seq1 = pF1KE1343.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KE1343/gi568815592r_32849271.tfa (gi568815592r:32849271_33053036), 203766 bp

>pF1KE1343 783
>gi568815592r:32849271_33053036 (Chr6)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-373  (102234-102518)   100% ->
374-652  (103148-103426)   100% ->
653-783  (103638-103766)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCATGAACAGAACCAAGGAGCTGCGCTGCTACAGATGTTACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCATGAACAGAACCAAGGAGCTGCGCTGCTACAGATGTTACCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGTGGCTGCTACCCCACTCCTGGGCCGTCCCTGAAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 TCTGTGGCTGCTACCCCACTCCTGGGCCGTCCCTGAAGGTA...CAGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTACTCCAATGTGGCCAGATGACCTGCAAAACCACACATTCCTGCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 CTACTCCAATGTGGCCAGATGACCTGCAAAACCACACATTCCTGCACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTACTGCCAGGATGGGAGTCCCAGTGTGGGACTCTCTGAGGCCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102287 GTGTACTGCCAGGATGGGAGTCCCAGTGTGGGACTCTCTGAGGCCTACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGGACCAGCTTTTCTTCTTCGACTTTTCCCAGAACACTCGGGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102337 CGAGGACCAGCTTTTCTTCTTCGACTTTTCCCAGAACACTCGGGTGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTGCCCGAATTTGCTGACTGGGCTCAGGAACAGGGAGATGCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102387 GCCTGCCCGAATTTGCTGACTGGGCTCAGGAACAGGGAGATGCTCCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTTTATTTGACAAAGAGTTCTGCGAGTGGATGATCCAGCAAATAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102437 ATTTTATTTGACAAAGAGTTCTGCGAGTGGATGATCCAGCAAATAGGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAACTTGATGGGAAAATCCCGGTGTCCAGAG         GGTTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102487 AAAACTTGATGGGAAAATCCCGGTGTCCAGAGGTC...CAGGGTTTCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGCTGAAGTGTTCACGCTGAAGCCCCTGGAGTTTGGCAAGCCCAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 TCGCTGAAGTGTTCACGCTGAAGCCCCTGGAGTTTGGCAAGCCCAACACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGGTCTGTTTTGTCAGTAATCTCTTCCCACCCATGCTGACAGTGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 TTGGTCTGTTTTGTCAGTAATCTCTTCCCACCCATGCTGACAGTGAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGCATCATTCCGTCCCTGTGGAAGGATTTGGGCCTACTTTTGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 GCAGCATCATTCCGTCCCTGTGGAAGGATTTGGGCCTACTTTTGTCTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGTCGATGGACTCAGCTTCCAGGCCTTTTCTTACTTAAACTTCACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 CTGTCGATGGACTCAGCTTCCAGGCCTTTTCTTACTTAAACTTCACACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAACCTTCTGACATTTTCTCCTGCATTGTGACTCACGAAATTGACCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 GAACCTTCTGACATTTTCTCCTGCATTGTGACTCACGAAATTGACCGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACAGCAATTGCCTATTGGG         TACCCCGGAACGCACTGCCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103407 CACAGCAATTGCCTATTGGGGTG...CAGTACCCCGGAACGCACTGCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGATCTGCTGGAGAATGTGCTGTGTGGCGTGGCCTTTGGCCTGGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103659 CAGATCTGCTGGAGAATGTGCTGTGTGGCGTGGCCTTTGGCCTGGGTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGGGCATCATCGTGGGCATTGTTCTCATCATCTACTTCCGGAAGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103709 CTGGGCATCATCGTGGGCATTGTTCTCATCATCTACTTCCGGAAGCCTTG

    800     .    :
    774 CTCAGGTGAC
        ||||||||--
 103759 CTCAGGTG