seq1 = pF1KE1347.tfa, 1137 bp
seq2 = pF1KE1347/gi568815592f_166899413.tfa (gi568815592f:166899413_167139975), 240563 bp

>pF1KE1347 1137
>gi568815592f:166899413_167139975 (Chr6)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-156  (100648-100701)   100% ->
157-211  (103781-103835)   98% ->
212-300  (104311-104399)   100% ->
301-438  (104852-104989)   100% ->
439-519  (111401-111481)   100% ->
520-746  (122997-123223)   100% ->
747-859  (125370-125482)   99% ->
860-928  (127135-127203)   100% ->
929-968  (133191-133230)   100% ->
969-1065  (134463-134559)   100% ->
1066-1137  (140492-140563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGACGGCGGCCGCAGTGGTGGCCGAGGAGGACACGGAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGACGGCGGCCGCAGTGGTGGCCGAGGAGGACACGGAGCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCTGCTGGTGCAGACGCTGGAGAACAGCGGGGTCCTGAACCGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCTGCTGGTGCAGACGCTGGAGAACAGCGGGGTCCTGAACCGCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GCTGAACTCCGAGCAGCTGTGTTTTTAGCACTAGAGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...AAGGCTGAACTCCGAGCAGCTGTGTTTTTAGCACTAGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGAAAAAGTAGAG         AACAAAACTCCTTTAGTTAATGAGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100687 CAAGAAAAAGTAGAGGTA...CAGAACAAAACTCCTTTAGTTAATGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGAGAAAGTTTTTAAATACCAAAGACG         GTCGTTTAGTGG
        ||||| |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103807 CCTGAAAAAGTTTTTAAATACCAAAGACGGTA...TAGGTCGTTTAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTAGTCTTGTTGCAGAATTTCTTCAGTTTTTTAACCTTGACTTTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104323 CTAGTCTTGTTGCAGAATTTCTTCAGTTTTTTAACCTTGACTTTACTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGTTTTTCAACCTGAAACTAGCACA         CTGCAAGGTCTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104373 GCTGTTTTTCAACCTGAAACTAGCACAGTA...TAGCTGCAAGGTCTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGGTCGAGAGAATTTAGCCCGAGATTTAGGTATAATTGAAGCAGAAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104866 AGGTCGAGAGAATTTAGCCCGAGATTTAGGTATAATTGAAGCAGAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGTGGGTGGACCCTTATTATTAGAAGTGATCAGGCGCTGTCAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104916 CTGTGGGTGGACCCTTATTATTAGAAGTGATCAGGCGCTGTCAACAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAAAAGGGCCAACCACTGGGGAA         GGTGCACTTGATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104966 GAAAAAGGGCCAACCACTGGGGAAGTA...TAGGGTGCACTTGATCTATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGATGTACATTCTCCACCAAAGTCACCAGAGGGAAAAACAAGTGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111418 TGATGTACATTCTCCACCAAAGTCACCAGAGGGAAAAACAAGTGCACAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAACACCAAGTAAG         AAGGCCAATGATGAGGCCAATCAGAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111468 CAACACCAAGTAAGGTG...TAGAAGGCCAATGATGAGGCCAATCAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GATACAAGTGTCTCCTTGTCAGAACCCAAGAGCAAAAGCAGCCTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123024 GATACAAGTGTCTCCTTGTCAGAACCCAAGAGCAAAAGCAGCCTTCACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACTGTCCCATGAAACAAAAATTGGATCTTTTCTAAGCAACAGAACTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123074 ACTGTCCCATGAAACAAAAATTGGATCTTTTCTAAGCAACAGAACTTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGCAAAGACAAAGCTGGCCTTTGTCCAGATGAAGATGATATGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123124 ATGGCAAAGACAAAGCTGGCCTTTGTCCAGATGAAGATGATATGGAAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATTCTTTCTTTGATGATCCCATTCCTAAGCCAGAGAAAACTTACGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123174 GATTCTTTCTTTGATGATCCCATTCCTAAGCCAGAGAAAACTTACGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747          GAGGAATGAACCTAGGAAGCAAGCAGGAAGTCTGGCCTCGC
        >>>...>>>|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123224 GTG...TAGGAGGAAGGAACCTAGGAAGCAAGCAGGAAGTCTGGCCTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTCGGATGCACCCCCCTTAAAAAGTGGACTCAGCTCCCTGGCGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125411 TCTCGGATGCACCCCCCTTAAAAAGTGGACTCAGCTCCCTGGCGGGAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTTCTTTAAAAGACTCTGAGA         GTAAAAGGGGAAATACAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125461 CCTTCTTTAAAAGACTCTGAGAGTA...CAGGTAAAAGGGGAAATACAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TTTGAAAGATCTGAAATTGATCAGTGATAAAATTGGATCACTTGGATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127154 TTTGAAAGATCTGAAATTGATCAGTGATAAAATTGGATCACTTGGATTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929          GAACTGGAGAAGATGATGACTATGTTGATGATTTTAATAG 
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127204 GTA...CAGGAACTGGAGAAGATGATGACTATGTTGATGATTTTAATAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969         TACCAGCCATCGCTCAGAGAAAAGTGAGATAAGTATTGGTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133232 TA...TAGTACCAGCCATCGCTCAGAGAAAAGTGAGATAAGTATTGGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGAGATAGAAGAAGACCTTTCTGTGGAAATAGATGACATCAATACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134505 AGAGATAGAAGAAGACCTTTCTGTGGAAATAGATGACATCAATACCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATAAG         CTTGATGACCTCACACAAGATCTGACTGTATCCCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134555 ATAAGGTA...AAGCTTGATGACCTCACACAAGATCTGACTGTATCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1102 CTCAGTGATGTTGCGGATTATCTGGAAGATGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140528 CTCAGTGATGTTGCGGATTATCTGGAAGATGTTGCA