seq1 = pF1KE1322.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KE1322/gi568815597f_109556711.tfa (gi568815597f:109556711_109761251), 204541 bp

>pF1KE1322 654
>gi568815597f:109556711_109761251 (Chr1)

1-36  (99680-99715)   100% ->
37-112  (100002-100077)   100% ->
113-177  (100505-100569)   100% ->
178-259  (100880-100961)   100% ->
260-360  (101062-101162)   100% ->
361-456  (102104-102199)   100% ->
457-567  (102290-102400)   99% ->
568-654  (104455-104541)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATGACACTGGGGTACTGGGACATCCGCGGG         CTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  99680 ATGTCCATGACACTGGGGTACTGGGACATCCGCGGGGTG...CAGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCACGCCATCCGCCTGCTCCTGGAATACACAGACTCAAGCTACGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 CCACGCCATCCGCCTGCTCCTGGAATACACAGACTCAAGCTACGAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGTATACGATGGGGGACG         CTCCTGACTATGACAGAAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100057 AGAAGTATACGATGGGGGACGGTA...CAGCTCCTGACTATGACAGAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGTGGCTGAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100525 CAGTGGCTGAATGAAAAATTCAAGCTGGGCCTGGACTTTCCCAATGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    178     CTGCCCTACTTGATTGATGGGGCTCACAAGATCACCCAGAGCAACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100575 .CAGCTGCCCTACTTGATTGATGGGGCTCACAAGATCACCCAGAGCAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCATCCTGTGCTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGT         GTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100926 CCATCCTGTGCTACATTGCCCGCAAGCACAACCTGTGTG...CAGGTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAGACAGAAGAGGAGAAGATTCGTGTGGACATTTTGGAGAACCAGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101067 GAGACAGAAGAGGAGAAGATTCGTGTGGACATTTTGGAGAACCAGGCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGACGTCTCCAATCAGCTGGCCAGAGTCTGCTACAGCCCTGACTTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101117 GGACGTCTCCAATCAGCTGGCCAGAGTCTGCTACAGCCCTGACTTTGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361      GAGAAACTGAAGCCAGAATACTTGGAGGAACTTCCTACAATGATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 ..CAGGAGAAACTGAAGCCAGAATACTTGGAGGAACTTCCTACAATGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGCACTTCTCACAGTTCCTGGGGAAGAGGCCATGGTTTGTTGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102149 CAGCACTTCTCACAGTTCCTGGGGAAGAGGCCATGGTTTGTTGGAGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 G         ATCACCTTTGTAGATTTCCTCGCCTATGATGTCCTTGACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102199 GGTA...CAGATCACCTTTGTAGATTTCCTCGCCTATGATGTCCTTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCCACCGTATATTTGAGCCCAACTGCTTGGACGCCTTCCCAAATCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 102330 TCCACCGTATATTTGAGCCCAACTGCTTGGACGCCTTTCCAAATCTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACTTCATCTCCCGCTTTGAG         GGCTTGGAGAAGATCTCTGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102380 GACTTCATCTCCCGCTTTGAGGTG...CAGGGCTTGGAGAAGATCTCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTACATGAAGTCCAGCCGCTTCCTCCCAAAACCTCTGTACACAAGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 CTACATGAAGTCCAGCCGCTTCCTCCCAAAACCTCTGTACACAAGGGTGG

    700     .    :    .
    638 CTGTCTGGGGCAACAAG
        |||||||||||||||||
 104525 CTGTCTGGGGCAACAAG