seq1 = pF1KE1339.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE1339/gi568815596f_118842301.tfa (gi568815596f:118842301_119094517), 252217 bp

>pF1KE1339 1560
>gi568815596f:118842301_119094517 (Chr2)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-199  (126860-126961)   100% ->
200-424  (127814-128038)   100% ->
425-460  (129199-129234)   100% ->
461-568  (132033-132140)   99% ->
569-613  (132221-132265)   100% ->
614-658  (135171-135215)   100% ->
659-766  (135528-135635)   100% ->
767-865  (139109-139207)   100% ->
866-901  (139321-139356)   100% ->
902-1000  (139856-139954)   100% ->
1001-1063  (140048-140110)   100% ->
1064-1108  (148289-148333)   100% ->
1109-1207  (149477-149575)   100% ->
1208-1252  (150132-150176)   100% ->
1253-1429  (150824-151000)   100% ->
1430-1560  (152087-152217)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAATAAGAAAATTCTCAAGGAGGACGAGCTCTTGAGTGAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAATAAGAAAATTCTCAAGGAGGACGAGCTCTTGAGTGAGACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAAGCTGCTTTTCACCAAATTGCAATGGAGCCTTTCGAAATCAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 ACAAGCTGCTTTTCACCAAATTGCAATGGAGCCTTTCGAAATCAATGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       TTCCAAAGCCCAAGAGGAGAAATGGGGTGAACTTCTCCCTAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGTTCCAAAGCCCAAGAGGAGAAATGGGGTGAACTTCTCCCTAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTGGTCATCTACCTGATCCTGCTCACCGCTGGCGCTGGGCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126904 GTGGTGGTCATCTACCTGATCCTGCTCACCGCTGGCGCTGGGCTGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCCAAG         TTCTGAATCTGCAGGCGCGGCTCCGGGTCCTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 126954 GGTCCAAGGTA...CAGTTCTGAATCTGCAGGCGCGGCTCCGGGTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATGTATTTCCTCAATGACACTCTGGCGGCTGAGGACAGCCCGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127847 AGATGTATTTCCTCAATGACACTCTGGCGGCTGAGGACAGCCCGTCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCTTGCTGCAGTCAGCACACCCTGGAGAACACCTGGCTCAGGGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127897 TCCTTGCTGCAGTCAGCACACCCTGGAGAACACCTGGCTCAGGGTGCATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGGCTGCAAGTCCTGCAGGCCCAACTCACCTGGGTCCGCGTCAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127947 GAGGCTGCAAGTCCTGCAGGCCCAACTCACCTGGGTCCGCGTCAGCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCACTTGCTGCAGCGGGTAGACAACTTCACTCAGAACCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 127997 AGCACTTGCTGCAGCGGGTAGACAACTTCACTCAGAACCCAGGTT...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  GGATGTTCAGAATCAAAGGTGAACAAGGCGCCCCAG         GTCT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129198 GGGATGTTCAGAATCAAAGGTGAACAAGGCGCCCCAGGTA...CAGGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAAGGCCACAAGGGGGCCATGGGCATGCCTGGTGCCCCTGGCCCGCCGG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132037 TCAAGGTCACAAGGGGGCCATGGGCATGCCTGGTGCCCCTGGCCCGCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACCACCTGCTGAGAAGGGAGCCAAGGGGGCTATGGGACGAGATGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132087 GACCACCTGCTGAGAAGGGAGCCAAGGGGGCTATGGGACGAGATGGAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAG         GCCCCTCGGGACCCCAAGGCCCACCGGGAGTCAAGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132137 ACAGGTA...CAGGCCCCTCGGGACCCCAAGGCCCACCGGGAGTCAAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAGGCGG         GCCTCCAAGGACCCCAGGGTGCTCCAGGGAAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 132258 AGAGGCGGGTG...CAGGCCTCCAAGGACCCCAGGGTGCTCCAGGGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGGAGCCACTG         GCACCCCAGGACCCCAAGGAGAGAAGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135204 AAGGAGCCACTGGTA...CAGGCACCCCAGGACCCCAAGGAGAGAAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AGCAAAGGCGATGGGGGTCTCATTGGCCCAAAAGGGGAAACTGGAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135557 