seq1 = pF1KE1341.tfa, 498 bp
seq2 = pF1KE1341/gi568815586r_110811080.tfa (gi568815586r:110811080_111019194), 208115 bp

>pF1KE1341 498
>gi568815586r:110811080_111019194 (Chr12)

(complement)

1-93  (100000-100091)   98% ->
94-169  (103405-103480)   100% ->
170-274  (104905-105009)   100% ->
275-353  (105871-105949)   100% ->
354-402  (106051-106099)   100% ->
403-498  (108020-108115)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACCTAAGAAAGCAAAGAAGAGAGCCGGGGGCGCCAACTCCAACGT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCACCTAAGAAAGCAAAGAAGAGAGCCGGGGGCGCCAACTCCAACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCTCCATGTTCGAACAGACCCAAATCCAGGAATTTAAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100049 GTTCTCCATGTTCGAACAGACCCAAATCCAGGAATTTAAGGAGGTG...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GCCTTCACTATCATGGACCAGAACAGGGATGGCTTCATTGACAAGAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103403 AGGCCTTCACTATCATGGACCAGAACAGGGATGGCTTCATTGACAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCTGAGAGACACCTTTGCTGCCCTTG         GGCGAGTGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103453 GATCTGAGAGACACCTTTGCTGCCCTTGGTA...TAGGGCGAGTGAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAAAATGAAGAAATTGATGAAATGATCAAGGAGGCTCCGGGTCCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104918 GAAAAATGAAGAAATTGATGAAATGATCAAGGAGGCTCCGGGTCCAATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTTACTGTGTTCCTCACAATGTTTGGGGAGAAACTTAAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104968 ACTTTACTGTGTTCCTCACAATGTTTGGGGAGAAACTTAAGGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  GAGCGGACCCTGAGGAAACCATTCTCAACGCATTCAAAGTGTTTGACCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105870 GGAGCGGACCCTGAGGAAACCATTCTCAACGCATTCAAAGTGTTTGACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAGGCAAAGGGGTGCTGAAGGCTGATTA         CGTTCGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105920 TGAAGGCAAAGGGGTGCTGAAGGCTGATTAGTG...CAGCGTTCGGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTGACCACGCAGGCGGAGAGGTTTTCCAAGGAGGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106062 TGCTGACCACGCAGGCGGAGAGGTTTTCCAAGGAGGAGGTA...CAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GACCAGATGTTCGCCGCCTTCCCCCCTGACGTGACTGGCAACTTGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108023 GACCAGATGTTCGCCGCCTTCCCCCCTGACGTGACTGGCAACTTGGACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAGAACCTGGTGCACATCATCACCCACGGAGAAGAGAAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108073 CAAGAACCTGGTGCACATCATCACCCACGGAGAAGAGAAGGAC