGTTTGCCTGTGAGGTA...TAGGTGTTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAACATTGCTTTCATGTATGCCAAGAAGGAGGAATGGAAAAAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115716 ATAACATTGCTTTCATGTATGCCAAGAAGGAGGAATGGAAAAAAGCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACAGTTAGCATTGGCCACGAGCATGAAGTCTGAGCCCAGACATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115766 GAACAGTTAGCATTGGCCACGAGCATGAAGTCTGAGCCCAGACATTCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATCGACAAGGCGATGGAGTGTGTCTGG         AAGCAGAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115816 AATCGACAAGGCGATGGAGTGTGTCTGGGTA...CAGAAGCAGAAGCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAGCCAGTGGTGATCCCTGTGGGCAGGCTGTTTCGACCAAATGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 117051 ATGAGCCAGTGGTGATCCCTGTGGGCAAGCTGTTTCGACCAAATGAGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAGTGGCTCAGCTGGCCAAGAAGGATTACCTAGGCAAGGCAACG     
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||>>>..
 117101 CAAGTGGCTCAGCTGGCCAAGAAGGATTACCTAGGCAAGGCGACGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     GTCGTGGCATCTGTGGTGGATCAAGACAGTTTCTCTGGGTTTGCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117151 .TAGGTCGTGGCATCTGTGGTGGATCAAGACAGTTTCTCTGGGTTTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCTGCAACCACAG         GCAGCTGAGCCTCCACCCAGACCGAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119537 CTCTGCAACCACAGGTA...TAGGCAGCTGAGCCTCCACCCAGACCGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCCCAGAGATCTTCAG         GGCTCTGGAAGGGGAGGCTCACCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 121172 ACCCCAGAGATCTTCAGGTA...CAGGGCTCTGGAAGGGGAGGCTCACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGCTATTTGGGTTTGTGCCTGAGACAAAAGAAGAGCTCCAGGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123009 TGTGCTATTTGGGTTTGTGCCTGAGACAAAAGAAGAGCTCCAGGTCATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGGGAACATTGTCTTTGTCTTGAAGAAGGGCAATGATAACTGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123059 CAGGGAACATTGTCTTTGTCTTGAAGAAGGGCAATGATAACTGGGCCACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTCATGTTCAACGGGCAG         AAGGGGCTTGTTCCCTGCAACTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123109 GTCATGTTCAACGGGCAGGTA...CAGAAGGGGCTTGTTCCCTGCAACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTTGAACCAGTTGAGCTGCGGATCCACCCTCAGCAGCAGCCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123365 CCTTGAACCAGTTGAGCTGCGGATCCACCCTCAGCAGCAGCCCCAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925      GAGGAAAGCTCTCCGCAGTCCGACATCCCAGCTCCTCCTAGTTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123415 ..CAGGAGGAAAGCTCTCCGCAGTCCGACATCCCAGCTCCTCCTAGTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAAGCCCCTGGAAGACCCCAGCTGTCACCAG         GCCAGAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124596 AAAGCCCCTGGAAGACCCCAGCTGTCACCAGGTG...CAGGCCAGAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AAAAGAAGAGCCTAAG         GAAGTGAAGCTCAGTGTTCCCATGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126310 AAAAGAAGAGCCTAAGGTA...CAGGAAGTGAAGCTCAGTGTTCCCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCTACACACTCAAGGTGCACTACAAGTACACGGTAGTCATGAAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126770 CCTACACACTCAAGGTGCACTACAAGTACACGGTAGTCATGAAGACTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCCGGGCTCCCCTACAGCCAGGTCCGGGACATGGTGTCTAAGAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126820 CCCGGGCTCCCCTACAGCCAGGTCCGGGACATGGTGTCTAAGAAACTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GCTCCGGCTGGAACAAACTAAGCTGAG         CTATCGGCCTCGGG
        ||||||||||||||| |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126870 GCTCCGGCTGGAACACACTAAGCTGAGGTG...CAGCTATCGGCCTCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACAGCAATGAGCTGGTGCCCCTTTCAGAAGACAGCATGAAGGATGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127038 ACAGCAATGAGCTGGTGCCCCTTTCAGAAGACAGCATGAAGGATGCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGCCAGGTGAAAAACTACTGCCTGACTCTGTGGTGTGAGAACACAGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127088 GGCCAGGTGAAAAACTACTGCCTGACTCTGTGGTGTGAGAACACAGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291        GGTGACCAAGGCTTTCCAGATGAACCCAAGGAAAGTGAAAAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127138 G...CAGGGTGACCAAGGCTTTCCAGATGAACCCAAGGAAAGTGAAAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTGATGCTAATAACCAGACAACAGAACCTCAGCTTAAGAAAGGCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130100 CTGATGCTAATAACCAGACAACAGAACCTCAGCTTAAGAAAGGCAGCCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTGGAGGCACTCTTCAGTTATGAGGCTACCCAACCAGAGGACCTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130150 GTGGAGGCACTCTTCAGTTATGAGGCTACCCAACCAGAGGACCTGGAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCAGGAAGGGGATATAATCCTGGTGTTATCAAAGG         TGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130200 TCAGGAAGGGGATATAATCCTGGTGTTATCAAAGGGTA...CAGTGAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AAGAATGGCTGGAAGGGGAGTGCAAAGGGAAGGTGGGCATTTTCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134106 AAGAATGGCTGGAAGGGGAGTGCAAAGGGAAGGTGGGCATTTTCCCCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTTTTTGTTGAAGACTGCGCAACTACAGATTTGGAAAGCACTCGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134156 GTTTTTGTTGAAGACTGCGCAACTACAGATTTGGAAAGCACTCGGAGAGA

   1700 
   1575 AGTC
        ||||
 134206 AGTC