seq1 = pF1KE1336.tfa, 750 bp
seq2 = pF1KE1336/gi568815579f_18073842.tfa (gi568815579f:18073842_18277908), 204067 bp

>pF1KE1336 750
>gi568815579f:18073842_18277908 (Chr19)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-315  (101199-101381)   100% ->
316-390  (101470-101544)   100% ->
391-483  (101764-101856)   100% ->
484-636  (103299-103451)   100% ->
637-690  (103870-103923)   100% ->
691-750  (104008-104067)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCTGTCGCCACTTCTGCTGTTCCTGCCACCGCTGCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCTGTCGCCACTTCTGCTGTTCCTGCCACCGCTGCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGTCCCCACGGCGGCGGTGCAGGCGTCCCCTCTGCAAGCGTTAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGTCCCCACGGCGGCGGTGCAGGCGTCCCCTCTGCAAGCGTTAGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTTGGGAATGGGCCACCAGTTAACTACAAG         ACAGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TCTTTGGGAATGGGCCACCAGTTAACTACAAGGTA...CAGACAGGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTATACCTGCGGGGGCCCCTGAAGAAGTCCAATGCACCGCTTGTCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101208 CTATACCTGCGGGGGCCCCTGAAGAAGTCCAATGCACCGCTTGTCAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACCCTCTACTATGAAGCACTGTGCGGTGGCTGCCGAGCCTTCCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101258 GACCCTCTACTATGAAGCACTGTGCGGTGGCTGCCGAGCCTTCCTGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGAGCTCTTCCCAACATGGCTGTTGGTCATGGAGATCCTCAATGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101308 GGGAGCTCTTCCCAACATGGCTGTTGGTCATGGAGATCCTCAATGTCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGTGCCCTACGGAAACGCACAG         GAACAAAATGTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101358 CTGGTGCCCTACGGAAACGCACAGGTG...CAGGAACAAAATGTCAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGTGGGAGTTCAAGTGCCAGCATGGAGAAGAGGAGTGCAAATTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101487 CAGGTGGGAGTTCAAGTGCCAGCATGGAGAAGAGGAGTGCAAATTCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTGGAG         GCCTGCGTGTTGGATGAACTTGACATGGAGCTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 AGGTGGAGGTG...CAGGCCTGCGTGTTGGATGAACTTGACATGGAGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCTTCCTGACCATTGTCTGCATGGAAGAGTTTGAGGACATGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101797 GCCTTCCTGACCATTGTCTGCATGGAAGAGTTTGAGGACATGGAGAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGCCACTA         TGCCTGCAGCTCTACGCCCCAGGGCTGTCGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101847 TCTGCCACTAGTG...CAGTGCCTGCAGCTCTACGCCCCAGGGCTGTCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGACACTATCATGGAGTGTGCAATGGGGGACCGCGGCATGCAGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103330 CAGACACTATCATGGAGTGTGCAATGGGGGACCGCGGCATGCAGCTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACGCCAACGCCCAGCGGACAGATGCTCTCCAGCCACCACACGAGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103380 CACGCCAACGCCCAGCGGACAGATGCTCTCCAGCCACCACACGAGTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCCCTGGGTCACCGTCAATGGG         AAACCCTTGGAAGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103430 GCCCTGGGTCACCGTCAATGGGGTA...CAGAAACCCTTGGAAGATCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCAGCTCCTTACCCTTGTCTGCCAGTTGTACCAG         GGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103889 CCCAGCTCCTTACCCTTGTCTGCCAGTTGTACCAGGTA...CAGGGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGCCGGATGTCTGCCCTTCCTCAACCAGCTCCCTCAGGAGTGTTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104014 AAGCCGGATGTCTGCCCTTCCTCAACCAGCTCCCTCAGGAGTGTTTGCTT

    800 
    747 CAAG
        ||||
 104064 CAAG