seq1 = pF1KE1335.tfa, 696 bp
seq2 = pF1KE1335/gi568815593r_150302563.tfa (gi568815593r:150302563_150512749), 210187 bp

>pF1KE1335 696
>gi568815593r:150302563_150512749 (Chr5)

(complement)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-298  (105426-105598)   100% ->
299-378  (105790-105869)   100% ->
379-441  (106429-106491)   100% ->
442-537  (107570-107665)   100% ->
538-625  (107983-108070)   100% ->
626-688  (110125-110187)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAGGAGGAGAAGCAGGAGCTGTCGGGAAGATCAGAAGCCAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACAGGAGGAGAAGCAGGAGCTGTCGGGAAGATCAGAAGCCAGTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATGACCAGCGCGACCTTATCTCCAACAATGAGCAACTGCCCATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATGACCAGCGCGACCTTATCTCCAACAATGAGCAACTGCCCATGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCGGCGCCCTGGGGCCCCGGAGAG         CAAGTGCAGCCGCGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 GCCGGCGCCCTGGGGCCCCGGAGAGGTA...CAGCAAGTGCAGCCGCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCTGTACACAGGCTTTTCCATCCTGGTGACTCTGCTCCTCGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105442 GCCCTGTACACAGGCTTTTCCATCCTGGTGACTCTGCTCCTCGCTGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCACCACCGCCTACTTCCTGTACCAGCAGCAGGGCCGGCTGGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105492 GGCCACCACCGCCTACTTCCTGTACCAGCAGCAGGGCCGGCTGGACAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGACAGTCACCTCCCAGAACCTGCAGCTGGAGAACCTGCGCATGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 TGACAGTCACCTCCCAGAACCTGCAGCTGGAGAACCTGCGCATGAAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCAAGC         CTCCCAAGCCTGTGAGCAAGATGCGCATGGCCAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 CCCAAGCGTG...CAGCTCCCAAGCCTGTGAGCAAGATGCGCATGGCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCGCTGCTGATGCAGGCGCTGCCCATGGGAGCCCTGCCCCAGGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105824 CCCGCTGCTGATGCAGGCGCTGCCCATGGGAGCCCTGCCCCAGGGGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      CCCATGCAGAATGCCACCAAGTATGGCAACATGACAGAGGACCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105874 ..CAGCCCATGCAGAATGCCACCAAGTATGGCAACATGACAGAGGACCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGATGCACCTGCTCCAG         AATGCTGACCCCCTGAAGGTGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106474 GTGATGCACCTGCTCCAGGTG...TAGAATGCTGACCCCCTGAAGGTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCGCCACTGAAGGGGAGCTTCCCGGAGAACCTGAGACACCTTAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107593 CCCGCCACTGAAGGGGAGCTTCCCGGAGAACCTGAGACACCTTAAGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATGGAGACCATAGACTGGAAG         GTCTTTGAGAGCTGGATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107643 CCATGGAGACCATAGACTGGAAGGTC...TAGGTCTTTGAGAGCTGGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CACCATTGGCTCCTGTTTGAAATGAGCAGGCACTCCTTGGAGCAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108001 CACCATTGGCTCCTGTTTGAAATGAGCAGGCACTCCTTGGAGCAAAAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACTGACGCTCCACCGAAAG         AGTCACTGGAACTGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108051 CACTGACGCTCCACCGAAAGGTA...CAGAGTCACTGGAACTGGAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGTCTTCTGGGCTGGGTGTGACCAAGCAGGATCTGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110146 CGTCTTCTGGGCTGGGTGTGACCAAGCAGGATCTGGGCCCAG