seq1 = pF1KE1338.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KE1338/gi568815596r_238070539.tfa (gi568815596r:238070539_238303553), 233015 bp

>pF1KE1338 1176
>gi568815596r:238070539_238303553 (Chr2)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-121  (108684-108749)   100% ->
122-178  (109223-109279)   100% ->
179-298  (113582-113701)   100% ->
299-425  (115297-115423)   100% ->
426-532  (118267-118373)   100% ->
533-626  (119441-119534)   100% ->
627-714  (119814-119901)   100% ->
715-836  (121368-121489)   100% ->
837-956  (129901-130020)   100% ->
957-1038  (132530-132611)   100% ->
1039-1176  (132878-133015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTCTTCGGGGACCTGCCGGAGCCCGAGCGCTCGCCGCGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCTCTTCGGGGACCTGCCGGAGCCCGAGCGCTCGCCGCGCCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCG         GGAAAGAAGCTCAGAAAGGACCCCTGCTCTTTGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCGGTA...TAGGGAAAGAAGCTCAGAAAGGACCCCTGCTCTTTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTCCCTCCGGCCAGCAGTACTGACTCAG         GATCAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108720 ACCTCCCTCCGGCCAGCAGTACTGACTCAGGTA...CAGGATCAGGGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTTTGCTTTTTGATGATCTCCCACCCGCTAGCAGTGGCGATTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109234 CCTTTGCTTTTTGATGATCTCCCACCCGCTAGCAGTGGCGATTCAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179      GTTCTCTTGCCACATCAATATCCCAGATGGTAAAGACTGAAGGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109284 ..CAGGTTCTCTTGCCACATCAATATCCCAGATGGTAAAGACTGAAGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAGGAGCAAAGAGAAAAACCTCCGAGGAAGAGAAGAATGGCAGTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113627 AAGGAGCAAAGAGAAAAACCTCCGAGGAAGAGAAGAATGGCAGTGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTGTGGAAAAGAAAGTTTGTAAAG         CCTCTTCGGTGATCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113677 CTTGTGGAAAAGAAAGTTTGTAAAGGTT...TAGCCTCTTCGGTGATCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGGTCTGAAGGGCTATGTGGCTGAGCGGAAGGGTGAGAGGGAGGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115313 TGGTCTGAAGGGCTATGTGGCTGAGCGGAAGGGTGAGAGGGAGGAGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGATGCCCACGTCATCCTGAACGACATCACCGAGGAGTGTAGGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115363 AGGATGCCCACGTCATCCTGAACGACATCACCGAGGAGTGTAGGCCCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCGTCCCTCAT         TACTCGGGTTTCATATTTTGCTGTTTTTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115413 TCGTCCCTCATGTG...CAGTACTCGGGTTTCATATTTTGCTGTTTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGACATGGAGGAATTCGAGCCTCAAAATTTGCTGCACAGAATTTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118297 TGGACATGGAGGAATTCGAGCCTCAAAATTTGCTGCACAGAATTTGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAACTTAATCAGAAAATTTCCTAAAG         GAGATGTAATCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118347 AAAACTTAATCAGAAAATTTCCTAAAGGTG...TAGGAGATGTAATCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTAGAGAAAACCGTGAAGAGATGCCTTTTGGACACTTTCAAGCATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119455 GTAGAGAAAACCGTGAAGAGATGCCTTTTGGACACTTTCAAGCATACTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAAGAGTTCCTTAAACAAGCTTCCAGCCA         GAAGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119505 TGAAGAGTTCCTTAAACAAGCTTCCAGCCAGTA...CAGGAAGCCTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGAAAGATGGGTCCACTGCCACGTGTGTTCTGGCTGTAGACAACATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119825 GGAAAGATGGGTCCACTGCCACGTGTGTTCTGGCTGTAGACAACATTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATATTGCCAACCTCGGAGATAGTCGG         GCAATCTTGTGTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 119875 TATATTGCCAACCTCGGAGATAGTCGGGTA...CAGGCAATCTTGTGTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTATAATGAGGAGAGTCAAAAACATGCAGCCTTAAGCCTCAGCAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121382 TTATAATGAGGAGAGTCAAAAACATGCAGCCTTAAGCCTCAGCAAAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATAATCCAACTCAGTATGAAGAGCGGATGAGGATACAGAAGGCTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121432 ATAATCCAACTCAGTATGAAGAGCGGATGAGGATACAGAAGGCTGGAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACGTCAG         GGATGGGCGTGTTTTGGGCGTGCTAGAGGTGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121482 AACGTCAGGTA...TAGGGATGGGCGTGTTTTGGGCGTGCTAGAGGTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACGCTCCATTGGGGACGGGCAGTACAAGCGCTGCGGTGTCACCTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129934 ACGCTCCATTGGGGACGGGCAGTACAAGCGCTGCGGTGTCACCTCTGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCGACATCAGACGCTGCCAGCTGACCCCCAATGACAG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 129984 CCGACATCAGACGCTGCCAGCTGACCCCCAATGACAGGTA...TAGGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATTTTGTTGGCCTGTGATGGGCTCTTCAAGGTCTTTACCCCAGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132534 ATTTTGTTGGCCTGTGATGGGCTCTTCAAGGTCTTTACCCCAGAAGAAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CGTGAACTTCATCTTGTCCTGTCTCGAG         GATGAAAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132584 CGTGAACTTCATCTTGTCCTGTCTCGAGGTG...TAGGATGAAAAGATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGACCCGGGAAGGGAAGTCCGCAGCCGACGCCCGCTACGAAGCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132891 AGACCCGGGAAGGGAAGTCCGCAGCCGACGCCCGCTACGAAGCAGCCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AACAGGCTGGCCAACAAGGCGGTGCAGCGGGGCTCGGCCGACAACGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132941 AACAGGCTGGCCAACAAGGCGGTGCAGCGGGGCTCGGCCGACAACGTCAC

   1250     .    :    .    :    .
   1152 TGTGATGGTGGTGCGGATAGGGCAC
        |||||||||||||||||||||||||
 132991 TGTGATGGTGGTGCGGATAGGGCAC