seq1 = pF1KE1376.tfa, 582 bp
seq2 = pF1KE1376/gi568815589r_127768011.tfa (gi568815589r:127768011_127972854), 204844 bp

>pF1KE1376 582
>gi568815589r:127768011_127972854 (Chr9)

(complement)

1-43  (99787-99829)   88% ->
44-207  (100002-100165)   100% ->
208-324  (100916-101032)   100% ->
325-516  (104343-104534)   99% ->
517-582  (104779-104844)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGAAGCTGAAGAAAACCAATATCATCTTTGTGGTGG       
           | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||>>>...>
  99787 CCCGCAGAGAAGCTGAAGAAAACCAAGATCATCTTTGTGGTGGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GTGGGCCTGGCTCAGGGAAGGGCACCCAGTGTGAGAAGATCGTGCAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 AGGTGGGCCTGGCTCAGGGAAGGGCACCCAGTGTGAGAAGATCGTGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTATGGCTACACCCACCTCTCCACCGGGGACCTCCTGCGGTCCGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 AGTATGGCTACACCCACCTCTCCACCGGGGACCTCCTGCGGTCCGAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTCAGGCTCGGCCAGGGGCAAGAAGCTGTCGGAAATCATGGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 AGCTCAGGCTCGGCCAGGGGCAAGAAGCTGTCGGAAATCATGGAGAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCTGGTTCCACTG         GAGACAGTGTTGGACATGCTCCGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100150 GCAGCTGGTTCCACTGGTG...CAGGAGACAGTGTTGGACATGCTCCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCCATGGTGGCCAAAGTCAATACTTCCAAAGGCTTCCTGATTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 ATGCCATGGTGGCCAAAGTCAATACTTCCAAAGGCTTCCTGATTGATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACCCGCGGGAGGTGCAGCAAGGAGAAGAGTTTGAGCGACGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100991 TACCCGCGGGAGGTGCAGCAAGGAGAAGAGTTTGAGCGACGGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  ATTGGACAGCCCACACTGCTGCTGTATGTGGACGCAGGCCCTGAGACCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104342 GATTGGACAGCCCACACTGCTGCTGTATGTGGACGCAGGCCCTGAGACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACCCAGCGGCTCTTGAAACGTGGAGAGACCAGCGGGCGTGTGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104392 TGACCCAGCGGCTCTTGAAACGTGGAGAGACCAGCGGGCGTGTGGACGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGAGGAGACCATCAAAAAGCGGCTGGAGACCTATTACAAGGCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104442 AATGAGGAGACCATCAAAAAGCGGCTGGAGACCTATTACAAGGCCACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACCCGTCATCGCCTTCTATGAGAAACGTGGCATTGTGCGCAAG       
        ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104492 ACCTGTCATCGCCTTCTATGAGAAACGTGGCATTGTGCGCAAGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTCAACGCTGAGGGCTCCGTGGACAGTGTCTTCTCCCAGGTCTGCACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104777 AGGTCAACGCTGAGGGCTCCGTGGACAGTGTCTTCTCCCAGGTCTGCACC

    600     .    :    .
    565 CACCTGGACGCCCTAAAG
        ||||||||||||||||||
 104827 CACCTGGACGCCCTAAAG