seq1 = pF1KE1365.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KE1365/gi568815591f_73120646.tfa (gi568815591f:73120646_73335787), 215142 bp

>pF1KE1365 1170
>gi568815591f:73120646_73335787 (Chr7)

1-74  (100001-100076)   97% ->
75-153  (103233-103311)   100% ->
154-229  (105066-105141)   100% ->
230-395  (105241-105406)   98% ->
396-451  (106764-106819)   100% ->
452-574  (108922-109044)   99% ->
575-682  (109508-109615)   99% ->
683-800  (111166-111283)   99% ->
801-905  (113969-114073)   100% ->
906-1051  (114544-114689)   99% ->
1052-1170  (115024-115142)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACACCTTCATCCGTCACATCGCCCTGCTGGGCTTTGAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACACCTTCATCCGTCACATCGCCCTGCTGGGCTTTGAGAAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCGTACCCAGCCAGCACTATGT           GTACATGTTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||-->>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CTTCGTACCCAGCCAGCACTATGTGAGTA...CAGGTACATGTTCCTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90 GAAATGGCAGGACCTGTCGGAGAAGGTGGTCTACCGGCGCTTCACCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103248 GAAATGGCAGGACCTGTCGGAGAAGGTGGTCTACCGGCGCTTCACCGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 TCTACGAGTTCCAT         AAAACCTTAAAAGAAATGTTCCCTATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103298 TCTACGAGTTCCATGTG...TAGAAAACCTTAAAAGAAATGTTCCCTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181 GAGGCAGGGGCGATCAATCCAGAGAACAGGATCATCCCCCACCTCCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105093 GAGGCAGGGGCGATCAATCCAGAGAACAGGATCATCCCCCACCTCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230         CTCCCAAGTGGTTTGACGGGCAGCGGGCCGCCGAGAACCGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 105143 TG...CAGCTCCCAAGTGGTTTGACGGGCAGCGGGCCGCCGAGAACCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272 AGGGCACACTTACCGAGTACTGCAGCACGCTCATGAGCCTGCCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 105283 AGGGCACACTTACCGAGTACTGCGGCACGCTCATGAGCCTGCCCACCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322 ATCTCCCGCTGTCCCCACCTCCTCGACTTCTTCAAGGTGCGCCCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 105333 ATCTCCCGCTGTCCCCACCTCCTTGACTTCTTCAAGGTGCGCCCTGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372 CCTCAAGCTCCCCACGGACAACCA         GACAAAAAAGCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105383 CCTCAAGCTCCCCACGGACAACCAGTG...CAGGACAAAAAAGCCAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    413 CATACTTGATGCCCAAAGATGGCAAGAGTACCGCGACAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106781 CATACTTGATGCCCAAAGATGGCAAGAGTACCGCGACAGGTG...CAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    454 ATCACCGGCCCCATCATCCTGCAGACGTACCGCGCCATTGCCAACTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108924 ATCACCGGCCCCATCATCCTGCAGACGTACCGCGCCATTGCCAACTACGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504 GAAGACCTCGGGCTCCGAGATGGCTCTGTCCACGGGGGACGTGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108974 GAAGACCTCGGGCTCCGAGATGGCTCTGTCCACGGGGGACGTGGTGGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554 TCGTAGAGAAGAGCGAGAGCG         GTTGGTGGTTCTGTCAGATG
        |||| ||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109024 TCGTGGAGAAGAGCGAGAGCGGTC...CAGGTTGGTGGTTCTGTCAGATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 AAAGCAAAGCGAGGCTGGATCCCAGCGTCCTTCCTCGAGCCCCTGGACAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 109528 AAAGCAAAGCGAGGCTGGATCCCAGCATCCTTCCTCGAGCCCCTGGACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 TCCTGACGAGACGGAAGACCCTGAGCCCAACTATGCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109578 TCCTGACGAGACGGAAGACCCTGAGCCCAACTATGCAGGTG...CAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686 AGCCATACGTCGCCATCAAGGCCTACACTGCTGTGGAGGGGGACGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111169 AGCCATACGTCGCCATCAAGGCCTACACTGCTGTGGAGGGGGACGAGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736 TCCCTGCTCGAGGGTGAAGCTGTTGAGGTCATTCACAAGCTCCTGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 111219 TCCCTGCTCGAGGGTGAAGCTGTTGAGGTAATTCACAAGCTCCTGGACGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786 CTGGTGGGTCATCAG         GAAAGACGACGTCACAGGCTACTTCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111269 CTGGTGGGTCATCAGGTA...CAGGAAAGACGACGTCACAGGCTACTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827 CGTCCATGTACCTGCAAAAGTCAGGGCAAGACGTGTCCCAGGCCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113995 CGTCCATGTACCTGCAAAAGTCAGGGCAAGACGTGTCCCAGGCCCAACGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877 CAGATCAAGCGGGGGGCGCCGCCCCGCAG         GTCGTCCATCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114045 CAGATCAAGCGGGGGGCGCCGCCCCGCAGGTA...CAGGTCGTCCATCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    918 CAACGCGCACAGCATCCACCAGCGGTCGCGGAAGCGCCTCAGCCAGGACG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114556 CAACGTGCACAGCATCCACCAGCGGTCGCGGAAGCGCCTCAGCCAGGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968 CCTATCGCCGCAACAGCGTCCGTTTTCTGCAGCAGCGACGCCGCCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114606 CCTATCGCCGCAACAGCGTCCGTTTTCTGCAGCAGCGACGCCGCCAGGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018 CGGCCGGGACCGCAGAGCCCCGGGAGCCCGCTCG         AGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114656 CGGCCGGGACCGCAGAGCCCCGGGAGCCCGCTCGGTG...CAGAGGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059 GCGGCAGACGCAGCGCTCTAAACCGCAGCCGGCGGTGCCCCCGCGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115031 GCGGCAGACGCAGCGCTCTAAACCGCAGCCGGCGGTGCCCCCGCGGCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1109 GCGCCGACCTCATCCTGAACCGCTGCAGCGAGAGCACCAAGCGGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115081 GCGCCGACCTCATCCTGAACCGCTGCAGCGAGAGCACCAAGCGGAAGCTG

   1250     .    :
   1159 GCGTCTGCCGTC
        ||||||||||||
 115131 GCGTCTGCCGTC