seq1 = pF1KE1325.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KE1325/gi568815575f_48583854.tfa (gi568815575f:48583854_48791159), 207306 bp

>pF1KE1325 1506
>gi568815575f:48583854_48791159 (ChrX)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-273  (100430-100570)   100% ->
274-360  (101694-101780)   100% ->
361-463  (101881-101983)   100% ->
464-505  (102093-102134)   100% ->
506-559  (102228-102281)   100% ->
560-734  (102928-103102)   100% ->
735-777  (104201-104243)   100% ->
778-931  (104447-104600)   100% ->
932-1338  (104807-105213)   100% ->
1339-1453  (105467-105581)   100% ->
1454-1506  (107254-107306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGGGGGCCCAATGGGAGGAAGGCCCGGGGGCCGAGGAGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGGGGGCCCAATGGGAGGAAGGCCCGGGGGCCGAGGAGCACCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTCAGCAGAACATACCCTCCACCCTCCTCCAGGACCACGAGAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTCAGCAGAACATACCCTCCACCCTCCTCCAGGACCACGAGAACCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTCTTTGAGATGCTTGGACGAAAATGCTTG         ACGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 GACTCTTTGAGATGCTTGGACGAAAATGCTTGGTG...CAGACGCTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGCAGTTGTTCAGCTGTACCTGGCGCTGCCCCCTGGAGCTGAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100439 ACTGCAGTTGTTCAGCTGTACCTGGCGCTGCCCCCTGGAGCTGAGCACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACCAAGGAGCATTGTGGGGCTGTGTGCTTCGTGAAGGATAACCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100489 GACCAAGGAGCATTGTGGGGCTGTGTGCTTCGTGAAGGATAACCCCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTCCTACTTCATCCGCCTTTACGGCCTTCAG         GCTGGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100539 AGTCCTACTTCATCCGCCTTTACGGCCTTCAGGTG...CAGGCTGGTCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCTCTGGGAACAGGAGCTGTACTCACAGCTTGTCTACTCCACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 CTGCTCTGGGAACAGGAGCTGTACTCACAGCTTGTCTACTCCACCCCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCTTCTTCCACACCTTCGCTGGAGAT         GACTGCCAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101753 CCCCTTCTTCCACACCTTCGCTGGAGATGTA...CAGGACTGCCAAGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTGAACTTTGCAGACGAGGACGAGGCCCAGGCCTTCCGGGCCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101894 GGCTGAACTTTGCAGACGAGGACGAGGCCCAGGCCTTCCGGGCCCTCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGGAGAAGATACAAAAAAGGAATCAGAGGCAAAGTGGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101944 CAGGAGAAGATACAAAAAAGGAATCAGAGGCAAAGTGGAGGTG...CAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGACGCCAGCTACCCCCACCACCAACACCAGCCAATGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102094 CAGACGCCAGCTACCCCCACCACCAACACCAGCCAATGAAGGTG...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGAGAAGAGGAGGGCTCCCACCCCTGCCCCTGCATCCAGGTGGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102228 AGAGAAGAGGAGGGCTCCCACCCCTGCCCCTGCATCCAGGTGGAGACCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAG         GCCCTCCAGTGGGTCCGCTCTCCCTGGGGCTGGCGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102278 GGAGGTG...CAGGCCCTCCAGTGGGTCCGCTCTCCCTGGGGCTGGCGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTGGACATCCAGAACCCTGACATCACGAGTTCACGATACCGTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102965 AGTGGACATCCAGAACCCTGACATCACGAGTTCACGATACCGTGGGCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGCACCTGGACCTAGCCCAGCTGATAAGAAACGCTCAGGGAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103015 CAGCACCTGGACCTAGCCCAGCTGATAAGAAACGCTCAGGGAAGAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCAGCAAAGCTGATATTGGTGCACCCAGTGGATTCAA         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103065 ATCAGCAAAGCTGATATTGGTGCACCCAGTGGATTCAAGTG...CAGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTCAGCCACGTGGGGTGGGACCCCCAGAATGGATTTGAC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104204 TGTCAGCCACGTGGGGTGGGACCCCCAGAATGGATTTGACGTG...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGAACAACCTCGACCCAGATCTGCGGAGTCTGTTCTCCAGGGCAGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104448 TGAACAACCTCGACCCAGATCTGCGGAGTCTGTTCTCCAGGGCAGGAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGCGAGGCCCAGCTCACCGACGCCGAGACCTCTAAACTTATCTACGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104498 AGCGAGGCCCAGCTCACCGACGCCGAGACCTCTAAACTTATCTACGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATTGAGGACCAGGGTGGGCTGGAGGCTGTGCGGCAGGAGATGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104548 CATTGAGGACCAGGGTGGGCTGGAGGCTGTGCGGCAGGAGATGAGGCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGG         AGCCACTTCCGCCGCCCCCACCGCCATCTCGAGGAGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104598 AGGGTG...CAGAGCCACTTCCGCCGCCCCCACCGCCATCTCGAGGAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACCAGCTCCCCCGGCCCCCTATTGTGGGGGGTAACAAGGGTCGTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104845 AACCAGCTCCCCCGGCCCCCTATTGTGGGGGGTAACAAGGGTCGTTCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCACTGCCCCCTGTACCTTTGGGGATTGCCCCACCCCCACCAACACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104895 TCCACTGCCCCCTGTACCTTTGGGGATTGCCCCACCCCCACCAACACCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGGGACCCCCACCCCCAGGCCGAGGGGGCCCTCCACCACCACCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104945 GGGGACCCCCACCCCCAGGCCGAGGGGGCCCTCCACCACCACCCCCTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTACTGGACGTTCTGGACCACTGCCCCCTCCACCCCCTGGAGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104995 GCTACTGGACGTTCTGGACCACTGCCCCCTCCACCCCCTGGAGCTGGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCCACCCATGCCACCACCACCGCCACCACCGCCACCGCCGCCCAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105045 GCCACCCATGCCACCACCACCGCCACCACCGCCACCGCCGCCCAGCTCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAATGGACCAGCCCCTCCCCCACTCCCTCCTGCTCTGGTGCCTGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105095 GGAATGGACCAGCCCCTCCCCCACTCCCTCCTGCTCTGGTGCCTGCCGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGCCTGGCCCCTGGTGGGGGTCGGGGAGCGCTTTTGGATCAAATCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105145 GGCCTGGCCCCTGGTGGGGGTCGGGGAGCGCTTTTGGATCAAATCCGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGAATTCAGCTGAACAAG         ACCCCTGGGGCCCCAGAGAGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105195 GGGAATTCAGCTGAACAAGGTG...CAGACCCCTGGGGCCCCAGAGAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAGCGCTGCAGCCACCACCTCAGAGCTCAGAGGGACTGGTGGGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105489 CAGCGCTGCAGCCACCACCTCAGAGCTCAGAGGGACTGGTGGGGGCCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATGCACGTGATGCAGAAGAGAAGCAGAGCCATCCACTCCTCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105539 ATGCACGTGATGCAGAAGAGAAGCAGAGCCATCCACTCCTCCGGTG...C

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1454   ACGAAGGGGAGGACCAGGCTGGCGATGAAGATGAAGATGATGAATGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107252 AGACGAAGGGGAGGACCAGGCTGGCGATGAAGATGAAGATGATGAATGGG

   1600     .
   1502 ATGAC
        |||||
 107302 ATGAC