seq1 = pF1KE1324.tfa, 2442 bp
seq2 = pF1KE1324/gi568815597f_154951387.tfa (gi568815597f:154951387_155162499), 211113 bp

>pF1KE1324 2442
>gi568815597f:154951387_155162499 (Chr1)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-186  (101285-101391)   100% ->
187-263  (102031-102107)   100% ->
264-342  (102524-102602)   100% ->
343-419  (102764-102840)   100% ->
420-612  (102928-103120)   99% ->
613-675  (104404-104466)   100% ->
676-744  (104546-104614)   100% ->
745-914  (104694-104863)   100% ->
915-999  (105000-105084)   100% ->
1000-1148  (105567-105715)   100% ->
1149-1323  (105802-105976)   100% ->
1324-1416  (106251-106343)   100% ->
1417-1721  (106465-106769)   99% ->
1722-1917  (106860-107055)   100% ->
1918-1995  (107324-107401)   100% ->
1996-2068  (108516-108588)   98% ->
2069-2207  (108819-108957)   100% ->
2208-2277  (109377-109446)   100% ->
2278-2402  (110859-110983)   100% ->
2403-2442  (111074-111113)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTGGCGCTGCTCTGGGCCCTGGGGCTCCTGGGCGCGGGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTGGCGCTGCTCTGGGCCCTGGGGCTCCTGGGCGCGGGCAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCCTTCCTGGCCGCTCCCAAATATAG         GTGGCACTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TCTGCCTTCCTGGCCGCTCCCAAATATAGGTG...CAGGTGGCACTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCAGCAGGCAGAGTCAGAGAAGGCCCCGAGGGAGCCCTTGGAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101297 AGCAGCAGGCAGAGTCAGAGAAGGCCCCGAGGGAGCCCTTGGAGCCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCTTCAGGACGATCTCCCAATTAGCCTCAAAAAGGTGCTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101347 GTCCTTCAGGACGATCTCCCAATTAGCCTCAAAAAGGTGCTTCAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     ACCAGTCTGCCTGAGCCCCTGAGGATCAAGTTGGAGCTGGACGGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101397 .CAGACCAGTCTGCCTGAGCCCCTGAGGATCAAGTTGGAGCTGGACGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGTCATATCCTGGAGCTGCTACAGAATAG         GGAGTTGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102077 ACAGTCATATCCTGGAGCTGCTACAGAATAGGTA...CAGGGAGTTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCAGGCCGCCCAACCCTGGTGTGGTACCAGCCCGATGGCACTCGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102534 CCAGGCCGCCCAACCCTGGTGTGGTACCAGCCCGATGGCACTCGGGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTGAGGGACACACTTTG         GAGAACTGCTGCTACCAGGGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102584 CAGTGAGGGACACACTTTGGTG...CAGGAGAACTGCTGCTACCAGGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAGTGCGGGGATATGCAGGCTCCTGGGTGTCCATCTGCACCTGCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102786 GAGTGCGGGGATATGCAGGCTCCTGGGTGTCCATCTGCACCTGCTCTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCAG         AGGCTTGGTGGTCCTGACCCCAGAGAGAAGCTATAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102836 CTCAGGTA...TAGAGGCTTGGTGGTCCTGACCCCAGAGAGAAGCTATAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCTGGAGCAGGGGCCTGGGGACCTTCAGGGTCCTCCCATTATTTCGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102964 CCTGGAGCAGGGGCCTGGGGACCTTCAGGGTCCTCCCATTATTTCGCGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCAAGATCTCCACCTGCCAGGCCACACCTGTGCCCTGAGCTGGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103014 TCCAAGATCTCCACCTGCCAGGCCACACCTGTGCCCTGAGCTGGCGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTGTACACACTCAGACGCCACCAGAGCACCCCCTGGGACAGCGCCACAT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 103064 TCTGTACACACTCAGAAGCCACCAGAGCACCCCCTGGGACAGCGCCACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCGCCGG         AGGCGGGATGTGGTAACAGAGACCAAGACTGTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103114 TCGCCGGGTG...TAGAGGCGGGATGTGGTAACAGAGACCAAGACTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGTTGGTGATTGTGGCTGATCACTCGGAG         GCCCAGAAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104438 