seq1 = pF1KE1359.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE1359/gi568815579f_29712688.tfa (gi568815579f:29712688_29923774), 211087 bp

>pF1KE1359 1230
>gi568815579f:29712688_29923774 (Chr19)

1-23  (99869-99891)   100% ->
24-111  (100002-100089)   100% ->
112-180  (100282-100350)   100% ->
181-326  (104450-104595)   100% ->
327-462  (104719-104854)   100% ->
463-609  (108015-108161)   100% ->
610-705  (109035-109130)   100% ->
706-840  (109309-109443)   100% ->
841-952  (109553-109664)   100% ->
953-1110  (109759-109916)   100% ->
1111-1230  (110968-111087)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGAGGGAGCGCAGGGAGCG         GGATGCGAAGGAGCGGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  99869 ATGCCGAGGGAGCGCAGGGAGCGGTG...CAGGGATGCGAAGGAGCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCATGAAGGAGGACGGCGGCGCGGAGTTCTCGGCTCGCTCCAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 CACCATGAAGGAGGACGGCGGCGCGGAGTTCTCGGCTCGCTCCAGGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAGGCAAACGTGACCGTT         TTTTTGCAGGATCCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100070 GGAAGGCAAACGTGACCGTTGTG...TAGTTTTTGCAGGATCCAGATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAATGGCCAAAATCGACAGGACGGCGAGGGACCAGTGTGGGAGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100303 GAAATGGCCAAAATCGACAGGACGGCGAGGGACCAGTGTGGGAGCCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    181        CCTTGGGACAATAATGCAGTCTGTGCAGACCCCTGCTCCCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100353 A...CAGCCTTGGGACAATAATGCAGTCTGTGCAGACCCCTGCTCCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCCCACACCTGACAAAGAAGATGATGACCGGGTTTACCCAAACTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104493 TCCCCACACCTGACAAAGAAGATGATGACCGGGTTTACCCAAACTCAACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGCAAGCCTCGGATTATTGCACCATCCAGAGGCTCCCCGCTGCCTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104543 TGCAAGCCTCGGATTATTGCACCATCCAGAGGCTCCCCGCTGCCTGTACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAG         CTGGGCAAATAGAGAGGAAGTCTGGAAAATCATGTTAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104593 GAGGTC...TAGCTGGGCAAATAGAGAGGAAGTCTGGAAAATCATGTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACAAGGAAAAGACATACTTAAGGGATCAGCACTTTCTTGAGCAACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104757 ACAAGGAAAAGACATACTTAAGGGATCAGCACTTTCTTGAGCAACACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTCTGCAGCCAAAAATGCGAGCAATTCTTCTGGATTGGTTAATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104807 CTTCTGCAGCCAAAAATGCGAGCAATTCTTCTGGATTGGTTAATGGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GTGTGTGAAGTCTATAAACTTCACAGGGAGACCTTTTACTTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104857 G...CAGGTGTGTGAAGTCTATAAACTTCACAGGGAGACCTTTTACTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CACAAGATTTCTTTGACCGGTATATGGCGACACAAGAAAATGTTGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108058 CACAAGATTTCTTTGACCGGTATATGGCGACACAAGAAAATGTTGTAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTCTTTTACAGCTTATTGGGATTTCATCTTTATTTATTGCAGCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108108 ACTCTTTTACAGCTTATTGGGATTTCATCTTTATTTATTGCAGCCAAACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAG         GAAATCTATCCTCCAAAGTTGCACCAGTTTGCGTATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108158 TGAGGTA...CAGGAAATCTATCCTCCAAAGTTGCACCAGTTTGCGTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGACAGATGGAGCTTGTTCAGGAGATGAAATTCTCACCATGGAATTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109072 TGACAGATGGAGCTTGTTCAGGAGATGAAATTCTCACCATGGAATTAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTATGAAG         GCCCTTAAGTGGCGTTTAAGTCCCCTGACTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109122 ATTATGAAGGTG...TAGGCCCTTAAGTGGCGTTTAAGTCCCCTGACTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGTCCTGGCTGAATGTATACATGCAGGTTGCATATCTAAATGACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109341 TGTGTCCTGGCTGAATGTATACATGCAGGTTGCATATCTAAATGACTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGAAGTGCTACTGCCGCAGTATCCCCAGCAAATCTTTATACAGATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109391 ATGAAGTGCTACTGCCGCAGTATCCCCAGCAAATCTTTATACAGATTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAG         CTGTTGGATCTCTGTGTCCTGGATGTTGACTGCCTTGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109441 GAGGTA...TAGCTGTTGGATCTCTGTGTCCTGGATGTTGACTGCCTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATTTCCTTATGGTATACTTGCTGCTTCGGCCTTGTATCATTTCTCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109591 ATTTCCTTATGGTATACTTGCTGCTTCGGCCTTGTATCATTTCTCGTCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGAATTGATGCAAAAGGTTTCAG         GGTATCAGTGGTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109641 CTGAATTGATGCAAAAGGTTTCAGGTA...CAGGGTATCAGTGGTGCGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATAGAGAACTGTGTCAAGTGGATGGTTCCATTTGCCATGGTTATAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109776 ATAGAGAACTGTGTCAAGTGGATGGTTCCATTTGCCATGGTTATAAGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GACGGGGAGCTCAAAACTGAAGCACTTCAGGGGCGTCGCTGATGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109826 GACGGGGAGCTCAAAACTGAAGCACTTCAGGGGCGTCGCTGATGAAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CACACAACATACAGACCCACAGAGACAGCTTGGATTTGCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 109876 CACACAACATACAGACCCACAGAGACAGCTTGGATTTGCTGGTC...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GACAAAGCCCGAGCAAAGAAAGCCATGTTGTCTGAACAAAATAGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110968 GACAAAGCCCGAGCAAAGAAAGCCATGTTGTCTGAACAAAATAGGGCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCCTCTCCCCAGTGGGCTCCTCACCCCGCCACAGAGCGGTAAGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111018 TCCTCTCCCCAGTGGGCTCCTCACCCCGCCACAGAGCGGTAAGAAGCAGA

   1300     .    :    .    :
   1211 GCAGCGGGCCGGAAATGGCG
        ||||||||||||||||||||
 111068 GCAGCGGGCCGGAAATGGCG