seq1 = pF1KE1355.tfa, 846 bp
seq2 = pF1KE1355/gi568815582f_3555374.tfa (gi568815582f:3555374_3757950), 202577 bp

>pF1KE1355 846
>gi568815582f:3555374_3757950 (Chr16)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-236  (100476-100564)   100% ->
237-320  (100729-100812)   100% ->
321-436  (101265-101380)   100% ->
437-549  (101626-101738)   100% ->
550-704  (101814-101968)   100% ->
705-801  (102347-102443)   100% ->
802-846  (102533-102577)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGCATGAAGCTGCTGGGGGCGCTGCTGGCACTGGCGGCCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGGCATGAAGCTGCTGGGGGCGCTGCTGGCACTGGCGGCCCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGGGGCCGTGTCCCTGAAGATCGCAGCCTTCAACATCCAGACATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGGGGCCGTGTCCCTGAAGATCGCAGCCTTCAACATCCAGACATTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGACCAAGATGTCCAATGCCACCCTCGTCAGCTACATTGTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 GGGAGACCAAGATGTCCAATGCCACCCTCGTCAGCTACATTGTGCAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       ATCCTGAGCCGCTATGACATCGCCCTGGTCCAGGAGGTCAGAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGATCCTGAGCCGCTATGACATCGCCCTGGTCCAGGAGGTCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCACCTGACTGCCGTGGGGAAGCTGCTGGACAACCTCAATCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100520 CAGCCACCTGACTGCCGTGGGGAAGCTGCTGGACAACCTCAATCAGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237     GGATGCACCAGACACCTATCACTACGTGGTCAGTGAGCCACTGGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100570 .CAGGGATGCACCAGACACCTATCACTACGTGGTCAGTGAGCCACTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGAACAGCTATAAGGAGCGCTACCTGTTCGTGTACAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100775 CGGAACAGCTATAAGGAGCGCTACCTGTTCGTGTACAGGTG...CAGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGACCAGGTGTCTGCGGTGGACAGCTACTACTACGATGATGGCTGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101268 TGACCAGGTGTCTGCGGTGGACAGCTACTACTACGATGATGGCTGCGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTGCGGGAACGACACCTTCAACCGAGAGCCAGCCATTGTCAGGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101318 CCTGCGGGAACGACACCTTCAACCGAGAGCCAGCCATTGTCAGGTTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCCGGTTCACAG         AGGTCAGGGAGTTTGCCATTGTTCCCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101368 TCCCGGTTCACAGGTG...CAGAGGTCAGGGAGTTTGCCATTGTTCCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCATGCGGCCCCGGGGGACGCAGTAGCCGAGATCGACGCTCTCTATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101654 GCATGCGGCCCCGGGGGACGCAGTAGCCGAGATCGACGCTCTCTATGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTACCTGGATGTCCAAGAGAAATGGGGCTTGGAG         GACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101704 TCTACCTGGATGTCCAAGAGAAATGGGGCTTGGAGGTG...TAGGACGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGTTGATGGGCGACTTCAATGCGGGCTGCAGCTATGTGAGACCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 ATGTTGATGGGCGACTTCAATGCGGGCTGCAGCTATGTGAGACCCTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGGTCATCCATCCGCCTGTGGACAAGCCCCACCTTCCAGTGGCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101870 GTGGTCATCCATCCGCCTGTGGACAAGCCCCACCTTCCAGTGGCTGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCGACAGCGCTGACACCACAGCTACACCCACGCACTGTGCCTATGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101920 CCGACAGCGCTGACACCACAGCTACACCCACGCACTGTGCCTATGACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         GATCGTGGTTGCAGGGATGCTGCTCCGAGGCGCCGTTGTTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 TG...CAGGATCGTGGTTGCAGGGATGCTGCTCCGAGGCGCCGTTGTTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGACTCGGCTCTTCCCTTTAACTTCCAGGCTGCCTATGGCCTGAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102389 CGACTCGGCTCTTCCCTTTAACTTCCAGGCTGCCTATGGCCTGAGTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACTG         GCCCAAGCCATCAGTGACCACTATCCAGTGGAGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102439 AACTGGTA...CAGGCCCAAGCCATCAGTGACCACTATCCAGTGGAGGTG

    900     .
    838 ATGCTGAAG
        |||||||||
 102569 ATGCTGAAG