seq1 = pF1KE1317.tfa, 2214 bp
seq2 = pF1KE1317/gi568815581r_64241634.tfa (gi568815581r:64241634_64490665), 249032 bp

>pF1KE1317 2214
>gi568815581r:64241634_64490665 (Chr17)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-91  (100151-100177)   100% ->
92-385  (112549-112842)   100% ->
386-691  (115310-115615)   100% ->
692-967  (120641-120916)   100% ->
968-1216  (127269-127517)   100% ->
1217-1492  (130251-130526)   99% ->
1493-1780  (134268-134555)   99% ->
1781-1888  (135626-135733)   100% ->
1889-1916  (137148-137175)   100% ->
1917-1990  (138203-138276)   100% ->
1991-2044  (140233-140286)   98% ->
2045-2107  (142344-142406)   100% ->
2108-2164  (148976-149032)   100% ->
2165-2187  (160944-160966)   100% ->
2188-2214  (166821-166847)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCGAGGTGGGCCCAAGGGGCCACGATGTGGCTTGGAGTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCGAGGTGGGCCCAAGGGGCCACGATGTGGCTTGGAGTCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCTTCTGCTCT         GTTCAAGCCTTGAGGGTCAAGAAAACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCTTCTGCTCTGTG...CAGGTTCAAGCCTTGAGGGTCAAGAAAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92          CTTTCACAATCAACAGTGTTGACATGAAGAGCCTGCCGGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 GTA...TAGCTTTCACAATCAACAGTGTTGACATGAAGAGCCTGCCGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGGACGGTGCAAAATGGGAAGAACCTGACCCTGCAGTGCTTCGCGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112590 TGGACGGTGCAAAATGGGAAGAACCTGACCCTGCAGTGCTTCGCGGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCACCACCTCTCACGTCAAGCCTCAGCACCAGATGCTGTTCTATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112640 CAGCACCACCTCTCACGTCAAGCCTCAGCACCAGATGCTGTTCTATAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACGTGCTGTTTTACAACATCTCCTCCATGAAGAGCACAGAGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112690 ATGACGTGCTGTTTTACAACATCTCCTCCATGAAGAGCACAGAGAGTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTATTCCTGAAGTCCGGATCTATGACTCAGGGACATATAAATGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112740 TTTATTCCTGAAGTCCGGATCTATGACTCAGGGACATATAAATGTACTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATTGTGAACAACAAAGAGAAAACCACTGCAGAGTACCAGGTGTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112790 GATTGTGAACAACAAAGAGAAAACCACTGCAGAGTACCAGGTGTTGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAG         GAGTGCCCAGTCCCAGGGTGACACTGGACAAGAAAGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112840 AAGGTG...TAGGAGTGCCCAGTCCCAGGGTGACACTGGACAAGAAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCATCCAAGGTGGGATCGTGAGGGTCAACTGTTCTGTCCCAGAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115348 GCCATCCAAGGTGGGATCGTGAGGGTCAACTGTTCTGTCCCAGAGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCCCAATACACTTCACAATTGAAAAACTTGAACTAAATGAAAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115398 GGCCCCAATACACTTCACAATTGAAAAACTTGAACTAAATGAAAAAATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAAGCTGAAAAGAGAGAAGAATTCTCGAGACCAGAATTTTGTGATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115448 TCAAGCTGAAAAGAGAGAAGAATTCTCGAGACCAGAATTTTGTGATACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAATTCCCCGTTGAGGAACAGGACCGCGTTTTATCCTTCCGATGTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115498 GAATTCCCCGTTGAGGAACAGGACCGCGTTTTATCCTTCCGATGTCAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAGGATCATTTCTGGGATCCATATGCAGACCTCAGAATCTACCAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115548 TAGGATCATTTCTGGGATCCATATGCAGACCTCAGAATCTACCAAGAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACTGGTCACCGTGACGG         AATCCTTCTCTACACCCAAGTTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 115598 AACTGGTCACCGTGACGGGTC...CAGAATCCTTCTCTACACCCAAGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACATCAGCCCCACCGGAATGATCATGGAAGGAGCTCAGCTCCACATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120664 CACATCAGCCCCACCGGAATGATCATGGAAGGAGCTCAGCTCCACATTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTGCACCATTCAAGTGACTCACCTGGCCCAGGAGTTTCCAGAAATCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120714 GTGCACCATTCAAGTGACTCACCTGGCCCAGGAGTTTCCAGAAATCATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTCAGAAGGACAAGGCGATTGTGGCCCACAACAGACATGGCAACAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120764 TTCAGAAGGACAAGGCGATTGTGGCCCACAACAGACATGGCAACAAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGTACTCAGTCATGGCCATGGTGGAGCACAGTGGCAACTACACGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120814 GTGTACTCAGTCATGGCCATGGTGGAGCACAGTGGCAACTACACGTGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGTGGAGTCCAGCCGCATATCCAAGGTCAGCAGCATCGTGGTCAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120864 AGTGGAGTCCAGCCGCATATCCAAGGTCAGCAGCATCGTGGTCAACATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CAG         AACTATTTTCCAAGCCCGAACTGGAATCTTCCTTCACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120914 CAGGTA...CAGAACTATTTTCCAAGCCCGAACTGGAATCTTCCTTCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CATCTGGACCAAGGTGAAAGACTGAACCTGTCCTGCTCCATCCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127307 CATCTGGACCAAGGTGAAAGACTGAACCTGTCCTGCTCCATCCCAGGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ACCTCCAGCCAACTTCACCATCCAGAAGGAAGATACGATTGTGTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127357 ACCTCCAGCCAACTTCACCATCCAGAAGGAAGATACGATTGTGTCACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTCAAGATTTCACCAAGATAGCCTCAAAGTCGGACAGTGGGACGTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127407 CTCAAGATTTCACCAAGATAGCCTCAAAGTCGGACAGTGGGACGTATATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TGCACTGCAGGTATTGACAAAGTGGTCAAGAAAAGCAACACAGTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127457 TGCACTGCAGGTATTGACAAAGTGGTCAAGAAAAGCAACACAGTCCAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 AGTCGTATGTG         AAATGCTCTCCCAGCCCAGGATTTCTTATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 127507 AGTCGTATGTGGTG...TAGAAATGCTCTCCCAGCCCAGGATTTCTTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ATGCCCAGTTTGAGGTCATAAAAGGACAGACCATCGAAGTCCGTTGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130281 ATGCCCAGTTTGAGGTCATAAAAGGACAGACCATCGAAGTCCGTTGCGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TCGATCAGTGGAACTTTGCCTATTTCTTACCAACTTTTAAAAACAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130331 TCGATCAGTGGAACTTTGCCTATTTCTTACCAACTTTTAAAAACAAGTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGTTTTGGAGAATAGTACCAAGAACTCAAATGATCCTGCGGTATTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130381 AGTTTTGGAGAATAGTACCAAGAACTCAAATGATCCTGCGGTATTCAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACAACCCCACTGAAGACGTCGAATACCAGTGTGTTGCAGATAATTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130431 ACAACCCCACTGAAGACGTCGAATACCAGTGTGTTGCAGATAATTGCCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCCCACGCCAAAATGTTAAGTGAGGTTCTGAGGGTGAAGGTGATAG    
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 130481 TCCCATGCCAAAATGTTAAGTGAGGTTCTGAGGGTGAAGGTGATAGGTA.

