seq1 = pF1KE1349.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE1349/gi568815575r_47524278.tfa (gi568815575r:47524278_47729844), 205567 bp

>pF1KE1349 1407
>gi568815575r:47524278_47729844 (ChrX)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-227  (100171-100321)   100% ->
228-403  (101568-101743)   99% ->
404-574  (102204-102374)   100% ->
575-766  (102513-102704)   100% ->
767-940  (102899-103072)   100% ->
941-1132  (103326-103517)   100% ->
1133-1244  (103676-103787)   100% ->
1245-1407  (105405-105567)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCACAGAGGGAGCGCAGGCCCCTCGATTGTTGCTGCCGCCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCACAGAGGGAGCGCAGGCCCCTCGATTGTTGCTGCCGCCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCTGCTCACCCTGCCAGCCACAG         GCTCAGACCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CCTGCTGCTCACCCTGCCAGCCACAGGTG...CAGGCTCAGACCCCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTGCTTCACCCAGTATGAAGAATCCTCCGGCAAGTGCAAGGGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100186 TCTGCTTCACCCAGTATGAAGAATCCTCCGGCAAGTGCAAGGGCCTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGGTGGTGTCAGCGTGGAAGACTGCTGTCTCAACACTGCCTTTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100236 GGGGGTGGTGTCAGCGTGGAAGACTGCTGTCTCAACACTGCCTTTGCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGAAACGTAGTGGTGGGCTCTGTCAGCCTTGCAG         GTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100286 CCAGAAACGTAGTGGTGGGCTCTGTCAGCCTTGCAGGTT...CAGGTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACGATGGTCCCTTTGGTCCACATGGGCCCCCTGTTCGGTGACGTGCTCT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101573 CACGATGGTCCCTGTGGTCCACATGGGCCCCCTGTTCGGTGACGTGCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGGCTCCCAGCTGCGGTACCGGCGCTGTGTGGGCTGGAATGGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101623 GAGGGCTCCCAGCTGCGGTACCGGCGCTGTGTGGGCTGGAATGGGCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCTGGAAAGGTGGCACCTGGGACCCTGGAGTGGCAGCTCCAGGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101673 CTCTGGAAAGGTGGCACCTGGGACCCTGGAGTGGCAGCTCCAGGCCTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGACCAGCAGTGCTGTCCTG         AGATGGGCGGCTGGTCTGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101723 AGGACCAGCAGTGCTGTCCTGGTG...CAGAGATGGGCGGCTGGTCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGGGGCCCTGGGAGCCTTGCTCTGTCACCTGCTCCAAAGGGACCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102224 TGGGGGCCCTGGGAGCCTTGCTCTGTCACCTGCTCCAAAGGGACCCGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGCAGGCGAGCCTGTAATCACCCTGCTCCCAAGTGTGGGGGCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102274 CCGCAGGCGAGCCTGTAATCACCCTGCTCCCAAGTGTGGGGGCCACTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGGACAGGCACAGGAATCAGAGGCCTGTGACACCCAGCAGGTCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102324 CAGGACAGGCACAGGAATCAGAGGCCTGTGACACCCAGCAGGTCTGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 A         CACACGGGGCCTGGGCCACCTGGGGCCCCTGGACCCCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102374 AGTG...CAGCACACGGGGCCTGGGCCACCTGGGGCCCCTGGACCCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCAGCCTCCTGCCACGGTGGACCCCACGAACCTAAGGAGACACGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102553 CTCAGCCTCCTGCCACGGTGGACCCCACGAACCTAAGGAGACACGAAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAAGTGTTCTGCACCTGAGCCCTCCCAGAAACCTCCTGGGAAGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102603 GCAAGTGTTCTGCACCTGAGCCCTCCCAGAAACCTCCTGGGAAGCCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCGGGGCTAGCCTACGAGCAGCGGAGGTGCACCGGCCTGCCACCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102653 CCGGGGCTAGCCTACGAGCAGCGGAGGTGCACCGGCCTGCCACCCTGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AG         TGGCTGGGGGCTGGGGGCCTTGGGGCCCTGTGAGCCCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102703 AGGTA...CAGTGGCTGGGGGCTGGGGGCCTTGGGGCCCTGTGAGCCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCCTGTGACCTGTGGCCTGGGCCAGACCATGGAACAACGGACGTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102938 GCCCTGTGACCTGTGGCCTGGGCCAGACCATGGAACAACGGACGTGCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CACCCTGTGCCCCAGCATGGGGGCCCCTTCTGTGCTGGCGATGCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102988 CACCCTGTGCCCCAGCATGGGGGCCCCTTCTGTGCTGGCGATGCCACCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACCCACATCTGCAACACAGCTGTGCCCTGCCCTG         TGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103038 GACCCACATCTGCAACACAGCTGTGCCCTGCCCTGGTC...CAGTGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGAGTGGGACTCGTGGGGGGAGTGGAGCCCCTGTATCCGACGGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103332 GGGAGTGGGACTCGTGGGGGGAGTGGAGCCCCTGTATCCGACGGAACATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGTCCATCAGCTGTCAAGAAATCCCGGGCCAGCAGTCACGCGGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103382 AAGTCCATCAGCTGTCAAGAAATCCCGGGCCAGCAGTCACGCGGGAGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTGCAGGGGCCGCAAGTTTGACGGACATCGATGTGCCGGGCAACAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 CTGCAGGGGCCGCAAGTTTGACGGACATCGATGTGCCGGGCAACAGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATATCCGGCACTGCTACAGCATCCAGCACTGCCCCT         TGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103482 ATATCCGGCACTGCTACAGCATCCAGCACTGCCCCTGTG...CAGTGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGATCATGGTCAGAGTGGAGTACCTGGGGGCTGTGCATGCCCCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103681 GGATCATGGTCAGAGTGGAGTACCTGGGGGCTGTGCATGCCCCCCTGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ACCTAATCCTACCCGTGCCCGCCAGCGCCTCTGCACACCCTTGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103731 ACCTAATCCTACCCGTGCCCGCCAGCGCCTCTGCACACCCTTGCTCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGTACCC         GCCCACCGTTTCCATGGTCGAAGGTCAGGGCGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 AGTACCCGTG...CAGGCCCACCGTTTCCATGGTCGAAGGTCAGGGCGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGAACGTGACCTTCTGGGGGAGACCGCTGCCACGGTGTGAGGAGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105439 AAGAACGTGACCTTCTGGGGGAGACCGCTGCCACGGTGTGAGGAGCTACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGGGCAGAAGCTGGTGGTGGAGGAGAAACGACCATGTCTACACGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105489 AGGGCAGAAGCTGGTGGTGGAGGAGAAACGACCATGTCTACACGTGCCTG

   1450     .    :    .    :    .
   1379 CTTGCAAAGACCCTGAGGAAGAGGAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 105539 CTTGCAAAGACCCTGAGGAAGAGGAACTC