AGTTGGTGATTGTGGCTGATCACTCGGAGGTG...CAGGCCCAGAAATAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGGGACTTCCAGCACCTGCTAAACCGCACACTGGAAGTGGCCCTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104558 CGGGACTTCCAGCACCTGCTAAACCGCACACTGGAAGTGGCCCTCTTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGACACA         TTCTTCCGGCCCCTGAATGTACGAGTGGCACTAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104608 GGACACAGTG...CAGTTCTTCCGGCCCCTGAATGTACGAGTGGCACTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGGCCTGGAGGCCTGGACCCAGCGTGACCTGGTGGAGATCAGCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104728 TGGGCCTGGAGGCCTGGACCCAGCGTGACCTGGTGGAGATCAGCCCAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCAGCTGTCACCCTCGAAAACTTCCTCCACTGGCGCAGGGCACATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 CCAGCTGTCACCCTCGAAAACTTCCTCCACTGGCGCAGGGCACATTTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCCTCGATTGCCCCATGACAGTGCCCAGCTGGTGAC         TGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104828 GCCTCGATTGCCCCATGACAGTGCCCAGCTGGTGACGTA...CAGTGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTTCATTCTCTGGGCCTACGGTGGGCATGGCCATTCAGAACTCCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105005 CTTCATTCTCTGGGCCTACGGTGGGCATGGCCATTCAGAACTCCATCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCTCCTGACTTCTCAGGAGGTGTGAACATG         GACCACTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105055 TCTCCTGACTTCTCAGGAGGTGTGAACATGGTG...CAGGACCACTCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAGCATCCTGGGAGTCGCCTCCTCCATAGCCCATGAGTTGGGCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105578 CAGCATCCTGGGAGTCGCCTCCTCCATAGCCCATGAGTTGGGCCACAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGGCCTGGACCATGATTTGCCTGGGAATAGCTGCCCCTGTCCAGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105628 TGGGCCTGGACCATGATTTGCCTGGGAATAGCTGCCCCTGTCCAGGTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCCCAGCCAAGACCTGCATCATGGAGGCCTCCACAGA         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105678 GCCCCAGCCAAGACCTGCATCATGGAGGCCTCCACAGAGTA...CAGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCTACCAGGCCTGAACTTCAGCAACTGCAGCCGACGGGCCCTGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105805 CCTACCAGGCCTGAACTTCAGCAACTGCAGCCGACGGGCCCTGGAGAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CCCTCCTGGATGGAATGGGCAGCTGCCTCTTCGAACGGCTGCCTAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105855 CCCTCCTGGATGGAATGGGCAGCTGCCTCTTCGAACGGCTGCCTAGCCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCCCCTATGGCTGCTTTCTGCGGAAATATGTTTGTGGAGCCGGGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105905 CCCCCTATGGCTGCTTTCTGCGGAAATATGTTTGTGGAGCCGGGCGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTGTGACTGTGGCTTCCTGGAT         GACTGCGTCGATCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105955 GTGTGACTGTGGCTTCCTGGATGTG...CAGGACTGCGTCGATCCCTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GTGATTCTTTGACCTGCCAGCTGAGGCCAGGTGCACAGTGTGCATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106270 GTGATTCTTTGACCTGCCAGCTGAGGCCAGGTGCACAGTGTGCATCTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGACCCTGTTGTCAAAATTGCCAG         CTGCGCCCGTCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106320 GGACCCTGTTGTCAAAATTGCCAGGTG...CAGCTGCGCCCGTCTGGCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GCAGTGTCGTCCTACCAGAGGGGATTGTGACTTGCCTGAATTCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106482 GCAGTGTCGTCCTACCAGAGGGGATTGTGACTTGCCTGAATTCTGCCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GAGACAGCTCCCAGTGTCCCCCTGATGTCAGCCTAGGGGATGGCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106532 GAGACAGCTCCCAGTGTCCCCCTGATGTCAGCCTAGGGGATGGCGAGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TGCGCTGGCGGGCAAGCTGTGTGCATGCACGGGCGTTGTGCCTCCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106582 