AGCAAAGGCGATGGGGGTCTCATTGGCCCAAAAGGGGAAACTGGAACTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGAGAGAAAGGAGACCTGGGTCTCCCAG         GAAGCAAAGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 135607 GGGAGAGAAAGGAGACCTGGGTCTCCCAGGTG...CAGGAAGCAAAGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACAGGGGCATGAAAGGAGATGCAGGGGTCATGGGGCCTCCTGGAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139121 ACAGGGGCATGAAAGGAGATGCAGGGGTCATGGGGCCTCCTGGAGCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGGAGTAAAGGTGACTTCGGGAGGCCAGGCCCACCAG         GTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 139171 GGGAGTAAAGGTGACTTCGGGAGGCCAGGCCCACCAGGTA...TAGGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGCTGGTTTTCCTGGAGCTAAAGGAGATCAAG         GACAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139325 GGCTGGTTTTCCTGGAGCTAAAGGAGATCAAGGTA...CAGGACAACCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GACTGCAGGGTGTTCCGGGCCCTCCTGGTGCAGTGGGACACCCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139865 GACTGCAGGGTGTTCCGGGCCCTCCTGGTGCAGTGGGACACCCAGGTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AAGGGTGAGCCTGGCAGTGCTGGCTCCCCTGGGCGAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139915 AAGGGTGAGCCTGGCAGTGCTGGCTCCCCTGGGCGAGCAGGTG...CAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 ACTTCCAGGGAGCCCCGGGAGTCCAGGAGCCACAGGCCTGAAAGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140049 ACTTCCAGGGAGCCCCGGGAGTCCAGGAGCCACAGGCCTGAAAGGAAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AAGGGGACACAG         GACTTCAAGGACAGCAAGGAAGAAAAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 140099 AAGGGGACACAGGTA...TAGGACTTCAAGGACAGCAAGGAAGAAAAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAATCAGGAGTTCCAG         GCCCTGCAGGTGTGAAGGGAGAACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 148318 GAATCAGGAGTTCCAGGTA...CAGGCCCTGCAGGTGTGAAGGGAGAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 GGGGAGCCCAGGGCTGGCAGGTCCCAAGGGAGCCCCTGGACAAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149502 GGGGAGCCCAGGGCTGGCAGGTCCCAAGGGAGCCCCTGGACAAGCTGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AGAAGGGAGACCAGGGAGTGAAAG         GATCTTCTGGGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 149552 AGAAGGGAGACCAGGGAGTGAAAGGTA...CAGGATCTTCTGGGGAGCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GGAGTAAAGGGAGAAAAAGGTGAAAGAG         GTGAAAACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 150149 GGAGTAAAGGGAGAAAAAGGTGAAAGAGGTA...CAGGTGAAAACTCAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 GTCCGTCAGGATTGTCGGCAGTAGTAACCGAGGCCGGGCTGAAGTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150837 GTCCGTCAGGATTGTCGGCAGTAGTAACCGAGGCCGGGCTGAAGTTTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 ACAGTGGTACCTGGGGGACAATTTGCGATGACGAGTGGCAAAATTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150887 ACAGTGGTACCTGGGGGACAATTTGCGATGACGAGTGGCAAAATTCTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GCCATTGTCTTCTGCCGCATGCTGGGTTACTCCAAAGGAAGGGCCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150937 GCCATTGTCTTCTGCCGCATGCTGGGTTACTCCAAAGGAAGGGCCCTGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CAAAGTGGGAGCTG         GCACTGGGCAGATCTGGCTGGATAATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 150987 CAAAGTGGGAGCTGGTA...AAGGCACTGGGCAGATCTGGCTGGATAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TTCAGTGTCGGGGCACGGAGAGTACCCTGTGGAGCTGCACCAAGAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152114 TTCAGTGTCGGGGCACGGAGAGTACCCTGTGGAGCTGCACCAAGAATAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 TGGGGCCATCATGACTGCAGCCACGAGGAGGACGCAGGCGTGGAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152164 TGGGGCCATCATGACTGCAGCCACGAGGAGGACGCAGGCGTGGAGTGCAG

   1700 
   1557 CGTC
        ||||
 152214 CGTC