seq1 = pF1KE1345.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KE1345/gi568815587f_114196557.tfa (gi568815587f:114196557_114412474), 215918 bp

>pF1KE1345 792
>gi568815587f:114196557_114412474 (Chr11)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-362  (101395-101602)   100% ->
363-792  (115489-115918)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCAGGCTTCACCTCCAAGGACACCTATCTAAGCCATTTTAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATCAGGCTTCACCTCCAAGGACACCTATCTAAGCCATTTTAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGGATTACCTAGAAAAATATTACAAGTTTGGTTCTAGGCACTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGGATTACCTAGAAAAATATTACAAGTTTGGTTCTAGGCACTCTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAGCCAGATTCTTAAGCACCTTCTGAAAAATCTTTTCAAGATATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAGCCAGATTCTTAAGCACCTTCTGAAAAATCTTTTCAAGATATTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAG         ACGGTGTGAAGGGAGACCTGCTGATTGACATCGGCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGGTA...CAGACGGTGTGAAGGGAGACCTGCTGATTGACATCGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCCCCACTATCTATCAGCTCCTCTCTGCTTGTGAATCCTTTAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 TGGCCCCACTATCTATCAGCTCCTCTCTGCTTGTGAATCCTTTAAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCGTCGTCACTGACTACTCAGACCAGAACCTGCAGGAGCTGGAGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101482 TCGTCGTCACTGACTACTCAGACCAGAACCTGCAGGAGCTGGAGAAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAAGAAAGAGCCAGAGGCCTTTGACTGGTCCCCAGTGGTGACCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101532 CTGAAGAAAGAGCCAGAGGCCTTTGACTGGTCCCCAGTGGTGACCTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTGTGATCTTGAAGGGAACAG         AGTCAAGGGTCCAGAGAAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101582 GTGTGATCTTGAAGGGAACAGGTA...CAGAGTCAAGGGTCCAGAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAGAAGTTGAGACAGGCGGTCAAGCAGGTGCTGAAGTGTGATGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115509 AGGAGAAGTTGAGACAGGCGGTCAAGCAGGTGCTGAAGTGTGATGTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGAGCCAGCCACTGGGGGCCGTCCCCTTACCCCCGGCTGACTGCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115559 CAGAGCCAGCCACTGGGGGCCGTCCCCTTACCCCCGGCTGACTGCGTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCACACTGTGTCTGGATGCCGCCTGCCCAGACCTCCCCACCTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115609 CAGCACACTGTGTCTGGATGCCGCCTGCCCAGACCTCCCCACCTACTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGCGCTCAGGAACCTCGGCAGCCTACTGAAGCCAGGGGGCTTCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115659 GGGCGCTCAGGAACCTCGGCAGCCTACTGAAGCCAGGGGGCTTCCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATCATGGATGCGCTCAAGAGCAGCTACTACATGATTGGTGAGCAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115709 ATCATGGATGCGCTCAAGAGCAGCTACTACATGATTGGTGAGCAGAAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCCAGCCTCCCCCTGGGCCGGGAGGCAGTAGAGGCTGCTGTGAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115759 CTCCAGCCTCCCCCTGGGCCGGGAGGCAGTAGAGGCTGCTGTGAAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGGCTACACAATCGAATGGTTTGAGGTGATCTCGCAAAGTTATTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115809 CTGGCTACACAATCGAATGGTTTGAGGTGATCTCGCAAAGTTATTCTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACCATGGCCAACAACGAAGGACTTTTCTCCCTGGTGGCGAGGAAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115859 ACCATGGCCAACAACGAAGGACTTTTCTCCCTGGTGGCGAGGAAGCTGAG

    800     .    :
    783 CAGACCCCTG
        ||||||||||
 115909 CAGACCCCTG