seq1 = pF1KE1344.tfa, 1680 bp
seq2 = pF1KE1344/gi568815581f_40189421.tfa (gi568815581f:40189421_40401998), 212578 bp

>pF1KE1344 1680
>gi568815581f:40189421_40401998 (Chr17)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-460  (101638-101919)   100% ->
461-660  (102049-102248)   100% ->
661-836  (104036-104211)   100% ->
837-943  (104530-104636)   100% ->
944-1083  (104944-105083)   100% ->
1084-1184  (105936-106036)   100% ->
1185-1249  (107283-107347)   100% ->
1250-1452  (111408-111610)   99% ->
1453-1593  (112048-112188)   100% ->
1594-1680  (112492-112578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCAAACCCGATCCCAGGCACAGGCTACAATCAGTTTTCCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCAAACCCGATCCCAGGCACAGGCTACAATCAGTTTTCCAAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCTGTCTCGGGCATTGAACAAAGCTAAAAACTCCAGTGATGCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCTGTCTCGGGCATTGAACAAAGCTAAAAACTCCAGTGATGCCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAACCAACAAATGTCCAAACCGTAACCTGTTCTCCTCGTGTAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGAACCAACAAATGTCCAAACCGTAACCTGTTCTCCTCGTGTAAAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCTCTCAGCCCCAGGAAACGTCTGG         GCGATGACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 CTGCCTCTCAGCCCCAGGAAACGTCTGGGTA...CAGGCGATGACAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGCAACACTCCCCATTTACCTCCTTGTTCTCCACCAAAGCAAGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 ATGCAACACTCCCCATTTACCTCCTTGTTCTCCACCAAAGCAAGGCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAGAATGGTCCCCCTCACTCACATACACTTAAGGGACGAAGATTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 AAGAGAATGGTCCCCCTCACTCACATACACTTAAGGGACGAAGATTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGACAATCAGCTGACAATTAAGTCTCCTAGCAAAAGAGAACTAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TTTGACAATCAGCTGACAATTAAGTCTCCTAGCAAAAGAGAACTAGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTTCACCAAAACAAAATACTTTCTTCAGTTAGAAAAAGTCAAGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 AGTTCACCAAAACAAAATACTTTCTTCAGTTAGAAAAAGTCAAGAGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAACAAATTCTGAGCAGAGATGTCCACTGAAGAAAGAATCTGCATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CAACAAATTCTGAGCAGAGATGTCCACTGAAGAAAGAATCTGCATGTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGACTATTCAAGCAAGAAG         GCACTTGCTACCAGCAAGCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101901 AGACTATTCAAGCAAGAAGGTT...CAGGCACTTGCTACCAGCAAGCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGGTCCTGAACACAGCTGTCCCAGATCGGCTGCCTGCCAGGGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102071 GCTGGTCCTGAACACAGCTGTCCCAGATCGGCTGCCTGCCAGGGAAAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGATGGATGTCATCAGGAATTTCTTGAGGGAACACATCTGTGGGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102121 AGATGGATGTCATCAGGAATTTCTTGAGGGAACACATCTGTGGGAAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCTGGAAGCCTTTACCTTTCTGGTGCTCCTGGAACTGGAAAAACTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102171 GCTGGAAGCCTTTACCTTTCTGGTGCTCCTGGAACTGGAAAAACTGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTAAGCCGGATTCTGCAAGACCTCAAG         AAGGAACTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102221 CTTAAGCCGGATTCTGCAAGACCTCAAGGTA...CAGAAGGAACTGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTTTAAAACTATCATGCTGAATTGCATGTCCTTGAGGACTGCCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104049 GCTTTAAAACTATCATGCTGAATTGCATGTCCTTGAGGACTGCCCAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTATTCCCAGCTATTGCTCAGGAGATTTGTCAGGAAGAGGTATCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104099 GTATTCCCAGCTATTGCTCAGGAGATTTGTCAGGAAGAGGTATCCAGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGCTGGGAAGGACATGATGAGGAAATTGGAAAAACATATGACTGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104149 