seq1 = pF1KE1320.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KE1320/gi568815585r_98357168.tfa (gi568815585r:98357168_98676786), 319619 bp

>pF1KE1320 1293
>gi568815585r:98357168_98676786 (Chr13)

(complement)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-273  (157314-157544)   100% ->
274-330  (194466-194522)   100% ->
331-439  (201429-201537)   100% ->
440-597  (201809-201966)   100% ->
598-783  (210226-210411)   100% ->
784-929  (212951-213096)   100% ->
930-1053  (214890-215013)   100% ->
1054-1122  (216347-216415)   98% ->
1123-1259  (219483-219619)   100% ->
1260-1293  (223578-223611)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCACTCCCCGGTGCAGTCGGGCCTGCCCGGCATGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGCTCACTCCCCGGTGCAGTCGGGCCTGCCCGGCATGCAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  AACCTAAAGGCAGACCCAGAAGAGCTTTTTACAAAACTAGAGAAAATTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157313 GAACCTAAAGGCAGACCCAGAAGAGCTTTTTACAAAACTAGAGAAAATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAAGGGCTCCTTTGGAGAGGTGTTCAAAGGCATTGACAATCGGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157363 GGAAGGGCTCCTTTGGAGAGGTGTTCAAAGGCATTGACAATCGGACTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGTGGTTGCCATAAAGATCATTGATCTGGAAGAAGCTGAAGATGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157413 AAAGTGGTTGCCATAAAGATCATTGATCTGGAAGAAGCTGAAGATGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGGACATTCAACAAGAAATCACAGTGCTGAGTCAGTGTGACAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157463 AGAGGACATTCAACAAGAAATCACAGTGCTGAGTCAGTGTGACAGTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTAACCAAATATTATGGATCCTATCTGAAG         GATACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 157513 ATGTAACCAAATATTATGGATCCTATCTGAAGGTA...TAGGATACAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTATGGATAATAATGGAATATCTTGGTGGAGGCTCCGCACTAGATCTA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 194475 TTATGGATAATAATGGAATATCTTGGTGGAGGCTCCGCACTAGATCTAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        TTAGAACCTGGCCCATTAGATGAAACCCAGATCGCTACTATAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194525 A...TAGTTAGAACCTGGCCCATTAGATGAAACCCAGATCGCTACTATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAGAGAAATACTGAAAGGACTCGATTATCTCCATTCGGAGAAGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201472 TAAGAGAAATACTGAAAGGACTCGATTATCTCCATTCGGAGAAGAAAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACAGAGACATTAAAG         CGGCCAACGTCCTGCTGTCTGAGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 201522 CACAGAGACATTAAAGGTA...CAGCGGCCAACGTCCTGCTGTCTGAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGCGAGGTGAAGCTGGCGGACTTTGGCGTGGCTGGCCAGCTGACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201834 TGGCGAGGTGAAGCTGGCGGACTTTGGCGTGGCTGGCCAGCTGACAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAGATCAAAAGGAACACCTTCGTGGGCACCCCATTCTGGATGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201884 CCCAGATCAAAAGGAACACCTTCGTGGGCACCCCATTCTGGATGGCACCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGTCATCAAACAGTCGGCCTATGACTCGAAG         GCAGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 201934 GAGGTCATCAAACAGTCGGCCTATGACTCGAAGGTG...CAGGCAGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGGTCCCTGGGCATAACAGCTATTGAACTTGCAAGAGGGGAACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210234 CTGGTCCCTGGGCATAACAGCTATTGAACTTGCAAGAGGGGAACCACCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTCCGAGCTGCACCCCATGAAAGTTTTATTCCTCATTCCAAAGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210284 ATTCCGAGCTGCACCCCATGAAAGTTTTATTCCTCATTCCAAAGAACAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCACCGACGTTGGAAGGAAACTACAGTAAACCCCTCAAGGAGTTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210334 CCACCGACGTTGGAAGGAAACTACAGTAAACCCCTCAAGGAGTTTGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCCTGTTTGAATAAGGAGCCGAGCTTT         AGACCCACTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 210384 GGCCTGTTTGAATAAGGAGCCGAGCTTTGTA...CAGAGACCCACTGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGAGTTATTGAAGCACAAGTTTATACTACGCAATGCAAAGAAAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212964 AGGAGTTATTGAAGCACAAGTTTATACTACGCAATGCAAAGAAAACTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACTTGACCGAGCTCATCGACAGGTACAAGAGATGGAAGGCCGAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213014 TACTTGACCGAGCTCATCGACAGGTACAAGAGATGGAAGGCCGAGCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCATGACGACTCGAGCTCCGAGGATTCCGACGC         GGAAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 213064 CCATGACGACTCGAGCTCCGAGGATTCCGACGCGTA...AAGGGAAACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGGCCAAGCCTCGGGGGGCAGTGATTCTGGGGACTGGATCTTCACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214898 ATGGCCAAGCCTCGGGGGGCAGTGATTCTGGGGACTGGATCTTCACAATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGAGAAAAAGATCCCAAGAATCTCGAGAATGGAGCTCTTCAGCCATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214948 CGAGAAAAAGATCCCAAGAATCTCGAGAATGGAGCTCTTCAGCCATCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTGGACAGAAATAAG         ATGAAAGACATCCCAAAGAGGCCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||| ||||||||||
 214998 CTTGGACAGAAATAAGGTA...AAGATGAAAGACATCCCGAAGAGGCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCTCTCAGTGTTTATCTACAATTATTTCTCCTCTGTTTGCAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 216372 TCTCTCAGTGTTTATCTACAATTATTTCTCCTCTGTTTGCAGAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1123    TTGAAGGAGAAGAGCCAGGCGTGCGGAGGGAACTTGGGGTCCATTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219480 CAGTTGAAGGAGAAGAGCCAGGCGTGCGGAGGGAACTTGGGGTCCATTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGAGCTGCGAGGGGCCATCTACCTAGCGGAGGAGGCGTGCCCTGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219530 AGAGCTGCGAGGGGCCATCTACCTAGCGGAGGAGGCGTGCCCTGGCATCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCGACACCATGGTGGCCCAGCTCGTGCAGCGGCTCCAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 219580 CCGACACCATGGTGGCCCAGCTCGTGCAGCGGCTCCAGAGGTA...TAGA

   1350     .    :    .    :    .    :
   1261 TACTCTCTAAGTGGTGGAGGAACTTCATCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 223579 TACTCTCTAAGTGGTGGAGGAACTTCATCCCAC