seq1 = pF1KE1372.tfa, 1734 bp
seq2 = pF1KE1372/gi568815587f_117886468.tfa (gi568815587f:117886468_118099638), 213171 bp

>pF1KE1372 1734
>gi568815587f:117886468_118099638 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-188  (101915-102035)   99% ->
189-367  (102975-103153)   100% ->
368-537  (106774-106943)   100% ->
538-688  (107532-107682)   100% ->
689-810  (109122-109243)   100% ->
811-1734  (112248-113171)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCGTGCCTCGTAGTGCTGCTGGCGGCGCTCCTCAGCCTCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCGTGCCTCGTAGTGCTGCTGGCGGCGCTCCTCAGCCTCCGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCTCAGACGCTCATG         GGACAGAGCTGCCCAGCCCTCCGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCTCAGACGCTCATGGTA...CAGGGACAGAGCTGCCCAGCCCTCCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGTGTGGTTTGAAGCAGAATTTTTCCACCACATCCTCCACTGGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101939 CTGTGTGGTTTGAAGCAGAATTTTTCCACCACATCCTCCACTGGACACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCCAAATCAGTCTGAAAGTACCTGCTATGAAGTGGCACTCCTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>
 101989 ATCCCAAATCAGTCTGAAAGTACCTGCTATGAAGTGGCGCTCCTGAGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189       GTATGGAATAGAGTCCTGGAACTCCATCTCCAACTGTAGCCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102039 ...CAGGTATGGAATAGAGTCCTGGAACTCCATCTCCAACTGTAGCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTGTCCTATGACCTTACCGCAGTGACCTTGGACCTGTACCACAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103019 CCCTGTCCTATGACCTTACCGCAGTGACCTTGGACCTGTACCACAGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTACCGGGCCAGAGTGCGGGCTGTGGACGGCAGCCGGCACTCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103069 GGCTACCGGGCCAGAGTGCGGGCTGTGGACGGCAGCCGGCACTCCAACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACCGTCACCAACACCCGCTTCTCTGTGGATGAAG         TGACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103119 GACCGTCACCAACACCCGCTTCTCTGTGGATGAAGGTG...TAGTGACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACAGTTGGCAGTGTGAACCTAGAGATCCACAATGGCTTCATCCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106780 TGACAGTTGGCAGTGTGAACCTAGAGATCCACAATGGCTTCATCCTCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGATTCAGCTACCCAGGCCCAAGATGGCCCCCGCAAATGACACATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106830 AAGATTCAGCTACCCAGGCCCAAGATGGCCCCCGCAAATGACACATATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGCATCTTCAGTCACTTCCGAGAGTATGAGATTGCCATTCGCAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106880 AAGCATCTTCAGTCACTTCCGAGAGTATGAGATTGCCATTCGCAAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGGAAACTTCACG         TTCACACACAAGAAAGTAAAACATGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106930 CGGGAAACTTCACGGTA...CAGTTCACACACAAGAAAGTAAAACATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACTTCAGCCTCCTAACCTCTGGAGAAGTGGGAGAGTTCTGTGTCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107559 AACTTCAGCCTCCTAACCTCTGGAGAAGTGGGAGAGTTCTGTGTCCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAACCATCTGTCGCTTCCCGAAGTAACAAGGGGATGTGGTCTAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107609 GAAACCATCTGTCGCTTCCCGAAGTAACAAGGGGATGTGGTCTAAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGCATCTCCCTCACCAGGCAGT         ATTTCACCGTGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107659 AGTGCATCTCCCTCACCAGGCAGTGTG...CAGATTTCACCGTGACCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCATCATCTTCTTTGCCTTTGTCCTGCTGCTCTCCGGAGCCCTCGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109139 GTCATCATCTTCTTTGCCTTTGTCCTGCTGCTCTCCGGAGCCCTCGCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGCCTGGCCCTCCAGCTGTATGTGCGGCGCCGAAAGAAGCTACCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109189 