seq1 = pF1KE1358.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KE1358/gi568815594f_139566020.tfa (gi568815594f:139566020_139804145), 238126 bp

>pF1KE1358 441
>gi568815594f:139566020_139804145 (Chr4)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-158  (112524-112623)   100% ->
159-229  (129178-129248)   100% ->
230-311  (137436-137517)   100% ->
312-441  (137997-138126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGAACTCGATCCTGCTGGCTGCTGTCTCTATTCTCTCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGAACTCGATCCTGCTGGCTGCTGTCTCTATTCTCTCGGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGCAAA         GTTATTTTGCTTTGCAAGTTGGAAAGGCAAGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGCAAAGTA...CAGGTTATTTTGCTTTGCAAGTTGGAAAGGCAAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAAATACAAAGTTACGCCCCCAGCAGTCACTGGGTCACCAGAGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112557 TAAAATACAAAGTTACGCCCCCAGCAGTCACTGGGTCACCAGAGTTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGTATTTCGGGCACA         ACAAAACTGTGTGGAGTTTTATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112607 AGAGTATTTCGGGCACAGTA...CAGACAAAACTGTGTGGAGTTTTATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATATTCATAATTACATTGTGGATGGCTGGGTGGTATTTCAACCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 129202 TATATTCATAATTACATTGTGGATGGCTGGGTGGTATTTCAACCAAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230       TTTTTGCTACTTGTCTGGGTCTGGTGTACATATATGGCCGTCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129252 ...TAGTTTTTGCTACTTGTCTGGGTCTGGTGTACATATATGGCCGTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTATACTTCTGGGGATATTCAGAAGCTGCTAAAAAACG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 137480 CTATACTTCTGGGGATATTCAGAAGCTGCTAAAAAACGGTA...CAGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CACCGGTTTCCGACTGAGTCTGGGGATTTTGGCCTTGTTGACCCTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138000 CACCGGTTTCCGACTGAGTCTGGGGATTTTGGCCTTGTTGACCCTCCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGCCCTGGGAATTGCAAACAGCTTTCTGGATGAATATCTGGACCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138050 GTGCCCTGGGAATTGCAAACAGCTTTCTGGATGAATATCTGGACCTCAAT

    450     .    :    .    :    .
    415 ATTGCCAAGAAACTGAGGCGGCAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 138100 ATTGCCAAGAAACTGAGGCGGCAATTC