seq1 = pF1KE1352.tfa, 996 bp
seq2 = pF1KE1352/gi568815589r_129713975.tfa (gi568815589r:129713975_129924085), 210111 bp

>pF1KE1352 996
>gi568815589r:129713975_129924085 (Chr9)

(complement)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-444  (101240-101505)   100% ->
445-620  (105166-105341)   100% ->
621-748  (105439-105566)   100% ->
749-996  (109864-110111)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGGGCCGGGCCGTGCTGGGCCTGCTGCTGCTGGCGCCGTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGGGCCGGGCCGTGCTGGGCCTGCTGCTGCTGGCGCCGTCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCAGGCGGTGGAGCCCATCAGCCTGGGACTGGCCCTGGCCGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGCAGGCGGTGGAGCCCATCAGCCTGGGACTGGCCCTGGCCGGCGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGGCTACATCTACCCGCGTCTCTACTGCCTCTTCGCCGAGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCGGCTACATCTACCCGCGTCTCTACTGCCTCTTCGCCGAGTGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCAGAAGCGGAGCCTTAGCCGGGAGG         CACTGCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 GGGCAGAAGCGGAGCCTTAGCCGGGAGGGTA...CAGCACTGCAGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTGGACGACAACCTCTTTGGACAGCATCTTGCAAAGAAAATCATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101253 TCTGGACGACAACCTCTTTGGACAGCATCTTGCAAAGAAAATCATCTTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGCCGTGTTTGGTTTCATAAACAACCCAAAGCCCAAGAAACCTCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101303 ATGCCGTGTTTGGTTTCATAAACAACCCAAAGCCCAAGAAACCTCTCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTCCCTGCACGGGTGGACAGGCACCGGCAAAAATTTCGTCAGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101353 CTCTCCCTGCACGGGTGGACAGGCACCGGCAAAAATTTCGTCAGCAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCGCAGAGAATATTTACGAGGGTGGTCTGAACAGTGACTATGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101403 CATCGCAGAGAATATTTACGAGGGTGGTCTGAACAGTGACTATGTCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTTGTGGCCACATTGCACTTTCCACATGCTTCAAACATCACCTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 TGTTTGTGGCCACATTGCACTTTCCACATGCTTCAAACATCACCTTGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAG         GATCAGTTACAGTTGTGGATTCGAGGCAACGTGAGTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101503 AAGGCA...CAGGATCAGTTACAGTTGTGGATTCGAGGCAACGTGAGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGTGCGAGGTCCATCTTCATATTTGATGAAATGGATAAGATGCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105204 CTGTGCGAGGTCCATCTTCATATTTGATGAAATGGATAAGATGCATGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTCATAGATGCCATCAAGCCTTTCCTCGACTATTATGACCTGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105254 GCCTCATAGATGCCATCAAGCCTTTCCTCGACTATTATGACCTGGTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGGTCTCCTACCAGAAAGCCATGTTCATATTTCTCAG         CAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105304 GGGGTCTCCTACCAGAAAGCCATGTTCATATTTCTCAGGTA...CAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCTGGAGCAGAAAGGATCACAGATGTGGCTTTGGATTTCTGGAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105442 TGCTGGAGCAGAAAGGATCACAGATGTGGCTTTGGATTTCTGGAGGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAAAGCAGAGGGAAGACATCAAGCTCAAAGACATTGAACACGCGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105492 GAAAGCAGAGGGAAGACATCAAGCTCAAAGACATTGAACACGCGTTGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGTCGGTTTTCAATAACAAGAACA         GTGGCTTCTGGCACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105542 GTGTCGGTTTTCAATAACAAGAACAGTG...CAGGTGGCTTCTGGCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGCTTAATTCACCGGAACCTCATTGATTATTTTGTTCCCTTCCTCCCCC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109880 CAGCTTAATTGACCGGAACCTCATTGATTATTTTGTTCCCTTCCTCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGAATACAAACACCTAAAAATGTGTATCCGAGTGGAAATGCAGTCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109930 TGGAATACAAACACCTAAAAATGTGTATCCGAGTGGAAATGCAGTCCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGCTATGAAATTGATGAAGACATTGTAAGCAGAGTGGCTGAGGAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109980 GGCTATGAAATTGATGAAGACATTGTAAGCAGAGTGGCTGAGGAGATGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATTTTTCCCCAAAGAGGAGAGAGTTTTCTCAGATAAAGGCTGCAAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110030 ATTTTTCCCCAAAGAGGAGAGAGTTTTCTCAGATAAAGGCTGCAAAACGG

   1000     .    :    .    :    .    :
    965 TGTTCACCAAGTTAGATTATTACTACGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 110080 TGTTCACCAAGTTAGATTATTACTACGATGAT