TGCGCTGGCGGGCAAGCTGTGTGCATGCACGGGCGTTGTGCCTCCTATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCAGCAGTGCCAGTCACTTTGGGGACCTGGAGCCCAGCCCGCTGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106632 CCAGCAGTGCCAGTCACTTTGGGGACCTGGAGCCCAGCCCGCTGCGCCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTTGCCTCCAGACCGCTAATACTCGGGGAAATGCTTTTGGGAGCTGTGGG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106682 TTTGCCTCCAGACAGCTAATACTCGGGGAAATGCTTTTGGGAGCTGTGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGCAACCCCAGTGGCAGTTATGTGTCCTGCACCCCTAG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106732 CGCAACCCCAGTGGCAGTTATGTGTCCTGCACCCCTAGGTA...CAGAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGCCATTTGTGGGCAGCTCCAGTGCCAGACAGGTAGGACCCAGCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106863 TGCCATTTGTGGGCAGCTCCAGTGCCAGACAGGTAGGACCCAGCCTCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGGGCTCCATCCGGGATCTACTCTGGGAGACAATAGATGTGAATGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106913 TGGGCTCCATCCGGGATCTACTCTGGGAGACAATAGATGTGAATGGGACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAGCTGAACTGCAGCTGGGTGCACCTGGACCTGGGCAGTGATGTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 GAGCTGAACTGCAGCTGGGTGCACCTGGACCTGGGCAGTGATGTGGCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCCCCTCCTGACTCTGCCTGGCACAGCCTGTGGCCCTGGCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107013 GCCCCTCCTGACTCTGCCTGGCACAGCCTGTGGCCCTGGCCTGGTG...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1918   GTGTGTATAGACCATCGATGCCAGCGTGTGGATCTCCTGGGGGCACAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107322 AGGTGTGTATAGACCATCGATGCCAGCGTGTGGATCTCCTGGGGGCACAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GAATGTCGAAGCAAATGCCATGGACATGGG         GTCAGTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| |||||||
 107372 GAATGTCGAAGCAAATGCCATGGACATGGGGTG...TAGGTCTGTGACAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CAACAGGCACTGCTACTGTGAGGAGGGCTGGGCACCCCCTGACTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108527 CAACAGGCACTGCTACTGTGAGGAGGGCTGGGCACCCCCTGACTGCACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CTCAGCTCAAAG         CAACCAGCTCCCTGACCACAGGGCTGCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108577 CTCAGCTCAAAGGTA...CAGCAACCAGCTCCCTGACCACAGGGCTGCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CTCAGCCTCCTGGTCTTATTGGTCCTGGTGATGCTTGGTGCCAGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108848 CTCAGCCTCCTGGTCTTATTGGTCCTGGTGATGCTTGGTGCCAGCTACTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GTACCGTGCCCGCCTGCACCAGCGACTCTGCCAGCTCAAGGGACCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108898 GTACCGTGCCCGCCTGCACCAGCGACTCTGCCAGCTCAAGGGACCCACCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GCCAGTACAG         GGCAGCCCAATCTGGTCCCTCTGAACGGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108948 GCCAGTACAGGTA...TAGGGCAGCCCAATCTGGTCCCTCTGAACGGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GGACCTCCGCAGAGGGCCCTGCTGGCACGAGGCACTAAG         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109408 GGACCTCCGCAGAGGGCCCTGCTGGCACGAGGCACTAAGGTG...CAGTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 TCAGGGGCCAGCCAAGCCCCCACCCCCAAGGAAGCCACTGCCTGCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110861 TCAGGGGCCAGCCAAGCCCCCACCCCCAAGGAAGCCACTGCCTGCCGACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CCCAGGGCCGGTGCCCATCGGGTGACCTGCCCGGCCCAGGGGCTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110911 CCCAGGGCCGGTGCCCATCGGGTGACCTGCCCGGCCCAGGGGCTGGAATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 CCGCCCCTAGTGGTACCCTCCAG         ACCAGCGCCACCGCCTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110961 CCGCCCCTAGTGGTACCCTCCAGGTA...CAGACCAGCGCCACCGCCTCC

   2600     .    :    .    :
   2421 GACAGTGTCCTCGCTCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||
 111092 GACAGTGTCCTCGCTCTACCTC