seq1 = pF1KE1331.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KE1331/gi568815597f_159105460.tfa (gi568815597f:159105460_159306447), 200988 bp

>pF1KE1331 1008
>gi568815597f:159105460_159306447 (Chr1)

1-21  (99501-99521)   100% ->
22-1008  (100002-100988)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACTGTCTGCACAGG         GCGGAGCTCTCCCCCTCAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  99501 ATGGGGAACTGTCTGCACAGGGTG...CAGGCGGAGCTCTCCCCCTCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAGAACTCAAGTCAGCTGGACTTCGAAGATGTATGGAATTCTTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 TGAGAACTCAAGTCAGCTGGACTTCGAAGATGTATGGAATTCTTCCTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGTGAATGATTCCTTCCCAGATGGAGACTATGGTGCCAACCTGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 GTGTGAATGATTCCTTCCCAGATGGAGACTATGGTGCCAACCTGGAAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCCCCCTGCCACTCCTGTAACCTGCTGGATGACTCTGCACTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 GCTGCCCCCTGCCACTCCTGTAACCTGCTGGATGACTCTGCACTGCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCATCCTCACCAGTGTCCTGGGTATCCTAGCTAGCAGCACTGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100172 CTTCATCCTCACCAGTGTCCTGGGTATCCTAGCTAGCAGCACTGTCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATGCTTTTCAGACCTCTCTTCCGCTGGCAGCTCTGCCCTGGCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100222 TCATGCTTTTCAGACCTCTCTTCCGCTGGCAGCTCTGCCCTGGCTGGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCCTGGCACAGCTGGCTGTGGGCAGTGCCCTCTTCAGCATTGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100272 GTCCTGGCACAGCTGGCTGTGGGCAGTGCCCTCTTCAGCATTGTGGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTCTTGGCCCCAGGGCTAGGTAGCACTCGCAGCTCTGCCCTGTGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100322 CGTCTTGGCCCCAGGGCTAGGTAGCACTCGCAGCTCTGCCCTGTGTAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGGCTACTGTGTCTGGTATGGCTCAGCCTTTGCCCAGGCTTTGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100372 TGGGCTACTGTGTCTGGTATGGCTCAGCCTTTGCCCAGGCTTTGCTGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGTGCCATGCCTCCCTGGGCCACAGACTGGGTGCAGGCCAGGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 GGGTGCCATGCCTCCCTGGGCCACAGACTGGGTGCAGGCCAGGTCCCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTCACCCTGGGGCTCACTGTGGGAATTTGGGGAGTGGCTGCCCTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100472 CCTCACCCTGGGGCTCACTGTGGGAATTTGGGGAGTGGCTGCCCTACTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CACTGCCTGTCACCCTGGCCAGTGGTGCTTCTGGTGGACTCTGCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 CACTGCCTGTCACCCTGGCCAGTGGTGCTTCTGGTGGACTCTGCACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATATACAGCACGGAGCTGAAGGCTTTGCAGGCCACACACACTGTAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 ATATACAGCACGGAGCTGAAGGCTTTGCAGGCCACACACACTGTAGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCTTGCCATCTTTGTCTTGTTGCCATTGGGTTTGTTTGGAGCCAAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100622 TCTTGCCATCTTTGTCTTGTTGCCATTGGGTTTGTTTGGAGCCAAGGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGAAGAAGGCATTGGGTATGGGGCCAGGCCCCTGGATGAACATCCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100672 TGAAGAAGGCATTGGGTATGGGGCCAGGCCCCTGGATGAATATCCTGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCTGGTTTATTTTCTGGTGGCCTCATGGGGTGGTTCTAGGACTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100722 GCCTGGTTTATTTTCTGGTGGCCTCATGGGGTGGTTCTAGGACTGGATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTGGTGAGGTCCAAGCTGTTGCTGTTGTCAACATGTCTGGCCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100772 CCTGGTGAGGTCCAAGCTGTTGCTGTTGTCAACATGTCTGGCCCAGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTCTGGACCTGCTGCTGAACCTGGCAGAAGCCCTGGCAATTTTGCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100822 CTCTGGACCTGCTGCTGAACCTGGCAGAAGCCCTGGCAATTTTGCACTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGGCTACGCCCCTGCTCCTCGCCCTATTCTGCCACCAGGCCACCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 GTGGCTACGCCCCTGCTCCTCGCCCTATTCTGCCACCAGGCCACCCGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTCTTGCCCTCTCTGCCCCTCCCTGAAGGATGGTTTTCTCATCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100922 CCTCTTGCCCTCTCTGCCCCTCCCTGAAGGATGGTCTTCTCATCTGGACA

   1000     .    :    .
    992 CCCTTGGAAGCAAATCC
        |||||||||||||||||
 100972 CCCTTGGAAGCAAATCC