seq1 = pF1KE1364.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KE1364/gi568815588f_113597494.tfa (gi568815588f:113597494_113829537), 232044 bp

>pF1KE1364 909
>gi568815588f:113597494_113829537 (Chr10)

1-110  (100001-100110)   99% ->
111-247  (123539-123675)   100% ->
248-376  (124158-124286)   100% ->
377-552  (127869-128044)   100% ->
553-682  (128812-128941)   100% ->
683-909  (131818-132044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGATGAGCAGGGCTGTATTGAAGAGCAGGGGGTTGAGGATTCAGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGATGATCAGGGCTGTATTGAAGAGCAGGGGGTTGAGGATTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATGAAGATTCAGTGGATGCTAAGCCAGACCGGTCCTCGTTTGTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATGAAGATTCAGTGGATGCTAAGCCAGACCGGTCCTCGTTTGTACCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTCTTCAG         TAAGAAGAAGAAAAATGTCACCATGCGATCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTCTTCAGGTA...CAGTAAGAAGAAGAAAAATGTCACCATGCGATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAAGACCACCCGGGACCGAGTGCCTACATATCAGTACAACATGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123570 ATCAAGACCACCCGGGACCGAGTGCCTACATATCAGTACAACATGAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAAAGCTGGGCAAATGCATCATAATAAACAACAAGAACTTTGATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123620 TGAAAAGCTGGGCAAATGCATCATAATAAACAACAAGAACTTTGATAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACAG         GTATGGGCGTTCGAAACGGAACAGACAAAGATGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123670 TGACAGGTG...CAGGTATGGGCGTTCGAAACGGAACAGACAAAGATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGCGCTCTTCAAGTGCTTCCGAAGCCTGGGTTTTGACGTGATTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124193 GAGGCGCTCTTCAAGTGCTTCCGAAGCCTGGGTTTTGACGTGATTGTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAATGACTGCTCTTGTGCCAAGATGCAAGATCTGCTTAAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 124243 TAATGACTGCTCTTGTGCCAAGATGCAAGATCTGCTTAAAAAAGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    377    CTTCTGAAGAGGACCATACAAATGCCGCCTGCTTCGCCTGCATCCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127866 CAGCTTCTGAAGAGGACCATACAAATGCCGCCTGCTTCGCCTGCATCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAAGCCATGGAGAAGAAAATGTAATTTATGGGAAAGATGGTGTCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127916 TTAAGCCATGGAGAAGAAAATGTAATTTATGGGAAAGATGGTGTCACACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AATAAAGGATTTGACAGCCCACTTTAGGGGGGATAGATGCAAAACCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127966 AATAAAGGATTTGACAGCCCACTTTAGGGGGGATAGATGCAAAACCCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGAGAAACCCAAACTCTTCTTCATTCAG         GCTTGCCGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128016 TAGAGAAACCCAAACTCTTCTTCATTCAGGTA...TAGGCTTGCCGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCGAGCTTGATGATGGCATCCAGGCCGACTCGGGGCCCATCAATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128824 ACCGAGCTTGATGATGGCATCCAGGCCGACTCGGGGCCCATCAATGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATGCTAATCCTCGATACAAGATCCCAGTGGAAGCTGACTTCCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128874 AGATGCTAATCCTCGATACAAGATCCCAGTGGAAGCTGACTTCCTCTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTATTCCACGGTTCCAG         GCTATTACTCGTGGAGGAGCCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128924 CCTATTCCACGGTTCCAGGTA...AAGGCTATTACTCGTGGAGGAGCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAAGAGGCTCCTGGTTTGTGCAAGCCCTCTGCTCCATCCTGGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131841 GGAAGAGGCTCCTGGTTTGTGCAAGCCCTCTGCTCCATCCTGGAGGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGGAAAAGACCTGGAAATCATGCAGATCCTCACCAGGGTGAATGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131891 CGGAAAAGACCTGGAAATCATGCAGATCCTCACCAGGGTGAATGACAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGCCAGGCACTTTGAGTCTCAGTCTGATGACCCACACTTCCATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131941 TTGCCAGGCACTTTGAGTCTCAGTCTGATGACCCACACTTCCATGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGCAGATCCCCTGTGTGGTCTCCATGCTCACCAAGGAACTCTACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131991 AAGCAGATCCCCTGTGTGGTCTCCATGCTCACCAAGGAACTCTACTTCAG

    950 
    906 TCAA
        ||||
 132041 TCAA