seq1 = pF1KE1332.tfa, 669 bp
seq2 = pF1KE1332/gi568815594f_41157609.tfa (gi568815594f:41157609_41368070), 210462 bp

>pF1KE1332 669
>gi568815594f:41157609_41368070 (Chr4)

1-45  (99369-99407)   84% ->
46-174  (100001-100129)   100% ->
175-325  (103039-103189)   100% ->
326-411  (104107-104192)   100% ->
412-459  (104268-104315)   100% ->
460-526  (105617-105683)   100% ->
527-585  (106495-106553)   100% ->
586-669  (110379-110462)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCTCAAGCCGATGGAGATCAACCCCGAGATGCTGAACAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||--|-||| |--->>>..
  99369 ATGCAGCTCAAGCCGATGGAGATCAACCCCGAG  G TGAGC   GCC..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTGCTGTCCCGGCTGGGGGTCGCCGGCCAGTGGCGCTTCGTGGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99413 .CAGGTGCTGTCCCGGCTGGGGGTCGCCGGCCAGTGGCGCTTCGTGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGGGGCTGGAAGAGGAGTCTCTGGGCTCGGTGCCAGCGCCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 TGCTGGGGCTGGAAGAGGAGTCTCTGGGCTCGGTGCCAGCGCCTGCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGCTGCTGCTGCTGTTTCCCCTCACGGCCCAG         CATGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100097 GCGCTGCTGCTGCTGTTTCCCCTCACGGCCCAGGTA...CAGCATGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTCAGGAAAAAGCAGATTGAAGAGCTGAAGGGACAAGAAGTTAGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103047 CTTCAGGAAAAAGCAGATTGAAGAGCTGAAGGGACAAGAAGTTAGTCCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTGTACTTCATGAAGCAGACCATTGGGAATTCCTGTGGCACAATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103097 AAGTGTACTTCATGAAGCAGACCATTGGGAATTCCTGTGGCACAATCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTATTCACGCAGTGGCCAATAATCAAGACAAACTGGGATTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103147 CTTATTCACGCAGTGGCCAATAATCAAGACAAACTGGGATTTGGTA...A

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   AGGATGGATCAGTTCTGAAACAGTTTCTTTCTGAAACAGAGAAAATGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104105 AGAGGATGGATCAGTTCTGAAACAGTTTCTTTCTGAAACAGAGAAAATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCTGAAGACAGAGCAAAATGCTTTGAAAAGAATGAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104155 CCCCTGAAGACAGAGCAAAATGCTTTGAAAAGAATGAGGTA...CAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATACAGGCAGCCCATGATGCCGTGGCACAGGAAGGCCAATGTCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104271 ATACAGGCAGCCCATGATGCCGTGGCACAGGAAGGCCAATGTCGGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     GTAGATGACAAGGTGAATTTCCATTTTATTCTGTTTAACAACGTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 .TAGGTAGATGACAAGGTGAATTTCCATTTTATTCTGTTTAACAACGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGGCCACCTCTATGAACTTG         ATGGACGAATGCCTTTTCCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105663 ATGGCCACCTCTATGAACTTGGTA...CAGATGGACGAATGCCTTTTCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGAACCATGGCGCCAGTTCAGAGGACACCCTGCTGAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106515 GTGAACCATGGCGCCAGTTCAGAGGACACCCTGCTGAAGGTC...CAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGCTGCCAAGGTCTGCAGAGAATTCACCGAGCGTGAGCAAGGAGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110381 CGCTGCCAAGGTCTGCAGAGAATTCACCGAGCGTGAGCAAGGAGAAGTCC

    700     .    :    .    :    .    :
    638 GCTTCTCTGCCGTGGCTCTCTGCAAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 110431 GCTTCTCTGCCGTGGCTCTCTGCAAGGCAGCC