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493      CCCCGGTGGATGAGGTCCAGATTTCTATCCTGTCAAGTAAGGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130531 ..CAGCCCCGGTGGATGAGGTCCAGATTTCTATCCTGTCAAGTAAGGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGGAGTCTGGAGAGGACATTGTGCTGCAATGTGCTGTGAATGAAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134313 TGGAGTCTGGAGAGGACATTGTGCTGCAATGTGCTGTGAATGAAGGATCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GGTCCCATCACCTATAAGTTTTACAGAGAAAAAGAGGGCAAACCCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134363 GGTCCCATCACCTATAAGTTTTACAGAGAAAAAGAGGGCAAACCCTTCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TCAAATGACCTCAAATGCCACCCAGGCATTTTGGACCAAGCAGAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134413 TCAAATGACCTCAAATGCCACCCAGGCATTTTGGACCAAGCAGAAGGCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACAAGGAACAGGAGGGAGAGTATTACTGCACAGCCTTCAACAGAGCCAAC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134463 GCAAGGAACAGGAGGGAGAGTATTACTGCACAGCCTTCAACAGAGCCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CACGCCTCCAGTGTCCCCAGAAGCAAAATACTGACAGTCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 134513 CACGCCTCCAGTGTCCCCAGAAGCAAAATACTGACAGTCAGAGGTG...C

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1781   TCATTCTTGCCCCATGGAAGAAAGGACTTATTGCAGTGGTTATCATCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135624 AGTCATTCTTGCCCCATGGAAGAAAGGACTTATTGCAGTGGTTATCATCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GAGTGATCATTGCTCTCTTGATCATTGCGGCCAAATGTTATTTTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135674 GAGTGATCATTGCTCTCTTGATCATTGCGGCCAAATGTTATTTTCTGAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AAAGCCAAGG         CCAAGCAGATGCCAGTGGAAATGTCCAG   
        ||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||>>>
 135724 AAAGCCAAGGGTG...AAGCCAAGCAGATGCCAGTGGAAATGTCCAGGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1917       GCCAGCAGTACCACTTCTGAACTCCAACAACGAGAAAATGTCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137179 ...AAGGCCAGCAGTACCACTTCTGAACTCCAACAACGAGAAAATGTCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ATCCCAATATGGAAGCTAACAGTCATTACG         GTCACAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 138247 ATCCCAATATGGAAGCTAACAGTCATTACGGTA...TAGGTCACAATGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GATGTCGGAAACCATGCAATGAAACCAATAAATGATAATAAAG       
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 140244 GATGTCAGAAACCATGCAATGAAACCAATAAATGATAATAAAGGTA...C

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2045   AGCCTCTGAACTCAGACGTGCAGTACACGGAAGTTCAAGTGTCCTCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142342 AGAGCCTCTGAACTCAGACGTGCAGTACACGGAAGTTCAAGTGTCCTCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CTGAGTCTCACAAAG         ATCTAGGAAAGAAGGACACAGAGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 142392 CTGAGTCTCACAAAGGTA...CAGATCTAGGAAAGAAGGACACAGAGACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GTGTACAGTGAAGTCCGGAAAGCTGTCCCTG         ATGCCGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 149002 GTGTACAGTGAAGTCCGGAAAGCTGTCCCTGGTG...TAGATGCCGTGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2175 AAGCAGATACTCT         AGAACGGAAGGCTCCCTTGATGGAACT
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 160954 AAGCAGATACTCTGTA...CAGAGAACGGAAGGCTCCCTTGATGGAACT