AGCTGGGAAGGACATGATGAGGAAATTGGAAAAACATATGACTGCAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGGCCCCATGAT         TGTGTTGGTATTGGACGAGATGGATCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104199 AGGGCCCCATGATGTA...TAGTGTGTTGGTATTGGACGAGATGGATCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGGACAGCAAAGGCCAGGATGTATTGTACACGCTATTTGAATGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104558 CTGGACAGCAAAGGCCAGGATGTATTGTACACGCTATTTGAATGGCCATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTAAGCAATTCTCACTTGGTGCTGATTG         GTATTGCTAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104608 GCTAAGCAATTCTCACTTGGTGCTGATTGGTT...TAGGTATTGCTAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCTGGATCTCACAGATAGAATTCTACCTAGGCTTCAAGCTAGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104956 CCCTGGATCTCACAGATAGAATTCTACCTAGGCTTCAAGCTAGAGAAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGTAAGCCACAGCTGTTGAACTTCCCACCTTATACCAGAAATCAGATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105006 TGTAAGCCACAGCTGTTGAACTTCCCACCTTATACCAGAAATCAGATAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CACTATTTTGCAAGATCGACTTAATCAG         GTATCTAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105056 CACTATTTTGCAAGATCGACTTAATCAGGTC...AAGGTATCTAGAGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGTTCTGGACAATGCTGCAGTTCAATTCTGTGCCCGCAAAGTCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105949 AGGTTCTGGACAATGCTGCAGTTCAATTCTGTGCCCGCAAAGTCTCTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GTTTCAGGAGATGTTCGCAAAGCACTGGATGTTTGCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105999 GTTTCAGGAGATGTTCGCAAAGCACTGGATGTTTGCAGGTG...TAGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGCTATTGAAATTGTAGAGTCAGATGTCAAAAGCCAGACTATTCTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107286 AGCTATTGAAATTGTAGAGTCAGATGTCAAAAGCCAGACTATTCTCAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CACTGTCTGAAT         GTAAATCACCTTCTGAGCCTCTGATTCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107336 CACTGTCTGAATGTA...TAGGTAAATCACCTTCTGAGCCTCTGATTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGAGGGTTGGTCTTATTCACATATCCCAAGTCATCTCAGAAATTGATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 111437 AAGAGGGTTGGTCTTATTCACATATCCCAAGTCATCTCAGAAGTTGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TAACAGGATGACCTTGAGCCAAGAAGGAGCACAAGATTCCTTCCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111487 TAACAGGATGACCTTGAGCCAAGAAGGAGCACAAGATTCCTTCCCTCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGCAGAAGATCTTGGTTTGCTCTTTGATGCTCTTGATCAGGCAGTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111537 AGCAGAAGATCTTGGTTTGCTCTTTGATGCTCTTGATCAGGCAGTTGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATCAAAGAGGTCACTCTGGGGAAG         TTATATGAAGCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111587 ATCAAAGAGGTCACTCTGGGGAAGGTA...CAGTTATATGAAGCCTACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TAAAGTCTGTCGCAAACAGCAGGTGGCGGCTGTGGACCAGTCAGAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112065 TAAAGTCTGTCGCAAACAGCAGGTGGCGGCTGTGGACCAGTCAGAGTGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGTCACTTTCAGGGCTCTTGGAAGCCAGGGGCATTTTAGGATTAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112115 TGTCACTTTCAGGGCTCTTGGAAGCCAGGGGCATTTTAGGATTAAAGAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AACAAGGAAACCCGTTTGACAAAG         GTGTTTTTCAAGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112165 AACAAGGAAACCCGTTTGACAAAGGTA...CAGGTGTTTTTCAAGATTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGAGAAAGAAATAGAACATGCTCTGAAAGATAAAGCTTTAATTGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112509 AGAGAAAGAAATAGAACATGCTCTGAAAGATAAAGCTTTAATTGGAAATA

   1750     .    :    .    :
   1661 TCTTAGCTACTGGATTGCCT
        ||||||||||||||||||||
 112559 TCTTAGCTACTGGATTGCCT