CTGCCTGGCCCTCCAGCTGTATGTGCGGCGCCGAAAGAAGCTACCCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCTG         CTCTTCAAGAAGCCCAGCCCCTTCATCTTCATCAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109239 TCCTGGTG...CAGCTCTTCAAGAAGCCCAGCCCCTTCATCTTCATCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGCGTCCCTCCCCAGAGACCCAAGACACCATCCACCCGCTTGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112284 CAGCGTCCCTCCCCAGAGACCCAAGACACCATCCACCCGCTTGATGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCCTTTTTGAAGGTGTCCCCAGAGCTGAAGAACTTGGACCTGCACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112334 GGCCTTTTTGAAGGTGTCCCCAGAGCTGAAGAACTTGGACCTGCACGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCACAGACAGTGGCTTTGGCAGCACCAAGCCATCCCTGCAGACTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112384 GCACAGACAGTGGCTTTGGCAGCACCAAGCCATCCCTGCAGACTGAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCCAGTTCCTCCTCCCTGACCCTCACCCCCAGGCTGACAGAACGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112434 CCCCAGTTCCTCCTCCCTGACCCTCACCCCCAGGCTGACAGAACGCTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAACGGGGAGCCCCCTGTGCTGGGGGACAGCTGCAGTAGTGGCAGCAGCA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112484 AAACAGGGAGCCCCCTGTGCTGGGGGACAGCTGCAGTAGTGGCAGCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATAGCACAGACAGCGGGATCTGCCTGCAGGAGCCCAGCCTGAGCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112534 ATAGCACAGACAGCGGGATCTGCCTGCAGGAGCCCAGCCTGAGCCCCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACAGGGCCCACCTGGGAGCAACAGGTGGGGAGCAACAGCAGGGGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112584 ACAGGGCCCACCTGGGAGCAACAGGTGGGGAGCAACAGCAGGGGCCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGACAGTGGCATTGACTTAGTTCAAAACTCTGAGGGCCGGGCTGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112634 TGACAGTGGCATTGACTTAGTTCAAAACTCTGAGGGCCGGGCTGGGGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CACAGGGTGGCTCGGCCTTGGGCCACCACAGTCCCCCGGAGCCTGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112684 CACAGGGTGGCTCGGCCTTGGGCCACCACAGTCCCCCGGAGCCTGAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCTGGGGAAGAAGACCCAGCTGCTGTGGCATTCCAGGGTTACCTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112734 CCTGGGGAAGAAGACCCAGCTGCTGTGGCATTCCAGGGTTACCTGAGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GACCAGATGTGCTGAAGAGAAGGCAACCAAGACAGGCTGCCTGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112784 GACCAGATGTGCTGAAGAGAAGGCAACCAAGACAGGCTGCCTGGAGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AATCGCCCTTGACAGATGGCCTTGGCCCCAAATTCGGGAGATGCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112834 AATCGCCCTTGACAGATGGCCTTGGCCCCAAATTCGGGAGATGCCTGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GATGAGGCAGGCTTGCATCCACCAGCCCTGGCCAAGGGCTATTTGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112884 GATGAGGCAGGCTTGCATCCACCAGCCCTGGCCAAGGGCTATTTGAAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGATCCTCTAGAAATGACTCTGGCTTCCTCAGGGGCCCCAACGGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112934 GGATCCTCTAGAAATGACTCTGGCTTCCTCAGGGGCCCCAACGGGACAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GGAACCAGCCCACTGAGGAATGGTCACTCCTGGCCTTGAGCAGCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112984 GGAACCAGCCCACTGAGGAATGGTCACTCCTGGCCTTGAGCAGCTGCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GACCTGGGAATATCTGACTGGAGCTTTGCCCATGACCTTGCCCCTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113034 GACCTGGGAATATCTGACTGGAGCTTTGCCCATGACCTTGCCCCTCTAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CTGTGTGGCAGCCCCAGGTGGTCTCCTGGGCAGCTTTAACTCAGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113084 CTGTGTGGCAGCCCCAGGTGGTCTCCTGGGCAGCTTTAACTCAGACCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1697 TCACCCTGCCCCTCATCTCTAGCCTGCAGTCAAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113134 TCACCCTGCCCCTCATCTCTAGCCTGCAGTCAAGTGAG